学術論文誌(英文誌)

1.      Akihiro Kaneshige, Takayuki Kaji, Lidan Zhang, Hayato Saito, Ayasa Nakamura, Tamaki Kurosawa, Madoka Ikemoto-Uezumi, Kazutake Tsujikawa, Shigeto Seno, Masatoshi Hori, Yasuyuki Saito, Takashi Matozaki, Kazumitsu Maehara,Yasuyuki Ohkawa, Michael Potente, Shuichi Watanabe, Thomas Braun, Akiyoshi Uezumi, So-ichiro Fukada, “Relayed signaling between mesenchymal progenitors and muscle stem cells ensures adaptive stem cell response to increased mechanical load”, Cell stem cell (2021.12).

2.      Keizo Nishikawa, Shigeto Seno, Toshitada Yoshihara, Ayako Narazaki, Yuki Sugiura, Reito Shimizu, Junichi Kikuta, Reiko Sakaguchi, Norio Suzuki, Norihiko Takeda, Hiroaki Semba, Masamichi Yamamoto, Daisuke Okuzaki, Daisuke Motooka, Yasuhiro Kobayashi, Makoto Suematsu, Haruhiko Koseki, Hideo Matsuda, Masayuki Yamamoto, Seiji Tobita, Yasuo Mori, and Masaru Ishii, “Osteoclasts adapt to physioxia perturbation through DNA demethylation”, EMBO reports. E53035 (2021.10)

3.      Mikio Shiga, Shigeto Seno, Makoto Onizuka, Hideo Matsuda, “SC-JNMF: Single-cell clustering integrating multiple quantification methods based on joint non-negative matrix factorization”, PeerJ, 9:e12087 (2021.9).

4.      Akito Morimoto, Junichi Kikuta, Keizo Nishikawa, Takao Sudo, Maki Uenaka, Masayuki Furuya, Tetsuo Hasegawa, Kunihiko Hashimoto, Hiroyuki Tsukazaki, Shigeto Seno, Akira Nakamura, Daisuke Okuzaki, Fuminori Sugihara, Akinori Ninomiya, Takeshi Yoshimura, Ryoko Takao-Kawabata, Hideo Matsuda, and Masaru Ishii, “SLPI is a critical mediator that controls PTH-induced bone formation", Nature Communications 12(1): 1-14 (2021.4).

5.      Seung Jin Kim, Yoshiaki Sota, Yasuto Naoi, Keiichiro Honma, Naofumi Kagara, Tomohiro Miyake, Masafumi Shimoda, Tomonori Tanei, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Shinzaburo Noguchi, Kenzo Shimazu, Determining homologous recombination deficiency scores with whole exome sequencing and their association with responses to neoadjuvant chemotherapy in breast cancer, Translational Oncology, 14(2) (2020.12).

6.      Lidan Zhang, Manami Kubota, Ayasa Nakamura, Takayuki Kaji, Shigeto Seno, Akiyoshi Uezumi, Ditte Caroline Andersen, Charlotte Harken Jensen, So-ichiro Fukada, “Dlk1 regulates quiescence in calcitonin receptor-mutant muscle stem cells”, Stem Cells, 10.1002/stem.3312 (2020.12).

7.      Liu Liu, Masaomi Kurokawa, Motoki Nagai, Shigeto Seno, Bei-Wen Ying, “Correlated chromosomal periodicities according to the growth rate and gene expression”, Scientific Reports, 10, 15531, 10.1038/s41598-020-72389-6 (2020.9).

8.      Tetsuo Hasegawa, Junichi Kikuta, Takao Sudo, Erika Yamashita, Shigeto Seno, Tsutomu Takeuchi, Masaru Ishii, “Development of an intravital imaging system for the synovial tissue reveals the dynamics of CTLA-4 Ig in vivo”, Scientific Reports, 10, 13480, 10.1038/s41598-020-70488-y (2020.8).

9.      Morimatsu, Maho, Erika Yamashita, Shigeto Seno, Takao Sudo, Junichi Kikuta, Hiroki Mizuno, Daisuke Okuzaki, Daisuke Motooka, Masaru Ishii, "Migration arrest of chemoresistant leukemia cells mediated by MRTF-SRF pathway." Inflammation and Regeneration, 40.1, pp1-9 (2020.7).

10.   Shino Nishizawa, Junichi Kikuta, Shigeto Seno, Masahiro Kajiki, Ryuichi Tsujita, Hiroki Mizuno, Takao Sudo, Tomoka Ao, Hideo Matsuda, Masaru Ishii, “Thrombomodulin induces anti-inflammatory effects by inhibiting the rolling adhesion of leukocytes in vivo”, Journal of Pharmacological Sciences, 143(1), pp17-22, 10.1016/j.jphs.2020.01.001 (2020.5).

11.   Huei‐Fen Jheng, Kanako Hayashi, Yasuki Matsumura, Teruo Kawada, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Kazuo Inoue, Wataru Nomura, Haruya Takahashi, Tsuyoshi Goto, “Anti-inflammatory and antioxidative properties of isoflavones provide renal protective effects distinct from those of dietary soy proteins against diabetic nephropathy”, Molecular nutrient and food research, 20000015 (2020.4).

12.   Mari Iwase, Soshi Tokiwa, Shigeto Seno, Takako Mukai, Yu-Sheng Yeh, Haruya Takahashi, Wataru Nomura, Huei-Fen Jheng, Shigenobu Matsumura, Tatsuya Kusudo, Naoki Osato, Hideo Matsuda, Kazuo Inoue, Teruo Kawada, Tsuyoshi Goto, "Glycerol kinase regulates UCP1 expression by regulating fatty acid metabolism in beige adipocytes", Journal of Biological Chemistry, jbc. RA119, 011658 (2020.4).

13.   Kenji Fujimoto, Shigeto Seno*, Hironori Shigeta, Tomohiro Mashita, Masaru Ishii, Hideo Matsuda, “Tracking and Analysis of FUCCI-Labeled Cells Based on Particle Filters and Time-to-Event Analysis”, International Journal of Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics, 10(2), pp92-109, 10.17706/ijbbb.2020.10.2.94-109 (2020.4).

14.   Kunihiko Hashimoto, Takashi Kaito, Masayuki Furuya, Shigeto Seno, Daisuke Okuzaki, Junichi Kikuta, Hiroyuki Tsukazaki, Hideo Matsuda, Hideki Yoshikawa, Masaru Ishii, "In vivo dynamic analysis of BMP-2-induced ectopic bone formation", Scientific Reports, 10(1), 10.1038/s41598-020-61825-2 (2020.3).

15.   Ken-ichi Fujita, Tomohiro Yamazaki, Kotaro Harada, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Seiji Masuda, “URH49 exports mRNA by remodeling complex formation and mediating the NXF1-dependent pathway”, Biochimica et Biophysica Acta (BBA)-Gene Regulatory Mechanisms: 194480 (2020.2).

16.   Mari Iwase, Shoko Sakai, Shigeto Seno, Yu-Sheng Yeh, Tony Kuo, Haruya Takahashi, Wataru Nomura, Huei-Fen Jheng, Paul Horton, Naoki Osato, Hideo Matsuda, Kazuo Inoue, Teruo Kawada, Tsuyoshi Goto, “Long non-coding RNA 2310069B03Rik functions as a suppressor of Ucp1 expression under prolonged cold exposure in murine beige adipocytes”, Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry, 84(2), 305-313, doi:10.1080/09168451.2019.1677451 (2019.10). BBB Award 2020受賞.

17.   Masashi Kurata, Naoko Fujiwara, Ken-ichi Fujita, Yasutaka Yamanaka, Shigeto Seno, Hisato Kobayashi, Nobuyuki Takahashi, Yasuyuki Shibuya, Seiji Masuda, “Food-Derived Compounds Apigenin and Luteolin Modulate mRNA Splicing of Introns with Weak Splice Sites”, iScience, 22, 336-352, (2019.8).

18.   Yoshiaki Sota, Shigeto Seno, Hironori Shigeta, Naoki Osato, Masafumi Shimoda, Shinzabro Noguchi, Hideo Matsuda, “Improvement of detection performance of fusion genes from RNA-seq data by clustering short reads”, Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 17 (3), 1940008, doi: 10.1142/S0219720019400080 (2019.7).

19.   Masafumi Minoshima, Junichi Kikuta, Yuta Omori, Shigeto Seno, Riko Suehara, Hiroki Maeda, Hideo Matsuda, Masaru Ishii, Kazuya Kikuchi, “In vivo Multicolor Imaging with Fluorescent Probes Revealed the Dynamics and Function of Osteoclast Proton Pumps”, ACS Central Science, 5, 1059-1066 (2019.5).

20.   Viacheslav Kapilevich, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Yoichi Takenaka, “Chromatin 3D reconstruction from chromosomal contacts using a genetic algorithm”, IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 16(5), 1620-1626, doi: 10.1109/TCBB.2018.2814995 (2018.10).

21.   Kenichiro Takeda, Honami Sawazaki, Haruya Takahashi, YuSheng Yeh, HueiFen Jheng, Wataru Nomura, Takeshi Ara, Nobuyuki Takahashi, Shigeto Seno, Naoki Osato, Hideo Matsuda, Teruo Kawada, Tsuyoshi Goto, “The dipeptidyl peptidase‐4 (DPP‐4) inhibitor teneligliptin enhances brown adipose tissue function, thereby preventing obesity in mice”, FEBS openbio, 8(11), 1782-1793, https://doi.org/10.1002/2211-5463.12498 (2018.7).

22.   Yukako Sakaguchi, Keizo Nishikawa, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Hiroshi Takayanagi, Masaru Ishii, "Roles of Enhancer RNAs in RANKL-induced Osteoclast Differentiation Identified by Genome-wide Cap-analysis of Gene Expression using CRISPR/Cas9." Scientific reports 8(1), 7504. doi: 10.1038/s41598-018-25748-3 (2018.5).

23.   Yoichi Takenaka, Kazuma Mikami, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, "Automated transition analysis of activated gene regulation during diauxic nutrient shift in Escherichia coli and adipocyte differentiation in mouse cells." BMC bioinformatics 19(4), 89. (2018.5).

24.   Ji-Yeong An, Huei-Fen Jheng, Hiroyuki Nagai, Kohei Sanada, Haruya Takahashi, Mari Iwase, Natsumi Watanabe, Young-Il Kim, Aki Teraminami, Nobuyuki Takahashi, Rieko Nakata, Hiroyasu Inoue, Shigeto Seno, Hideo Mastuda, Teruo Kawada, Tsuyoshi Goto A Phytol-Enriched Diet Activates PPARα in the Liver and Brown Adipose Tissue to Ameliorate Obesity-Induced Metabolic Abnormalities, Molecular Nutrition & Food Research, 62(6), e1700688, doi: 10.1002/mnfr.201700688 (2018.1).

25.   Masayuki Furuya, Junichi Kikuta, Sayumi Fujimori, Shigeto Seno, Hiroki Maeda, Mai Shirazaki, Maki Uenaka, Hiroki Mizuno, Yoriko Iwamoto, Akito Morimoto, Kunihiko Hashimoto, Takeshi Ito, Yukihiro Isogai, Masafumi Kashii, Takashi Kaito, Shinsuke Ohba, Ung-il Chung, Alexander C. Lichtler, Kazuya Kikuchi, Hideo Matsuda, Hideki Yoshikawa, Masaru Ishii, “Direct cell–cell contact between mature osteoblasts and osteoclasts dynamically controls their functions in vivo”. Nature Communications, Vol.9(1), No.300. (2018.1).

26.   Babak Ehteshami Bejnordi, Mitko Veta, Paul Johannes van Diest, Bram van Ginneken, Nico Karssemeijer, Geert Litjens, Jeroen A. W. M. van der Laak, and the CAMELYON16 Consortium (Shigeto Seno(49番目, 総61)), “Diagnostic Assessment of Deep Learning Algorithms for Detection of Lymph Node Metastases in Women With Breast Cancer”. JAMA, 318(22), 2199-2210. (2017.12).

27.   Haruya Takahashi, Kohei Sanada, Hiroyuki Nagai, Yongjia Li, Yumeko Aoki, Takeshi Ara, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Rina Yu, Teruo Kawada, Tsuyoshi Goto, "Over-expression of PPARα in obese mice adipose tissue improves insulin sensitivity." Biochemical and Biophysical Research Communications, 493(1), 108-114. (2017.9).

28.   Hironori Shigeta, Tomohiro Mashita, Junichi Kikuta, Shigeto Seno, Haruo Takemura, Masaru Ishii, Hideo Matsuda, "Bone marrow cavity segmentation using graph-cuts with wavelet-based texture feature." Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 15(05), 1740004. (2017.9).

29.   Tsuyoshi Goto, Mariko Hirata, Yumeko Aoki, Mari Iwase, Haruya Takahashi, Minji Kim, Yongjia Li, Huei-Fen Jheng, Wataru Nomura, Nobuyuki Takahashi, Chu-Sook Kim, Rina Yu, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Megumi Aizawa-Abe, Ken Ebihara, Nobuyuki Itoh, Teruo Kawada, “The hepatokine FGF21 is crucial for peroxisome proliferator-activated receptor-α agonist-induced amelioration of metabolic disorders in obese mice”, The Journal of Biological Chemistry, Vol.292, No.22, pp.9175-9190, doi:10.1074/jbc.M116.767590, (2017.6).

30.   Bei-Wen Ying, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Tetsuya Yomo, “A simple comparison of the extrinsic noise in gene expression between native and foreign regulations in Escherichia coli”, Biochemical and Biophysical Research Communications, Vol.486, No.3, pp.852-857, doi: 10.1016/j.bbrc.2017.03.148 (2017.5)

31.   Masaomi Kurokawa, Shigeto Seno (equally contributed), Hideo Matsuda, Bei-Wen Ying, "Correlation between genome reduction and bacterial growth." DNA Research Vol.23, No.6:517-525, doi: 10.1093/dnares/dsw035 (2016.7).

32.   Tsuyoshi Goto, Supaporn Naknukool, Rieko Yoshitake, Yuki Hanafusa, Soshi Tokiwa, Yongjia Li, Tomoya Sakamoto, Takahiro Nitta, Minji Kim, Nobuyuki Takahashi, Rina Yu, Hiromi Daiyasu, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Teruo Kawada, "Proinflammatory cytokine interleukin-1β suppresses cold-induced thermogenesis in adipocytes." Cytokine 77: 107-114 (2016.1).

33.   Kazuma Yama, Yuki Matsumoto, Yoshie Murakami, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Kazuyoshi Gotoh, Daisuke Motooka, Shota Nakamura, Bei-Wen Ying, Tetsuya Yomo (2015). “Functional specialization in regulation and quality control in thermal adaptive evolution”. Genes to Cells, pp.934-955 (2015.11).

34.   Yoichi Takenaka, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, “Detecting the shifts of gene regulatory networks during time-course experiments with a single time point temporal resolution”, Journal of Bioinformatics and Computational Biology, Vol.13, No.5, DOI: 10.1142/S0219720015430027 (2015.9).

35.   Bei-Wen Ying, Tomoya Honda, Saburo Tsuru, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Yasuaki Kazuta, Tetsuya Yomo, “Evolutionary Consequence of a Trade-Off between Growth and Maintenance along with Ribosomal Damages”, PLoS One., 10(8), e0135639 (2015.8).

36.   Mari Yoshida, Saburo Tsuru, Naoko Hirata, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Bei-Wen Ying, Tetsuya Yomo, “Directed evolution of cell size in Escherichia coli”, BMC Evol Biol., Vol. 14, No.1, (2014.12).

37.   Naoki Matsushita, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, “Metagenome fragment classification based on multiple motif-occurrence profiles”, PeerJ, 2, e559 (2014.9).

38.   Bei-Wen Ying, Saburo Tsuru, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Tetsuya Yomo. “Gene expression scaled by distance to the genome replication site”, Mol Biosyst., Vol. 10, No.3, pp.375-379 (2014.3).

39.   Ryo Araki, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, “An estimation method for a cellular-state-specific gene regulatory network along tree-structured gene expression profiles”, Gene, Vol. 518, Iss. 1, pp. 17-25, (2013.3).

40.   Bei-Wen Ying, Shigeto Seno (equally contributed), Fuyuro Kaneko, Hideo Matsuda, Tetsuya Yomo. “Multilevel comparative analysis of the contributions of genome reduction and heat shock to the Escherichia coli transcriptome”, BMC Genomics., Vol. 14, No.25 (2013.1).

41.   Tomoshige Ohno, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, " A Method for Isoform Prediction from RNA-Seq Data by Iterative Mapping", IPSJ Transactions on Bioinformatics, Vol.5 , pp.27-33 (2012.4).

42.   Yukito Watanabe, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, " An Estimation Method for Inference of Gene Regulatory Network Using Bayesian Network with Uniting of Partial Problems", BMC Genomics, Vol.13, Suppl.1, S12 (2012.1).

43.   Tomoyoshi Nakayama, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, " Inference of S-system Models of Gene Regulatory Networks using Immune Algorithm", Journal of Bioinformatics and Computational Biology, Vol.9, Suppl.1, pp.75-86 (2011.12).

44.   Yoichi Takenaka, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, " Perfect Hamming code with a hash table for faster genome mapping", BMC Genomics, Vol. 12(suppl 3):S3 (2011.11).

45.   Nobuyoshi Kittaka, Ichiro Takemasa, Shigeto Seno, Yutaka Takeda, Shogo Kobayashi, Shigeru Marubashi, Keizo Dono, Koji Umeshita, Hiroaki Nagano, Hideo Matsuda, Morito Monden, Masaki Mori, Yuichiro Doki, "Exploration of Potential Genomic Portraits Associated with Intrahepatic Recurrence in Human Hepatocellular Carcinoma.", Annals of Surgical Oncology, Vol.17, No.12, pp.3145-3154 (2010.12).

46.   Tatsuya Yoshikawa, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, "Improved prediction method for protein interactions using both structural and functional characteristics of proteins", IPSJ Transactions on Bioinformatics, Vol.3, pp.10-23 (2010. 3).

47.   Atsushi Takeno, Ichiro Takemasa, Shigeto Seno, Makoto Yamasaki, Masaaki Motoori, Hiroshi Miyata, Kiyokazu Nakajima, Shuji Takiguchi, Yoshiyuki Fujiwara, Toshiro Nishida, Toshitsugu Okayama, Kenichi Matsubara, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, Morito Monden, Masaki Mori and Yuichiro Doki, "Gene Expression Profile Prospectively Predicts Peritoneal Relapse After Curative Surgery of Gastric Cancer", Ann Surg Oncol, Vol 17, No 4, pp.1033-1042 (2010. 4)

48.   Gen Kawamura, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, “A Combination Method of the Tanimoto Coefficient and Proximity Measure of Random Forest for Compound Activity Prediction”, IPSJ Transactions on Bioinformatics, Vol.49, No.SIG5 (TBIO4), pp46-57 (2008.3).

49.   Yoshiyuki Kido, Shigeto Seno, Susumu Date, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, “A Distributed-Processing System for Accelerating Biological Research using Data-Staging”, IPSJ Transactions on Bioinformatics, Vol. 49, No. SIG5 (TBIO4), pp.58-64 (2008.3).

50.   Junya Seo, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, “Retrieving Functionally Similar Bioinformatics Workflows using TF-IDF Filtering”, IPSJ Transactions on Bioinformatics, Vol.48, No.SIG5(TBIO2), pp.20-29 (2007.3).

51.   Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Chikatoshi Kai, Jun Kawai, Piero Carninci, Yoshihide Hayashizaki, Hideo Matsuda, “A Method for Similarity Search of Genomic Positional Expression using CAGE”, PLoS Genetics, Vol.2, No.4, pp.578-586 (2006.4).

52.   Piero Carninci, Shigeto Seno(123番目), 総数194, “The transcriptional landscape of the mammalian genome”, Science, 309, 5740, 1559-1563 (2005.9).

 

学術論文誌(和文誌)

1.      嶋田彩人, 瀬尾茂人*, 繁田浩功, 間下以大, 内田穣, 石井優, 松田秀雄, 生体蛍光観察動画像の深度を考慮した深層学習による細胞追跡精度の改善, 情報処理学会論文誌 数理モデル化と応用, Vol.12, No.2, pp.82-91 (2019.7).

2.      宇佐見潤, 繁田浩, 間下以大, 黒田嘉宏, 菊田順一, 瀬尾茂人, 石井優, 松田秀雄, 竹村治雄, グラフカットを用いた骨髄腔画像の領域分割, 情報処理学会論文誌 数理モデル化と応用, Vol.8, No.3, pp.18-27 (2015.3).

3.      瀬尾茂人*, 間下以大, 前田栄, 竹中要一, 石井優, 松田秀雄, 混合正規分布モデルを用いた経時観測蛍光画像からの細胞核の検出と追跡手法, 情報処理学会論文誌 数理モデル化と応用, Vol.6, No.3, pp.140-150 (2013.12).

4.      渡邉之人, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄, 複数時系列遺伝子発現プロファイルを利用した遺伝子制御ネットワーク推定の精度向上手法, 情報処理学会論文誌 数理モデル化と応用, Vol.6, No.3, pp.151-162 (2013.12).

5.      吉澤陽志, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄, "細胞分化クロストークのモデル化と細胞分化クロストーク遺伝子の推定手法", 情報処理学会論文誌　数理モデル化と応用, Vol. 4, No. 4, pp. 59-68 (2011.11).

 

査読付国際会議

1.    Kenji Fujimoto, Tsubasa Mizugaki, Utkrisht Rajkumar, Hironori Shigeta, Shigeto Seno, Yutaka Uchida,Masaru Ishii,Vineet Bafna, Hideo Matsuda, "A CNN-based cell tracking method for multi-slice intravital imaging data." Proceedings of the 12th ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology, and Health Informatics 2021, Online (2021.8).

2.    Hironori Shigeta, Shigeto Seno, Shino Nishizawa, Yutaka Uchida, Junichi Kikuta, Masaru Ishii, Hideo Matsuda, “Analyzing Leukocyte Migration Trajectories by Deformable Image Matching”, 　IEEE BIBE 2019, Athene, Greek (2019.11).

3.    Seiryo Watanabe, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, “DNN models and postprocessing thresholds for endoscopy artifact detection in practice”, Challenge on Endoscopy Artefacts Detection: Multi-Class Artefact Detection in Video Endoscopy, CEUR Workshop Proceedings, Volume 2366, Venice, Italy (2019.4).

4.    Mitsuhiro Eto, Wataru Hirota, Shigeto Seno*, Hideo Matsuda, “Asymmetric Integration of Single-Cell Transcriptomic Data using Latent Dirichlet Allocation and Procrustes Analysis”, IDASB2018 (The 9th Integrative Data Analysis in Systems Biology), IEEE BIBM2018 Workshop, pp. 2129-2135, S16201, Madrid, Spain (2018.12).

5.    Yoshiaki Sota, Shigeto Seno, Hironori Shigeta, Naoki Osato, Masafumi Shimoda, Shinzaburo Noguchi, Hideo Matsuda, “Detection of Fusion Genes from Human Breast Cancer Cell-line RNA-Seq Data Using Shifted Short Read Clustering”, BIBE2018 (The 18th IEEE International Conference on BioInformatics and BioEngineering), S1.7, Taichung, Taiwan (2018.10).

6.    Yoichi Takenaka, Kazuma Mikami, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Automated Transition Analysis of Activated Gene Regulation during Diauxic Nutrient Shift in Escherichia Coli and Adipocyte Differentiation in Mouse Cells, APBC 2018 (The Sixteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference), O39, Yokohama, Japan (2018.1).

7.    Viacheslav Kapilevich, Shigeto Seno, Hideo Matsuda and Yoichi Takenaka, “Chromatin 3D reconstruction from chromosomal contacts using a genetic algorithm”, The 28th International Conference on Genome Informatics GIW/BIOINFO 2017, Seoul, Korea (2017.11).

8.    Hironori Shigeta, Tomohiro Mashita, Junichi Kikuta, Shigeto Seno, Haruo Takemura, Masaru Ishii, and Hideo Matsuda, "Bone Marrow Cavity Segmentation using Graph-cuts with Wavelet-Based Texture Feature", The 16th International Conference on Bioinformatics (InCoB 2017), Shenzhen, China, paper ID 105 (2017.9).

9.    Yoshiaki Sota, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, Shinzaburo Noguchi, “Comparative Analysis of Transformation Methods for Gene Expression Profiles in Breast Cancer Datasets”, Proceedings of 2016 IEEE 16th International Conference on Bioinformatics and Bioengineering, BIBE 2016, Taichung, Taiwan, pp328-333 (2016.10).

10.  Yoichi Takenaka, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, “Detecting the shifts of gene regulatory networks during time-course experiments with a single time point temporal resolution”, GIW/InCOB2015, Tokyo, Japan, J13, (2015.9).

11.  Hironori Shigeta, Tomohiro Mashita, Takeshi Kaneko, Junichi Kikuta, Shigeto Seno, Haruo Takemura, Hideo Matsuda and Masaru Ishii, “A Graph Cuts Image Segmentation Method for Quantifying Barrier Permeation in Bone Tissue”, 1st Workshop on Pattern Recognition Techniques for Indirect Immunofluorescence Images Analysis, Stockholm, Sweden, pp. 16-19 (2014.8).

12.  Tomohiro Mashita, Jun Usami, Hironori Shigeta, Yoshihiro Kuroda, Junichi Kikuta, Shigeto Seno, Masaru Ishii, Hideo Matsuda and Haruo Takemura, “A Segmentation Method for Bone Marrow Cavity Image Using Graph-Cuts”, 1st Workshop on Pattern Recognition Techniques for Indirect Immunofluorescence Images Analysis, Stockholm, Sweden, pp. 20-23 (2014.8).

13.  Shigeto Seno. ”Estimating Intravital Concentration Gradient of Chemoattractant Based on Mathematical Models of Osteoclast Precursor Chemotaxis”, Towards comprehensive understanding of immune dynamism, Osaka, Japan, B-13 (2013.11).

14.  Yuta Okuma, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda. “Gene Set Enrichment Analysis for a Long Time Series Gene Expression Profile”, BIOCOMP'13, Las Vegas, USA, pp.412-417 (2013.7).

15.  Kensuke Suzuki, Daisuke Ueta, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda. “A Method of Sequence Analysis for High-Throughput Sequencer Data Based on Shifted Short Read Clustering”, BIOCOMP'13, Las Vegas, USA, pp.380-386 (2013.7).

16.  Tomoyoshi Nakayama, Hiromi Daiyasu, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda. “Reconstruction of Dynamic Gene Regulatory Networks for Cell Differentiation by Separation of Time-course Data”, BIOCOMP'13, Las Vegas, USA, pp.375-379 (2013.7).

17.  Ryo Araki, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, “An estimation method for a cellular-state-specific gene regulatory network along tree-structured gene expression profiles”, GIW2012, Tainan, Taiwan, P13 (2012.12).

18.  Shigeto Seno, Sakae Maeda, Tomohiro Mashita, Yoichi Takenaka, Masaru Ishii, Hideo Matsuda, ”Automatic cell tracking for time-lapse fluorescent images of cell cycle”, Towards Comprehensive Understanding of Immune Dynamism 2012, Osaka, Japan, B16 (2012.10).

19.  Yukito Watanabe, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, “Bayes-based inference of gene regulatory network for multiple time series gene expression profile, Joint Conference on Informatics is Biology, Medicine and Pharmacology, Tokyo, Japan, (2012.10).

20.  Tomoyoshi Nakayama, Yoshiyuki Kido, Hiromi Daiyasu, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, ”Estimation of Dynamic Gene Regulatory Networks for Cell Differentiation by Splitting Time Course Data”, Joint Conference on Informatics is Biology, Medicine and Pharmacology, Tokyo, Japan, (2012.10).

21.  Sho Ohsuga, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, “Two-stage method to infer gene regulatory network utilizing Link Prediction”, Joint Conference on Informatics is Biology, Medicine and Pharmacology, Tokyo, Japan, (2012.10).

22.  Masakazu Sugiyama, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, “Comparison of Gene Expressions measured by RNA-seq and Microarray for Transcriptome Analysis of Adipose Tissues”, Joint Conference on Informatics is Biology, Medicine and Pharmacology, Tokyo, Japan, (2012.10).

23.  Tomoshige Ohno, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, “Transcript-Type Dependent Normalization of Expression Levels in RNA-Seq Data for Non-Coding RNA Analysis”, Joint Conference on Informatics is Biology, Medicine and Pharmacology, Tokyo, Japan, (2012.10).

24.  Shigeto Seno, Tomohiro Mashita, Yoichi Takenaka, Masaru Ishii, Hideo Matsuda, “A cell-tracking method for time-lapse multicolor fluorescent images”, Bioimage Informatics 2012, Dresden, Germany, p.57 (2012.9).

25.  Yukito Watanabe, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, " An Estimation Method for Inference of Gene Regulatory Network Using Bayesian Network with Uniting of Partial Problems", The Tenth Asia Pacific Bioinformatics Conference, Melbourne, Australia, A3.1 (2012.1).

26.  Tomoyoshi Nakayama, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, " Inference of S-system Models of Gene Regulatory Networks using Immune Algorithm", Genome Informatics Workshop 2011, Busan, Korea. (2011.12).

27.  Yoichi Takenaka, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, " Perfect Hamming code with a hash table for faster genome mapping", InCoB/ISCB-Asia Joint Conference 2011, Kobe, Japan (2011.11).

28.  Daisuke Ueta, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, "Mutation-aware clustering with error correction for short-read genome mapping", The Proceedings of the 2011 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics, Kobe, Japan, (2011.11)

29.  Mari Yoshida, Nao Hiramoto, Shigeto Seno, Saburo Tsuru, Bei-Wen Ying, Tetsuya Yomo, “Size evolution with a laboratory Escherichia coli strain”, International Symposium on Synthesizing life and biological systems, Osaka, Japan, (2011.10).

30.  Tomoshige Ohno, Motokazu Ishikawa, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, " An Improved RNA-Seq Analysis Method for Isoform Prediction by Iterative Mapping", The 21st International Conference on Genome Informatics, Hangzhou, China, ID:8 (2010.12).

31.  Takuya Ishibashi, Yoshiyuki Kido, Takanori Fukumoto, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, "A metadata management system for composing bioinformatics workflows", 9th International Conference on Bioinformatics (InCoB2010), Tokyo, Japan, No.187 (2010.9).

32.  Junya Seo, Yoshiyuki Kido, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, "A Method for Efficient Execution of Bioinformatics Workflows", Genome Informatics, Yokohama, Japan, vol.23, pp.139-148 (2009. 12).

33.  Masahiko Hamada, Yoshiyuki Kido, Shigeto Seno, Hiromi Daiyasu, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, “A Method for Making a New Reference Set of PDB Entries for Retrieving Protein 3D Structures with Structural Annotations”, The Proceedings of the 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics, Osaka, Japan, (2008.12).

34.  Takashi Shimizu, Yoshiyuki Kido, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, “A Method for Reducing Bounds of Compound Search by Dividing Structure Key”, The Proceedings of the 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics, Osaka, Japan, (2008.12).

35.  Junya Seo, Shigeto Senoo, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, “Extraction of Functionally Similar Bioinformatics Workflows”, 6th International Workshop on Distibuted Applications, Web Services, Tools and GRID Infrastructures for Bioinformatics (NETTAB 2006), Cagliali, Italy, pp.70-74 (2006.7).

36.  Shigeto Seno, Reiji Teramoto, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, “A method for clustering gene expression data based on graph structure”, Genome Informatics, Tokyo, Japan, 15(2):151-60 (2004.12 ).

 

Preprints

1.      Kazufumi Hosoda, Shigeto Seno, Naomi Murakami, Hideo Matsuda, Yutaka Osada, Michio Kondoh, “A model ecosystem of twelve cryopreservable microbial species allowing for a non-invasive approach”, bioRxiv, 10.1101/2020.10.23.351742 (2020.10).

2.      Mikio Shiga, Shigeto Seno, Makoto Onizuka, Hideo Matsuda, “SC-JNMF: Single-cell clustering integrating multiple quantification methods based on joint non-negative matrix factorization”, bioRxiv, 10.1101/2020.09.30.319921 (2020.9) (published in PeerJ).

 

 

著書・解説

1.      瀬尾茂人，赤澤秀樹，深田宗一朗：「AIを活用した筋線維解析技術」実験医学10月号，p2693-2698, (2020.10).

2.      Shigeto Seno, Quantitative Data Analysis for Live Imaging of Bone. Clin Calcium 28 (2), 193-200. (2018.1).

 

招待講演・依頼講演

1.    瀬尾茂人，1細胞発現解析と細胞画像処理，またその共同研究について，第３回バイオインフォマティクスセミナー，大阪大学大学院医学系研究科，Zoom ウェビナー (2022.1).

2.    瀬尾茂人，生命科学データの情報処理について，化学工学会第52回秋季大会，バイオ部会，SY-69，VM113 (2021.9).

3.    瀬尾茂人，シングルセル発現解析ツールの動向について，Single-Cell 2021 Osaka セミナー(2021.9).

4.    Shigeto Seno, Cell Tracking and Quantitative Analysis for Microscopy Imaging Data, UCSD-OU Workshop on Information Science for Future Society (2019.3).

5.    瀬尾茂人，バイオインフォマティクスと機械学習，阪大AI Meet UP (2019.2).

6.    瀬尾茂人，IT系から見たシングルセル遺伝子発現解析，Single-Cell 2018 Osaka セミナー(2018.5).

7.    瀬尾茂人，バイオインフォマティクスのデータマイニング，奈良先端科学技術大学院大学DSCトーク (2018.3).

8.    瀬尾茂人，バイオイメージインフォマティクスと共同研究について，日本生物工学会・バイオインフォマティクス相談部会第一回講演会(2017.12).

9.    瀬尾茂人，バイオサイエンスのための生体医用画像，生体医用画像研究会第3回若手の会(2016.3).

10.  瀬尾茂人, イメージングデータの定量化とトランスオミクス解析, 生理学研究所研究会「生物学的階層構造をまたぐセルセンサー情報伝達に関する戦略的研究開発」(2015.9).

11.  瀬尾茂人, バイオイメージングデータからのデータマイニング,大阪大学生命機能数理モデル検討会（2014.8）.

12.  瀬尾茂人, バイオイメージ・インフォマティクスとデータマイニング,大阪大学基礎工学部統計数理講座セミナー（2014.5）.

 

査読のない国際会議

1.    Toshiya Tanaka, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, “Feature selection with VAE for scRNA-seq analysis”, 29th Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) (2021.7).

2.    Takumi Adachi, Junko Yoshida, Shigeto Seno, Kyoji Horie, Hideo Matsuda, "Cell trajectory inference for revealing differentiation process of mouse stem cells using single cell RNA-seq data", 28th Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) (2020.7).

3.    Tsubasa Mizugaki, Utkrisht Rajkumar, Kenji Fujimoto, Hironori Shigeta, Shigeto Seno, Yutaka Uchida, Masaru Ishii, Vineet Bafna, Hideo Matsuda, "A method for tracking cell migration in vivo based on deep learning with target detection", 28th Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) (2020.7).

4.    Naoki Osato, Hironori Shigeta, Shigeto Seno, Yutaka Uchida, Junichi Kikuta, Masaru Ishii, Hideo Matsuda, “Single-cell transcriptome analysis of mouse leukocytes in inflammatory stimulation”, IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM 2019), pp.1229-1231, San Diego, USA (2019.10).

5.    Kenji Fujimoto, Shigeto Seno, Hironori Shigeta, Tomohiro Mashita, Yutaka Uchida, Masaru Ishii, Hideo Matsuda, "Data Augmentation for Immune Cell Tracking using Random Walk Models and Generative Adversarial Networks", Bioimage Informatics 2019, P.2.15, Seattle, USA (2019.10).

6.    Hideo Matsuda, Naoki Osato, Yutaka Uchida, Hironori Shigeta, Shigeto Seno, Masaru Ishii, “Single-cell RNA-seq analysis combined with live cell imaging on inflammatory response”, 27th Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and 18th European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB), D-098, Basel, Switzerland (2019.7).

7.    Shuhei Yao, Hironori Shigeta, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, “A study on novel estimation method of cell differentiation lineage by single cell trajectory inference”, 27th Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and 18th European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB), D-014, Basel, Switzerland (2019.7).

8.    Kaito Uemura, Naoki Osato, Hironori Shigeta, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, “A method for inferring gene regulatory networks based on pseudo time-series gene expression profiles from single-cell RNA-seq data”, 27th Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and 18th European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB), D-014, Basel, Switzerland (2019.7).

9.    Hideki Akazawa, Seiryo Watanabe, Hironori Shigeta, Tomohiro Mashita, Tsuyoshi Goto, Teruo Kawada, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, “Data augmentation using image analogies for adipocyte image segmentation”, ISBI19 (IEEE International Symposium on Biomedical Imaging), WeP4O-10.2, Venice, Italy (2019.4).

10.  Meya Cho, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Yoichi Takenaka, “Functional analysis of metagenome using composition-based method”, APBC 2018 (The Sixteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference), A16, Yokohama, Japan (2018.1).

11.  Kazumasa Saito, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Yoichi Takenaka, Missing value imputation for gene expression data with Deep Learning, APBC 2018 (The Sixteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference), A16, Yokohama, Japan (2018.1).

12.  Shigeto Seno, Masayuki Furuya, Junichi Kikuta, Masaru Ishii, Hideo Matsuda, “A method of bioimage analysis for spatial pattern of cellular interaction and intercalation”, The 25th conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and the 16th European Conference on Computation Biology (ISMB/ECCB 2017), Session B-385, Prague, Czech Republic (2017.7).

13.  Hideo Matsuda, Hironori Shigeta, Shigeto Seno, Junichi Kikuta, Masaru Ishii, “Analyzing cell migration dynamics from intravital imaging by deformable image matching”, The 25th conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and the 16th European Conference on Computation Biology (ISMB/ECCB 2017), Session B-383, Prague, Czech Republic (2017.7).

14.  Mitsuhiro Eto, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, “Clustering of cells for single cell analysis using Latent Dirichlet Allocation”, The 25th conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and the 16th European Conference on Computation Biology (ISMB/ECCB 2017), Session B-071, Prague, Czech Republic (2017.7).

15.  Hironori Shigeta, Tomohiro Mashita, Junichi Kikuta, Shigeto Seno, Haruo Takemura, Hideo Matsuda, Masaru Ishii, “A Bone Marrow Cavity Segmentation Method Using Wavelet-Based Texture Feature”, the 23rd International Conference on Pattern Recognition, Cancun, Mexico,  (2016.12).

16.  Fuki Iwasaki, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, An Accurate Estimation Method for Expression Profiles of Novel Transcripts from RNA-Seq Data, ISMB2016, Florida, USA, N24 (2016.7).

17.    Hideo Matsuda, Junko Tsuda, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, “A Method for Reducing False Positives of Target Genes of MicroRNAs by Combining Two Prediction Tools”, ISMB2016, Florida, USA, O49 (2016.7).

18.  Yoichi Takenaka, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, “Dynamic analysis of gene regulations using leaving-one-out expression profile”, International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB 2016), No.48, California, USA (2016.4).

19.  Kazumasa Saito, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, “Bayesian network inference from gene expression profiles with a small number of samples”, International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB 2016), No.50, California, USA (2016.4).

20.    Masayuki Furuya, Junichi Kikuta, Hiroki Mizuno, Shigeto Seno, Hiroki Maeda, Kazuya Kikuchi, Hideo Matsuda, Hideki Yoshikawa, Masaru Ishii, “Intravital imaging of coupling between osteoblasts and osteoclasts by using multiphoton Microscopy”, American Society for Bone and Mineral Research: ASBMR, Seattle, USA, FR0182, (2015.9).

21.  Kohei Kurashige, Shigeto Seno, Tomohiro Mashita, Junichi Kikuta, Yoichi Takenaka, Masaru Ishii, Hideo Matsuda, “Improvement approach of cell tracking accuracy by using inter-frame information”, Bioimage Informatics 2014, Leuven, Belgium, P38 (2014.10)

22.  Kojiro Fukuda, Shigeto Seno, Tomohiro Mashita, Yoichi Takenaka, Masaru Ishii, Hideo Matsuda, “An automatic event detection method using semi-supervised learning for time-lapse imaging data”, Bioimage Informatics 2014, Leuven, Belgium, P22, (2014.10)

23.  Yoichi Takenaka, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, “Chronological analysis of regulatory strength on gene regulatory networks”, ECCB 2014, Strasbourg, France, B04, (Jul, 2014).

24.  Tomoshige Ohno, Hiromi Daiyasu, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda. “Integrative prediction of miRNA-mRNA interactions from high-throughput sequencing data”, RECOMB/ISCB Conference on Regulatory and Systems Genomics, with DREAM Challenges 2013, Toronto, Canada, (2013.11).

25.  Naoki Matsushita, Hiromi Daiyasu, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda. “Multiplication of Motif Occurrence Profiles for Metagenome Fragment Classification”, 2013 IEEE EMBC Short Papers, Osaka, Japan, (2013.7)

26.  Yuta Okuma, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda. “Gene Set Enrichment Analysis for Time-Series Gene Expression Profile”, 2013 IEEE EMBC Short Papers, Osaka, Japan, (2013.7).

27.  Tomoyoshi Nakayama, Yoshiyuki Kido, Hiromi Daiyasu, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, “Estimate Dynamic Gene Regulatory Networks in Adipocyte Differentiation for Detecting Changes of Gene Regulations by Splitting Time Course Data”, GIW2012, Tainan, Taiwan, (2012.12).

28.    Yoichi Takenaka, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, “All the 1+3n one-mismatch sequences of n-mer DNA are involved in 22.2+0.00879n strings of Perfect Linear Code words on DNA”, International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2012) , Long Beach, USA, (2012.7).

29.  Yoichi Takenaka, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, “Perfect linear code reduces the solution space of genome mapping from 1+3n to 22.2 + 0.00879n to find one-mismatch for n-mer short reads”, Special Interest Group Meetings of High-Throughput Sequencing at International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2012), Long Beach, USA, (2012.7).

30.  Yoshimi Kawakami, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda , "A random forest approach to the detection of a rare disease in the case control studies", Genome Informatics Workshop 2011, Busan, Korea, (2011.12).

31.  Yoichi Takenaka, Tomoshige Ohno, Kayo Okuda, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, "Sequence determination and expression estimation of alleles from RNA-Seq data", InCoB/ISCB-Asia Joint Conference 2011, Kuala Lumpur, Malaysia, (2011.11).

32.  Ryo Araki, Yoichi Takenaka, Tomoshige Ohno, Yukito Watanabe, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, "Detect unique gene regulatory networks along dendrogram of cell differentiation", InCoB/ISCB-Asia Joint Conference 2011, Kuala Lumpur, Malaysia, (2011.11).

33.  Tatsuya Kitaguchi, Shigeto Seno, YoichiTakenaka, Hideo Matsuda, " Network analysis for time-series expression profile using nested effects models", The Proceedings of the 2011 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics, Kobe, Japan, (2011.11).

34.  Tomoshige Ohno, Kiyoshi Yoshizawa, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, " A Directed Graphical Gaussian Model for Inferring Gene Regulatory Networks", International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2011), Vienna, Austria, X16 (2011.7).

35.  Yukito Watanabe, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, " A Method for Inference of Gene Regulatory Network based on Bayesian Network with Uniting of Partial Problems", International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2011), Vienna, Austria, N13 (2011.7).

36.  Masakazu Sugiyama, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, " A method for risk predicition of a serious disease using rule-based analysis", International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2011), Vienna, Austria, M12 (2011.7).

37.  Sho Ohsuga, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, " Feature selection for specifying experimental conditions that activate gene transcriptions", International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2011), Vienna, Austria, N12 (2011.7).

38.  Yoichi Takenaka, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, " Perfect Hamming Code as Hash key for Fast Genome Mapping", International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2011), Vienna, Austria, U22 (2011.7).

39.  Tomoyoshi Nakayama, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda., " A Bootstrapping Method of S-system Model for Estimating Timeline Gene Regulatory Networks", The Proceedings of the 2010 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics, Fukuoka, Japan, P027 (2010.12).

40.  Kiyoshi Yoshizawa, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, "Revealing Regulatory Relationships of Crosstalk with Multiple Time-series Gene Expression Profiles", The Proceedings of the 2010 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics, Yokohama, Japan, P017, (2010.9).

41.  Tomoyoshi Nakayama, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, " An Estimation Method of S-system Model of Gene Regulatory Networks Using Immune Algorithm", International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2010), Boston, USA, X060 (2010.7).

42.  Daisuke Ueta, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, "A method for detecting structural variants from massive paired end genome sequences by mapping signatures", International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2010), Boston, USA, U41 (2010.7)

43.  Takuya Hashimoto, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, "A method for predicting compound-protein interactions using canonical correlational analysis", International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2010), Boston, USA, M15 (2010.7).

44.  Ly Nguyen, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, "An algorithm for fast exact search of chemical compounds by clustered data beforehand", 21st International Workshop on Combinatorial Algorithms, London, UK, (2010.7).

45.  Takahiro Kishimoto, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, "A Method for Extraction of the Active Compound Groups which Have Strong Relationship between Structure and Activity", The 20th International Conference on Genome Informatics, Yokohama, Japan, P133 (2009.12).

46.  Yuya Shuto, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, "A Method for the Inference of Gene Regulatory Networks based on Dynamic Bayesian Network with Clustering of Time-Series Subsequences", The 20th International Conference on Genome Informatics, Yokohama, Japan,  P080 (2009. 12)

47.  Kiyoshi Yoshizawa, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, "A Method of Estimation of Crosstalk Genes with Multiple Time-Series Gene Expression Profiles", The 20th International Conference on Genome Informatics, Yokohama, Japan, P057 (2009.12).

48.  Yuya Shuto, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, "A Method for Inference of Gene Regulatory Networks based on Bayesian Network with Clustering of Time-Series Subsequences", International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2009), Stockholm, Japan, (2009.7).

49.  Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, "A method for analyzing gene expression profiles based on the underlying structures", International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2009), Stockholm, Japan, (2009. 7).

50.  Mitsuru Jikeya, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, “A Method for Analysis of Tissue-Specific Transcriptional Control Using Distributions of Transcription Starting Sites”, The Proceedings of the 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics, Osaka, Japan, (2008.12).

51.  Junya Seo, Yoshiyuki Kido, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, “An Efficient Data Transfer on Workflows for Genome-wide Analysis”, The Proceedings of the 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics, Osaka, Japan, (2008.12).

52.  Junya Seo, Yoshiyuki Kido, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, “Architecture of an Efficient Data Transfer System and Manager for Genome-wide Analysis Workflows”, The 3rd MEI International Symposium 2008, San Francisco, USA, p.58 (2008.12).

53.  Reiji Ohsugi, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, “The Validity Evaluation of Gene Regulatory Network Motifs Based on Differential Equation Model”, The Proceedings of the 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics, Osaka, Japan, (2008.12).

54.  Mitsuru Jikeya, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, “A Clustering Method for Expression Patterns of Transcription Starting Sites”, International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2008), Toronto, Canada, (2008.7).

55.  Junya Seo, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, “A Data Transmission Method for Web Services in Bioinformatics Workflows”, International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2008) , Toronto, Canada, (2008.7).

56.  Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, “A method for analysis of tissue-specific alternative transcripts using CAGE tags”, International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2008) , Toronto, Canada, (2008.7).

57.  Junya Seo, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, “A Method for Retrieving Functionally Similar Bioinformatics Workflows”, Proceedings of 2007 Annual Conference of Japanese Society for Bioinformatics, Tokyo, Japan, (2007.12).

58.  Shigeto Seno, Reiji Teramoto, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, “P-Quasi complete linkage clustering method for gene-expression profiles based on distribution analysis”, International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, Cydney, Australia, (2003.7).

59.  Shigeto Seno, Reiji Teramoto, Hideo Matsuda, “P-Quasi Complete Linkage Analysis for Gene-Expression Data”, Proceedings of 1st IEEE Computer Society Bioinformatics Conference (CSB2002), Palo Alto, USA, p.342 (2002.8).

 

査読のある国内会議

1.      瀬尾茂人, 間下以大, 前田栄, 竹中要一, 石井優, 松田秀雄, ”多色蛍光イメージングによる経時観測データのための細胞追跡手法”,View2012(2012.12).

 

査読のない国内会議

1.    椙村渉, 瀬尾茂人, 深田宗一朗, 松田秀雄, 時系列ラベルを用いた弱教師あり学習による筋組織再生過程の定量化手法の提案, 第137回数理モデル化と問題解決研究発表会 (2022.3).

2.    新田恭晟, 瀬尾茂人, 細田一史, 松田秀雄, 畳み込みニューラルネットワークを用いた繰り返しパターンの検出手法と顕微鏡画像への応用, 第137回数理モデル化と問題解決研究発表会 (2022.3).

3.    渡部綾, ブライソン ジェームス, 藤本健二, 繁田浩功, 瀬尾茂人, 松田秀雄, 炎症刺激に対する免疫細胞の動態解析のための深層学習に基づく細胞追跡手法, 第137回数理モデル化と問題解決研究発表会 (2022.3).

4.    志賀幹夫, 瀬尾茂人, 鬼塚真, 松田秀雄, 一細胞遺伝子発現解析のためのJoint-NMFを用いたクラスタリング手法, 第42回日本分子生物学会年会, 1P-0633 (2019.12).

5.    藤本健二, 瀬尾茂人, 渡邊誓旅, 繁田浩功, 間下以大, 松田秀雄, 細胞画像の領域分割のための敵対的生成ネットワークを用いた訓練データ生成手法, 第22回 画像の認識・理解シンポジウム (MIRU2019) (2019.8).

6.    瀬尾茂人，池田わたる，繁田浩功，松田秀雄，蛍光顕微鏡画像のための情報処理技術〜グラフカットによる毛細血管の抽出，第2回蛍光ガイド手術研究会（2019.5）．

7.    嶋田彩人, 瀬尾茂人, 繁田浩功, 間下以大, 内田穣, 石井優, 松田秀雄, 生体蛍光観察動画像の深度を考慮した深層学習による細胞追跡精度の改善, 第122回数理モデル化と問題解決研究発表会 (2019.3).

8.    Shigeto Seno，Deep Learning Technique for Skeletal Muscle Image Analysis，第６回若手による骨格筋細胞研究会 (2018.11).

9.    赤沢秀樹, 渡邊誓旅, 繁田浩功, 間下以大, 瀬尾茂人, 松田秀雄, 細胞画像のセグメンテーション精度向上のための画像類推を用いた学習データ拡張, 画像の認識・理解シンポジウム(MIRU2018), PS2-22 (2018.8)

10.  柳澤篤，菊田順一，瀬尾茂人，繁田浩功，菊地和也，松田秀雄，石井優, 生体イメージングによる破骨細胞の骨吸収動態の画像解析, 第36回日本骨代謝学会学術集会 (2018.7).

11.  広田航，江藤充宏，瀬尾茂人，松田秀雄，Pachinko Allocation Modelを用いたクラスタリングによるシングルセル発現解析手法，第117回数理モデル化と問題解決研究発表会 (2018.3).

12.  瀬尾茂人, 渡邊誓旅, 後藤剛, 竹中要一, 河田照雄, 松田秀雄, ディープラーニングを用いた脂肪組織画像における細胞の計数, 第22回アディポサイエンス・シンポジウム (2017.8)

13.  嶋田彩人, 繁田浩功, 瀬尾茂人, 池田わたる, 竹中要一, 松田秀雄，蛍光顕微鏡画像のためのグラフカットによる毛細血管の抽出手法, 画像の認識・理解シンポジウム(MIRU2017), PS1-65 (2017.8)

14.  江藤充宏, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄, 一細胞解析のための潜在的ディリクレ配分法を用いた遺伝子群の機能予測手法, NGS現場の会第5回研究会, 6-14 (2017.5).

15.  大里直樹, 繁田浩功, 瀬尾茂人, 松田秀雄, １細胞RNA-seqの特性を考慮した遺伝子発現差解析手法の検討, NGS現場の会第5回研究会, 7-14 (2017.5).

16.  伊藤澄美，瀬尾茂人，繁田浩功，菊田順一，竹中要一，石井優，松田秀雄, 細胞個体の移動傾向の違いを考慮したグローバルデータアソシエーションを用いた細胞追跡手法, 第112回数理モデル化と問題解決研究発表会 (2017.3).

17.  薮崎隼人，瀬尾茂人，竹中要一，後藤剛，河田照雄，松田秀雄, 畳み込みニューラルネットワークを用いた脂肪細胞セグメンテーションにおける分割精度改善手法の提案, 第112回数理モデル化と問題解決研究発表会 (2017.3).

18.  瀬尾茂人, 間下以大，繁田浩功，菊田順一，竹中要一, 石井優，松田秀雄, 粒子フィルタを用いた細胞核の追跡, 外観検査アルゴリズムコンテスト2016, AL06 (2016.12)

19.  繁田浩功，間下以大，菊田順一，瀬尾茂人，石井優，松田秀雄，模様特徴量とグラフカットを利用した生体骨組織の骨髄腔の領域分割，第5回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP-2016) (2016.9).

20.  松原周平, 瀬尾茂人, 西澤 志乃, 菊田 順一, 竹中 要一, 石井 優, 松田 秀雄, “オプティカルフローとウェーブレット解析を用いた白血球の動態の解析手法”, バイオイメージインフォマティクスワークショップ2016, P03 (2016.6).

21.  渡邊誓旅, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田 秀雄, “画像処理とディープラーニングの手法を用いた病理診断支援”, バイオイメージインフォマティクスワークショップ2016, P24 (2016.6).

22.  草田義昭, 瀬尾茂人, 竹中要一, 野口眞三郎, 松田秀雄, “乳癌データベースを用いた遺伝子発現プロファイルの数値変換の検討”, 第45回バイオ情報学研究発表会(2016.3).

23.  齋藤和正, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄, “小サンプル数データに対するベイジアンネットワークのスコアベース構造学習改善手法”, 第45回バイオ情報学研究発表会(2016.3).

24.  水野雄太，瀬尾茂人，渡邊誓旅，竹中要一, 平松拓郎，後藤剛，河田照雄，松田秀雄, “Deep learningを用いた脂肪組織画像における細胞の認識”, 第107回数理モデル化と問題解決研究発表会(2016.3).

25.  藏重昂平，瀬尾茂人，竹中要一，松田秀雄, “コンポーネントツリーとデータアソシエーションを用いた細胞追跡手法”, 第107回数理モデル化と問題解決研究発表会(2016.3).

26.  藤代昂希, 瀬尾茂人, 竹中要一, 古家雅之, 菊田順一, 石井優, 松田秀雄, “オプティカルフローを用いた3次元生体イメージングデータからの細胞動態の解析”, 第201回CVIM研究会(2016.3).

27.  西澤志乃, 菊田順一, 瀬尾茂人, 松田秀雄, 石井優, “生体イメージング技術を駆使したトロンボモジュリンの新たな作用機序解明”, BMB2015, 3T23p-05(3P0080)(2016.12.

28.  吉田拓真, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄, “共通k-mer種別数に基づくメタゲノム分類手法”, 第4回NGS現場の会 (2015.7).

29.  上木怜, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄, “ダイナミックベイジアンネットワークを用いた遺伝子制御ネットワーク推定の部分問題化による近似解法”, 第 42 回バイオ情報学(BIO)研究会 (2015.6).

30.  松原周平, 瀬尾茂人, 菊田順一, 竹中要一, 石井優, 松田秀雄, “オプティカルフローを用いた血管中を遊走する白血球の動態の解析手法”, バイオイメージインフォマティクス・ワークショップ2015 (2015.6).

31.  藏重昂平, 瀬尾茂人, 間下以大, 菊田順一, 竹中要一, 石井優, 松田秀雄, “コンポーネントツリーを用いたグローバルデータアソシエーションによる細胞追跡手法”, バイオイメージインフォマティクス・ワークショップ2015 (2015.6).

32.  瀬尾茂人, 間下以大, 竹中要一, 石井優, 松田秀雄, “抗がん剤の薬効評価のための経時観察蛍光画像からのデータマイニング”, バイオイメージインフォマティクス・ワークショップ2015 (2015.6).

33.  Ryo Taguchi, Shigeto Seno, Junichi Kikuta, Yoichi Takenaka, Masaru Ishii Hideo Matsuda, “A rendering method based on local maximum intensity projection for in vivo cellular imaging”, Proceedings of Medical and Biological Imaging - JSMBE (2015.3)

34.  繁田浩功, 間下以大, 金子雄, 菊田順一, 瀬尾茂人, 竹村治雄, 松田秀雄, 石井優, "生体骨組織における骨髄腔画像のウェーブレット変換を用いた骨髄腔領域の認識手法, 情報処理学会CVIM (2015.1.).

35.  瀬尾茂人, 菊田順一, 竹中要一, 石井優, 松田秀雄, イベントヒストリー分析を用いたバイオイメージングデータの解析手法, 第37回日本分子生物学会年会，3P-962 (2014.11).

36.  吉田 拓真, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄, リードの由来階級の既知・未知予測に基づくメタゲノム配列の系統分類手法, 情報処理学会研究報告, 第３９回バイオ情報学研究会 (2014.9).　

37.  藏重昂平, 福田浩二郎, 瀬尾茂人, 間下以大, 竹中要一, 松田秀雄, 大域データ対応付けの反復実行による細胞追跡精度の改善手法, 情報処理学会研究報告, 第３９回バイオ情報学研究 (2014.9).

38.  津田絢子,瀬尾茂人,竹中要一,松田秀雄,”ベイジアンネットワークによる遺伝子制御ネットワーク推定結果の反復構築のための計算速度向上手法”, 第98回MPS・第38回BIO合同研究発表会(2014.6).

39.  福田浩二郎, 瀬尾茂人, 間下以大, 竹中要一,松田秀雄,タイムラプスイメージングによる細胞周期観測画像の時空間解析,バイオイメージ・インフォマティクスワークショップ2014(2014.6).

40.  小森康祐,瀬尾茂人,間下以大,竹中要一,松田秀雄,”マルチチャンネル蛍光顕微鏡動画のためのパーティクルフィルタを用いた細胞追跡手法”,　第76回情報処理学会全国大会,5K-5 (2014.3).

41.  宇佐見潤,繁田浩功,間下以大,黒田嘉宏,菊田順一,瀬尾茂人,石井優,松田秀雄,竹村治雄,”グラフカットを用いた骨髄腔画像の領域分割”, 第97回数理モデル化と問題解決研究発表会, 2014-MPS-97(2014.3).

42.  荒木 嶺, 瀬尾 茂人,竹中 要一,松田 秀雄,”時系列発現プロファイルを用いた時期特異的に機能するPPIサブネットワークの探索手法”,第36回日本分子生物学会年回,2P-1053 (2013.12).

43.  瀬尾茂人,細胞のタイムラプスイメージングデータからの情報処理とデータマイニング,定量生物学の会第六回年会,60 (2013.11).

44.  福田浩二郎,瀬尾茂人,間下以大,前田栄,竹中要一,石井優,松田秀雄,”経時観測蛍光画像からのモーションヒストリーイメージを用いた細胞分裂の検出方法”,第16回画像の認識・理解シンポジウムMIRU2013 (2013.8).

45.  尾野貴広, 瀬尾茂人, 間下以大,竹中要一,石井優,松田秀雄,”Global Data Associationによる経時観察画像における破骨前駆細胞の自動追跡手法”,第16回画像の認識・理解シンポジウムMIRU2013 (2013.7).

46.  川田愛明,大野朋重,瀬尾茂人,竹中要一,松田秀雄,RNA-seq データを用いたDifferential Alternative Splicing の検出ツールの比較考察,NGS現場の会第三回研究会,3-28-A(2013.9)

47.  吉田拓真,瀬尾茂人,竹中要一,松田秀雄,多次元尺度構成法によるリード分類結果の視覚化,NGS現場の会第三回研究会,5-19-B(2013.9)

48.  竹中要一,瀬尾茂人,松田秀雄,長いリードを計算機で扱うのに完全線形符号が効果的だと思うのです。,NGS現場の会第三回研究会,7-13-A(2013.9)

49.  奥田華代, 竹中要一, 大野朋重, 瀬尾茂人, 松田秀雄,”Improvement of the Accuracy of Mapping by Composing Alleles”,情報処理学会　第75回全国大会（平成２５年）講演論文集,1B-6 (2013.3).

50.  瀬尾茂人,間下以大,前田栄,竹中要一,石井優,松田秀雄, “混合正規分布モデルを用いた経時観測蛍光画像からの細胞核の検出と追跡手法”, 第92回数理モデル化と問題解決研究発表会, 2013-MPS-92,5(2013.2).

51.  渡邉之人,瀬尾茂人,竹中要一,松田秀雄, ”複数時系列遺伝子発現プロファイルを利用した遺伝子制御ネットワーク推定の精度向上手法” 第92回数理モデル化と問題解決研究発表会, 2013-MPS-92,12 (2013.2).

52.  Shigeto Seno, Sakae Maeda, Yoichi Takenaka, Masaru Ishii, Hideo Matsuda, “An automatic cell-tracking method and spatiotemporal analysis for time-lapse multicolor fluorescent images of cell cycle”, 第35回日本分子生物学会年会 (2012.12).

53.  Tomoshige Ohno, Shigeto Seno, Hiromi Daiyasu, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, “Measuring Transcript-Type Dependent Expression Levels of ncRNAs in RNA-Seq Analysis”, 第35回日本分子生物学会年会(2012.12).

54.  瀬尾茂人,間下以大,前田栄,竹中要一,石井優,松田秀雄, ”多色蛍光タイムラプスイメージングによる細胞周期観測データのための細胞自動追跡手法”, バイオイメージ・インフォマティクス ワークショップ2012 (2012.11).

55.  應ベイ文,津留三良,瀬尾茂人,松田秀雄,四方哲也, “Reduced noise in gene expression caused by a replaced foreign promoter”,日本進化学会第14回東京大会 (2012.8).

56.  Tomoshige Ohno, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, " A Method for Isoform Prediction from RNA-Seq Data by Iterative Mapping", 情報処理学会研究報告, Vol.2012-BIO-29, No.13, pp.1-7 (2012.6).

57.  大熊祐太, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄, “時系列発現プロファイルのための遺伝子機能グループ解析手法 ”, 情報処理学会研究報告, Vol.2012-BIO-20, No.26, pp.1-7 (2012.6).

58.  上田大介,瀬尾茂人,竹中要一,松田秀雄, "近隣リードを考慮したショートリードクラスタリングによる塩基配列構造の有向非循環グラフ表現",第87回MPS研究会 (2012.3)．

59.  池田成吾，木戸善之，瀬尾茂人，竹中要一，松田秀雄, "生物情報解析ワークフローのためのRESTサービスのSOAPサービス変換手法",第25回バイオ情報学研究会, Vol.2011-BIO-25, No.9 (2011.6).

60.  吉澤陽志, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄, "細胞分化クロストークのモデル化と細胞分化クロストーク遺伝子の推定手法", 第82回MPS研究会 (2011.3)．

61.  福本貴紀，木戸善之，瀬尾茂人，竹中要一，松田秀雄, "メタデータを利用した生物情報解析ワークフローの作成支援手法の提案",情報処理学会関西支部　支部大会講演論文集, A-01 (2010.9).

62.  グエン カム リー, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄, " Tanimoto係数を用いた類似化合物検索のクラスタリングによる高速化手法", 情報処理学会研究会報告, Vol. 2010-BIO-20, No.7 (2010.3).

63.  石川元一, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄, "An approach for efficient computational analysis of massive RNA-Seq data", 第32回日本分子生物学会年会, 2P-0033 (2009. 12).

64.  吉川達也, 瀬尾茂人,竹中要一,松田秀雄, "立体構造情報と機能情報によるタンパク質間相互作用予測法の改良", 情報処理学会研究報告, Vol. 2010-BIO-20, No1 (2010. 3).

65.  野中崇史, 瀬尾淳哉, 木戸善之, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田 秀雄, “Ｗｅｂサービス情報の統合のためのレポジトリ連携手法の提案,情報処理学会研究報告”,バイオ情報学研究会,2009-BIO-16-1 (2009.3).

66.  松田秀雄, 竹中要一, 水野洋介, 瀬尾茂人, 徳澤佳美, 仲地豊, 坊農秀雅, 岡崎康司, “脂肪細胞・骨芽細胞分化における遺伝子制御ネットワークの推定” ,第31回日本分子生物学会・第81回日本生化学会大会合同大会,4S8-2 (2008.12).

67.  清水隆史,木戸善之,瀬尾茂人,竹中要一,松田秀雄, “構造キーの分割によるTanimoto係数を用いた化合物検索の計算範囲の絞り込み手法”,情報処理学会バイオ情報学研究会報告 (2008.9).

68.  寺家谷満, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田 秀雄, “CAGE発現プロファイルを用いた転写開始点の発現パターンのクラスタリング手法,日本分子生物学会第8回春季シンポジウム (2008.5).

69.  岸本 貴大, 瀬尾 茂人, 竹中 要一, 松田 秀雄, “化合物フィンガープリントを用いた活性サブクラスの抽出手法”, 日本分子生物学会第8回春季シンポジウム (2008.5).

70.  清水隆史,瀬尾茂人,竹中要一,松田秀雄, “Tanimoto係数の性質に基づく化合物の類似度検索の高速化手法”, 情報処理学会バイオ情報学研究会報告 (2008.3).

71.  河村元, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄, “化合物活性予測のためのTanimoto係数とRandom ForestのProximity Measureの組み合わせ手法”, 情報処理学会バイオ情報学研究会報告 (2008.3).

72.  瀬尾淳哉, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄, “TF-IDFフィルタリングによる機能的に類似した生物情報解析ワークフローの検索手法”, 情報処理学会バイオ情報学研究会報告(2007.12).

73.  瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄, “グラフ構造を用いた組織特異的な選択的スプライシングの解析手法”,日本分子生物学会第30回大会,1P-1048 (2007.12).

74.  瀬尾淳哉, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄, “情報解析ワークフローにおけるデータ転送経路の効率化”, 日本ソフトウェア科学会第２４回大会 (2007.9).

75.  新免剛,瀬尾茂人,竹中要一,松田秀雄, “反応分類番号によるパスウェイアライメントの提案”,情報処理学会研究報告 バイオ情報学, 2007-BIO-8 (2007.3).

76.  瀬尾茂人,竹中要一,松田秀雄, “CAGEタグを用いたゲノム領域上の共通発現パターン探索手法”, 分子生物学会2006フォーラム (2006.12).

77.  木村浩章,瀬尾茂人,竹中要一,松田秀雄, “構造記述子の情報量に基づく類似活性化合物の探索手法”, 第34回構造活性相関シンポジウム (2006.11).

78.  迫岡洋輔,瀬尾茂人,瀧浩平,竹中要一,松田秀雄, “CAGEデータに基づく組織特異的な代謝反応パスウェイの抽出”, 電子情報通信学会総合大会 (2006.3).

79.  瀬尾茂人, 寺本礼仁, 竹中要一, 松田秀雄, “遺伝子発現プロファイル間の局所的な類似性を考慮したクラスタリング手法”,第27回日本分子生物学会年会 講演要旨集,2PB-395 (2004.12).

80.  瀬尾茂人, 寺本礼仁, 竹中要一, 松田秀雄, “相対エントロピーとグラフ構造に基づく遺伝子発現プロファイルのクラスタリング手法”, 第26回日本分子生物学会年会 講演要旨集,1PA-054 (2003.12).

81.  瀬尾茂人, 寺本礼仁, 竹中要一, 松田秀雄, “準完全グラフ構造に基づく発現プロファイルのクラスタリング手法”, 第2回情報科学技術フォーラム(FIT2003),A-045 (2003.9).

82.  瀬尾茂人, 寺本礼仁, 竹中要一, 松田秀雄, “グラフ構造に基づく遺伝子発現プロファイルのクラスタリング手法”, 第25回日本分子生物学会年会講演要旨集,1P-0141 (2002.12).

 

特許

1.    渡辺真, 松尾英一, 金子直樹, 森正樹, 西村紀, 竹政伊知朗, 松田秀雄, 瀬尾茂人, 松原稔哉,「マルチプレックス大腸がんマーカーパネル」, 特許第5805518号（2015年9月11日）.

2.    石井優，菊田順一，松田秀雄，瀬尾茂人，「評価方法、評価装置およびプログラム」，特許出願2018-7571（2018年1月19日），特開2019-128148（2019年8月1日）．

 

受賞

1.      Mari Iwase, Shoko Sakai, Shigeto Seno, Yu-Sheng Yeh, Tony Kuo, Haruya Takahashi, Wataru Nomura, Huei-Fen Jheng, Paul Horton, Naoki Osato, Hideo Matsuda, Kazuo Inoue, Teruo Kawada, Tsuyoshi Goto, BBB論文賞 Long non-coding RNA 2310069B03Rik functions as a suppressor of Ucp1 expression under prolonged cold exposure in murine beige adipocytes 日本農芸化学会 (2021年3月).

2.      瀬尾茂人,大阪大学総長奨励賞（研究部門）（2014年7月）．

3.      Tomoshige Ohno, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda. 情報処理学会論文賞(IPSJ Outstanding Paper Award) 受賞 (2014年6月4日).

4.      瀬尾茂人, 2013年度（平成25年度）山下記念研究賞 (2013年7月).

5.      Yukito Watanabe, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda. The 10th Asia Pacific Bioinformatics Conference, Best paper award受賞 (2012年1月19日).

6.      Tomoshige Ohno, Motokazu Ishikawa, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda. The 21st International Conference on Genome Informatics, Best poster award受賞 (2010年12月19日).

7.      Shigeto Seno, Reiji Teramoto, Hideo Matsuda. 1st IEEE Computer Society Bioinformatics Conference (CSB2002), Best Poster Award受賞 (2002年8月).

 

学生の受賞

1.      Seiryo Watanabe, 1st place in Semantics of Endoscopic Artefacts EAD2019, EAD2019: Multi-class artefact detection in video endoscopy (2019年4月8日)

2.      小森 康祐、マルチチャンネル蛍光顕微鏡動画のためのパーティクルフィルタを用いた細胞追跡手法、情報処理学会第76回全国大会学生奨励賞（2014年3月13日）

3.      吉澤陽志、細胞分化クロストークのモデル化と細胞分化クロストーク遺伝子の推定手法. 2011年度（平成23年度）山下記念研究賞受賞.（2011年2月28日）

4.      吉川達也、立体構造情報と機能情報によるタンパク質間相互作用予測法の改良、情報処理学会IPSJ論文船井若手奨励賞受賞（2011年3月25日）

5.      Tomoshige Ohno、An Improved RNA-Seq Analysis Method for Isoform Prediction by Iterative Mapping、GIW2010 Best Poster Award（2010年12月19日）

6.      清水隆史、構造キーの分割によるTanimoto係数を用いた化合物検索の計算範囲の絞り込み手法、情報処理学会SIGBIO学生奨励賞受賞（2009年3月6日）

7.      瀬尾淳哉、情報処理学会Digital Courier船井若手奨励賞（2008年4月19日）

8.      瀧浩平、遺伝子発現プロファイルを用いた遺伝子制御ネットワーク推定のためのバイクラスタリングの利用、情報処理学会コンピュータサイエンス領域奨励賞（2007年3月3日）

 

 

研究費（代表）

1.      科研費基盤研究（B），細胞動画像とオミクスデータの統合的情報解析技術の開発，2019~2021年度

2.      科研費挑戦的研究（萌芽），シミュレーションとGANを介した強化学習による細胞動画像処理の自動化技術の開発，2018~2019年度

3.      科研費基盤研究（C），バイオイメージングデータの時空間解析のための情報処理技術の開発，2015~2018年度

4.      公益財団法人栢森情報科学振興財団研究助成金, 多状態イベントヒストリ分析に基づく細胞動画からのデータマイニング手法の開発, 2015~2016年度

5.      公益財団法人中島記念国際交流財団日本人若手研究者研究助成金, 細胞イメージングデータの定量的解析のための情報処理技術に関する研究, 2014~2015年度

6.      科研費若手研究（B）, 高速シーケンサーを用いた遺伝子制御ネットワーク解析技術の開発, 2012~2015年度

7.      大阪大学競争的資金等獲得支援経費, チャレンジ支援プログラム, 2010年度

8.      科研費若手研究（B）, 発現構造を用いた網羅的なトランスクリプトーム解析手法の開発, 2007~2009年度

9.      科研費若手研究（スタートアップ）, 発現構造を用いた比較トランスクリプトーム解析, 2006~2007年度

10.   日本学術振興会特別研究員奨励費, クラスタリングによる遺伝子発現プロファイルの解析, 2004~2005年度

 

研究費（分担）

1.      科研費挑戦的研究（萌芽），褐色脂肪組織による骨格筋機能制御機構の解明　新規褐色脂肪欠失マウスを用いた検討，2020-2021，代表：後藤剛

2.      科研費挑戦的研究（萌芽），活性フラボノイドによる選択的mRNAスプライシング制御の分子機構解明と応用展開，2019~2020年度，代表：増田誠二

3.      科研費挑戦的研究（萌芽），情報量基準に基づく細胞集団の多重分類・比較方式の開発と細胞アトラスへの応用，2019~2020年度，代表：松田秀雄

4.      科研費基盤研究（A）, ベイジアンネットワークによる遺伝子制御予測に基づく細胞多様性の解析手法の開発，2018~2021年度，代表：松田秀雄

5.      科研費挑戦的萌芽研究, リアルタイム生体イメージングによる網羅的な細胞動態の解析, 2016~2017年度, 代表：松田秀雄

6.      大阪大学未来知創造プログラム, 医工情報学の連携による蛍光生体イメージング技術の開発と細胞遊走ダイナミクスの統合的解明, 2014~2016年度, 代表:菊田順一

7.      科研費基盤研究（B）, 脂肪細胞の分化転換における遺伝子ネットワークの網羅的解析技術の開発, 2014~2016年度, 代表：松田秀雄

8.      文部科学省高性能汎用計算機高度利用事業「HPCI戦略プログラム」分野1（受託研究）, 大規模な生体分子ネットワークの解析技術の開発, 2012~2015年度, 代表：松田秀雄

9.      科研費挑戦的萌芽研究, 4Dイメージングによる生体環境の動的解析, 2012~2013年度, 代表：松田秀雄

 

学会委員

1.      情報処理学会数理モデル化と問題解決（MPS）研究会，編集委員会委員，2017年4月〜2021年3月

2.      情報処理学会，論文誌ジャーナル/JIP編集委員，2014年6月〜2018年5月

3.      情報処理学会，論文賞選定ワーキンググループ委員，2015年12月 〜 2017年3月

4.      情報処理学会数理モデル化と問題解決（MPS）研究会，運営委員，2013年4月〜2017年3月

5.      情報処理学会，論文誌ジャーナル「学生・若手研究者論文」特集号編集委員，2015年8月 〜 2016年3月

 

国内研究会・国際会議運営

1.      IIBMP2022, 実行委員会・プログラム委員会委員, ~2022年9月

2.      "Mathematical Modeling and Problem Solving”Satellite Workshop, International Conference on Parallel & Distributed Processing Techniques & Applications (PDPTA’ 2018)，プログラム委員, 2018年7月

3.      "Mathematical Modeling and Problem Solving”Satellite Workshop, International Conference on Parallel & Distributed Processing Techniques & Applications (PDPTA’ 2017)，プログラム委員, 2017年7月

4.      バイオイメージインフォマティクス・ワークショップ2016組織委員会，委員，2016年6月

5.      "Mathematical Modeling and Problem Solving”Satellite Workshop, International Conference on Parallel & Distributed Processing Techniques & Applications (PDPTA’ 2016)，プログラム委員, 2016年7月

6.      "Mathematical Modeling and Problem Solving”Satellite Workshop, International Conference on Parallel & Distributed Processing Techniques & Applications (PDPTA’ 2015)，プログラム委員, 2015年7月

7.      "Mathematical Modeling and Problem Solving”Satellite Workshop, International Conference on Parallel & Distributed Processing Techniques & Applications (PDPTA’ 2014)，プログラム委員, 2014年7月

8.      情報処理学会第76回全国大会，座長，2014年3月

 

ゲノム

1.      Escherichia coli str. K-12 substr. MDS42 DNA, complete genome, NC_020518.1, GI:471332236 (2011.12)

 

その他

1.      大阪大学NEWS LETTER No.73，未来に輝く研究者，p11．

 

学内委員

1.      大阪大学大学院情報科学研究科計算機システム委員会委員，2018年度〜現在

2.      大阪大学基礎工学部情報科学科PBL委員会委員，2006年度〜現在

3.      大阪大学基礎工学部学部説明会ワーキンググループ委員，2017年度

4.      大阪大学大学院情報科学研究科仕様策定委員会委員，2016年度

5.      大阪大学基礎工学部仕様策定委員会委員，2016年度

6.      大阪大学基礎工学部図書委員会委員，2016年度

7.      大阪大学基礎工学部環境安全委員会委員，2014年度

8.      大阪大学基礎工学部仕様策定委員会委員，2013年度

9.      大阪大学大学院情報科学研究科ネットワークワーキンググループ委員，2006〜2013年度

10.   大阪大学基礎工学部駐車場委員会委員，2012年度

11.   大阪大学基礎工学部情報科学科　学位論文データベース管理者，2010〜2012年度

12.   大阪大学基礎工学部省エネ・環境維持推進委員会委員，2006~2010年度

13.   大阪大学基礎工学部仕様策定委員会委員，2010年度

14.   大阪大学基礎工学部レクリエーション委員，2006年

 

社会貢献活動

1.      OACIS技術座談会講師，2014年8月

2.      バイオインフォマティクス技術者認定試験，試験監督，2010~2015年度

3.      大阪大学大学院情報科学研究科同窓会「情報会」幹事，2006〜2009年度

4.      大阪大学大学院情報科学研究科同窓会「情報会」設立発起人，2006年度