Mikio Shiga, Shigeto Seno, Makoto Onizuka, Hideo Matsuda,
SC-JNMF: single-cell clustering integrating multiple quantification methods based on joint non-negative matrix factorization,
PeerJ, 9 e12087-e12087 (August, 2021).
Kosho Murayama, Hideo Matsuda,
Detecting Lineage-Specific Marker Genes for Tumor Evolution Based on Single Cell Transcriptome,
International Journal of Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics 11(3) 50-57 (July, 2021).
Akito Morimoto, Junichi Kikuta, Keizo Nishikawa, Takao Sudo, Maki Uenaka, Masayuki Furuya, Tetsuo Hasegawa, Kunihiko Hashimoto, Hiroyuki Tsukazaki, Shigeto Seno, Akira Nakamura, Daisuke Okuzaki, Fuminori Sugihara, Akinori Ninomiya, Takeshi Yoshimura, Ryoko Takao-Kawabata, Hideo Matsuda, Masaru Ishii,
SLPI is a critical mediator that controls PTH-induced bone formation,
Nature Communications, 12(2136) (April, 2021).
Seung Jin Kim, Yoshiaki Sota, Yasuto Naoi, Keiichiro Honma, Naofumi Kagara, Tomohiro Miyake, Masafumi Shimoda, Tomonori Tanei, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Shinzaburo Noguchi, Kenzo Shimazu,
Determining homologous recombination deficiency scores with whole exome sequencing and their association with responses to neoadjuvant chemotherapy in breast cancer,
Translational Oncology 14(2) 100986 - 100986 (February, 2021).
Mari Iwase, Soshi Tokiwa, Shigeto Seno, Takako Mukai, Yu-Sheng Yeh, Haruya Takahashi, Wataru Nomura, Huei-Fen Jheng, Sigenobu Matsumura, Tatsuya Kusudo, Naoki Osato, Hideo Matsuda, Kazuo Inoue, Teruo Kawada, Tsuyoshi Goto,
Glycerol kinase stimulates uncoupling protein 1 expression by regulating fatty acid metabolism in beige adipocytes,
The Journal of Biological Chemistry 295(20) 7033 - 7045 (May, 2020).
Huei-Fen Jheng, Kanako Hayashi, Yasuki Matsumura, Teruo Kawada, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Kazuo Inoue, Wataru Nomura, Haruya Takahashi, Tsuyoshi Goto,
Anti-Inflammatory and Antioxidative Properties of Isoflavones Provide Renal Protective Effects Distinct from Those of Dietary Soy Proteins against Diabetic Nephropathy,
Molecular nutrition and food research 64(10) e2000015 (May, 2020).
Kenji Fujimoto, Shigeto Seno, Hironori Shigeta, Tomohiro Mashita, Masaru Ishii, Hideo Matsuda,
Tracking and analysis of FUCCI-labeled cells based on particle filters and time-to-event analysis,
International Journal of Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics 10(2) 94 - 109 (April, 2020).
Kunihiko Hashimoto, Takashi Kaito, Masayuki Furuya, Shigeto Seno, Daisuke Okuzaki, Junichi Kikuta, Hiroyuki Tsukazaki, Hideo Matsuda, Hideki Yoshikawa, Masaru Ishii,
In vivo dynamic analysis of BMP-2-induced ectopic bone formation,
Scientific Reports 10(1) (March, 2020).
Mari Iwase, Shoko Sakai, Shigeto Seno, Yu-Sheng Yeh, Tony Kuo, Haruya Takahashi, Wataru Nomura, Huei-Fen Jheng, Paul Horton, Naoki Osato, Hideo Matsuda, Kazuo Inoue, Teruo Kawada, Tsuyoshi Goto,
Long non-coding RNA 2310069B03Rik functions as a suppressor of Ucp1 expression under prolonged cold exposure in murine beige adipocytes,
Bioscience, biotechnology, and biochemistry 84(2) 305 - 313 (February, 2020).
Ken-Ichi Fujita, Tomohiro Yamazaki, Kotaro Harada, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Seiji Masuda,
URH49 exports mRNA by remodeling complex formation and mediating the NXF1-dependent pathway,
Biochimica et Biophysica Acta. Gene Regulatory Mechanisms, Vol.1863, 194480 (January, 2020).
Shino Nishizawa, Junichi Kikuta, Shigeto Seno, Masahiro Kajiki, Ryuichi Tsujita, Hiroki Mizuno, Takao Sudo, Tomoka Ao, Hideo Matsuda, Masaru Ishii,
Thrombomodulin induces anti-inflammatory effects by inhibiting the rolling adhesion of leukocytes in vivo,
Journal of Pharmacological Sciences, 1347-8613(20) 30002 - 30005 (January, 2020).
Viacheslav Kapilevich, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Yoichi Takenaka,
Chromatin 3D reconstruction from chromosomal contacts using a genetic algorithm,
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Vol.16, No.5, 1620-1626 doi: 10.1109/TCBB.2018.2814995(Early Access) (September, 2019).
嶋田彩人, 瀬尾茂人, 繁田浩功, 間下以大, 内田穣, 石井優, 松田秀雄,
生体蛍光観察動画像の深度を考慮した深層学習による細胞追跡精度の改善,
情報処理学会論文誌 数理モデル化と応用, Vol.12, No.2, pp.82-91 (July, 2019).
Yoshiaki Sota, Shigeto Seno, Hironori Shigeta, Naoki Osato, Masafumi Shimoda, Shinzaburo Noguchi, Hideo Matsuda,
Improvement of detection performance of fusion genes from RNA-Seq data by clustering short reads,
Journal of Bioinformatics and Computational Biology, Vol.17, No.3, pp.194008(12 pages), doi: 10.1142/S0219720019400080 (June, 2019)
Kenichiro Takeda, Honami Sawazaki, Haruya Takahashi, Yu-Sheng Yeh, Huei-Fen Jheng, Wataru Nomura, Takeshi Ara, Nobuyuki Takahashi, Shigeto Seno, Naoki Osato, Hideo Matsuda, Teruo Kawada, Tsuyoshi Goto,
The dipeptidyl peptidase-4 (DPP-4) inhibitor teneligliptin enhances brown adipose tissue function, thereby preventing obesity in mice,
FEBS Open Bio, Vol.8, No.11, pp.1782-1793, doi: 10.1002/2211-5463.12498 (November, 2018).
Yukako Sakaguchi, Keizo Nishikawa, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Hiroshi Takayanagi, Masaru Ishii,
Roles of enhancer RNAs in RANKL-induced osteoclast differentiation identified by genome-wide cap-analysis of gene expression using CRISPR/Cas9,
Scientific Reports, Vol.8, No.1, 7504, doi: 10.1038/s41598-018-25748-3 (May, 2018).
Yoichi Takenaka, Kazuma Mikami, Shigeto Seno, Hideo Matsuda,
Automated transition analysis of activated gene regulation during diauxic nutrient shift in Escherichia coli and adipocyte differentiation in mouse cells,
BMC Bioinformatics, Vol.19(Suppl.4), No.89, pp.49-59, doi: 10.1186/s12859-018-2072-y (May, 2018).
Ji-Yeong An, Huei-Fen Jheng, Hiroyuki Nagai, Kohei Sanada, Haruya Takahashi, Mari Iwase, Natsumi Watanabe, Young-Il Kim, Aki Teraminami, Nobuyuki Takahashi, Rieko Nakata, Hiroyasu Inoue, Shigeto Seno, Hideo Mastuda, Teruo Kawada, Tsuyoshi Goto,
A phytol-enriched diet activates PPAR-alpha in the liver and brown adipose tissue to ameliorate obesity-induced metabolic abnormalities,
Molecular Nutrition & Food Research, Vol.62, No.6, e17000688, doi: 10.1002/mnfr.201700688 (February, 2018).
Masayuki Furuya, Junichi Kikuta, Sayumi Fujimori, Shigeto Seno, Hiroki Maeda, Mai Shirazaki, Maki Uenaka, Hiroki Mizuno, Yoriko Iwamoto, Akito Morimoto, Kunihiko Hashimoto, Takeshi Ito, Yukihiro Isogai, Masafumi Kashii, Takashi Kaito, Shinsuke Ohba, Ung-il Chung, Alexander C. Lichtler, Kazuya Kikuchi, Hideo Matsuda, Hideki Yoshikawa, Masaru Ishii,
Direct cell-cell contact between mature osteoblasts and osteoclasts dynamically controls their functions in vivo,
Nature Communications, Vol.9, No.300, pp.1-12, doi: 10.1038/s41467-017-02541-w (January, 2018).
Babak Ehteshami Bejnordi, Mitko Veta, Paul Johannes van Diest, Bram van Ginneken, Nico Karssemeijer, Geert Litjens, Jeroen A. W. M. van der Laak, Meyke Hermsen, Quirine F Manson, Maschenka Balkenhol, Oscar Geessink, Nikolaos Stathonikos, Marcory CRF van Dijk, Peter Bult, Francisco Beca, Andrew H Beck, Dayong Wang, Aditya Khosla, Rishab Gargeya, Humayun Irshad, Aoxiao Zhong, Qi Dou, Quanzheng Li, Hao Chen, Huang-Jing Lin, Pheng-Ann Heng, Christian Hass, Elia Bruni, Quincy Wong, Ugur Halici, Mustafa Ümit Öner, Rengul Cetin-Atalay, Matt Berseth, Vitali Khvatkov, Alexei Vylegzhanin, Oren Kraus, Muhammad Shaban, Nasir Rajpoot, Ruqayya Awan, Korsuk Sirinukunwattana, Talha Qaiser, Yee-Wah Tsang, David Tellez, Jonas Annuscheit, Peter Hufnagl, Mira Valkonen, Kimmo Kartasalo, Leena Latonen, Pekka Ruusuvuori, Kaisa Liimatainen, Shadi Albarqouni, Bharti Mungal, Ami George, Stefanie Demirci, Nassir Navab, Seiryo Watanabe, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, Hady Ahmady Phoulady, Vassili Kovalev, Alexander Kalinovsky, Vitali Liauchuk, Gloria Bueno, M. Milagro Fernandez-Carrobles, Ismael Serrano, Oscar Deniz, Daniel Racoceanu, Rui Venâncio,
Diagnostic assessment of deep learning algorithms for detection of lymph node metastases in women with breast cancer,
The Journal of the American Medical Association, Vol.318, No.22, pp.2199-2210, doi: 10.1001/jama.2017.14585 (December, 2017).
Hironori Shigeta, Tomohiro Mashita, Junichi Kikuta, Shigeto Seno, Haruo Takemura, Masaru Ishii, Hideo Matsuda,
Bone marrow cavity segmentation using graph-cuts with wavelet-based texture feature,
Journal of Bioinformatics and Computational Biology, Vol.15, No.5, pp.1740004-1 - 1740004-16, doi: 10.1142/S0219720017400042 (September, 2017).
Tsuyoshi Goto, Mariko Hirata, Yumeko Aoki, Mari Iwase, Haruya Takahashi, Minji Kim, Yongjia Li, Huei-Fen Jheng, Wataru Nomura, Nobuyuki Takahashi, Chu-Sook Kim, Rina Yu, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Megumi Aizawa-Abe, Ken Ebihara, Nobuyuki Itoh, Teruo Kawada,
The hepatokine FGF21 is crucial for peroxisome proliferator-activated receptor-α agonist-induced amelioration of metabolic disorders in obese mice,
Journal of Biological Chemistry, Vol.292, No.22, pp.9175-9190, doi: 10.1074/jbc.M116.767590 (June, 2017).
Bei-Wen Ying, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Tetsuya Yomo,
A simple comparison of the extrinsic noise in gene expression between native and foreign regulations in Escherichia coli,
Biochemical and Biophysical Research Communications, Vol.486, No.3, pp.852-857, doi: 10.1016/j.bbrc.2017.03.148 (May, 2017).
Masaomi Kurokawa, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Bei-Wen Ying,
Correlation between genome reduction and bacterial growth,
DNA Research, Vol.23, No.6, pp.517-525, doi: 10.1093/dnares/dsw035 (July, 2016).
Tsuyoshi Goto, Supaporn Naknukool, Rieko Yoshitake, Yuki Hanafusa, Soshi Tokiwa, Yongjia Li, Tomoya Sakamoto, Takahiro Nitta, Minji Kim, Nobuyuki Takahashi, Rina Yu, Hiromi Daiyasu, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Teruo Kawada,
Proinflammatory cytokine interleukin-1 beta suppresses cold-induced thermogenesis in adipocytes,
Cytokine, Vol.77, pp.107-114, doi: 10.1016/j.cyto.2015.11.001 (January, 2016).
Kazuma Yama, Yuki Matsumoto, Yoshie Murakami, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Kazuyoshi Gotoh, Daisuke Motooka, Shota Nakamura, Bei-Wen Ying, Tetsuya Yomo,
Functional specialization in regulation and quality control in thermal adaptive evolution,
Gene to Cells, Vol.20, Issue 11, pp.943-955, doi: 10.1111/gtc.12298 (November, 2015).
Yoichi Takenaka, Shigeto Seno, Hideo Matsuda,
Detecting the shifts of gene regulatory networks during time-course experiments with a single time point temporal resolution,
Journal of Bioinformatics and Computational Biology, Vol.13, No.5, pp.1543002-1 - 1543002-18, doi: 10.1142/S0219720015430027 (October, 2015).
Bei-Wen Ying, Tomoya Honda, Saburo Tsuru, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Yasuaki Kazuta, Tetsuya Yomo,
Evolutionary consequence of a trade-off between growth and maintenance along with ribosomal damages,
PLOS ONE, Vol.10, No.8, e0135639. doi:10.1371/journal.pone.0135639 (August, 2015).
宇佐見 潤, 繁田 浩功, 間下 以大, 黒田 嘉宏, 菊田 順一, 瀬尾 茂人, 石井 優, 松田 秀雄, 竹村 治雄,
グラフカットを用いた骨髄腔画像の領域分割,
情報処理学会論文誌 数理モデル化と応用, Vol.8, No.1, pp.18-27, (2015年3月).
Mari Yoshida, Saburo Tsuru, Naoko Hirata, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Bei-Wen Ying, Tetsuya Yomo,
Directed evolution of cell size in Escherichia coli,
BMC Evolutionary Biology, Vol.14, No.1, 257, doi: 10.1186/s12862-014-0257-1 (December, 2014).
Naoki Matsushita, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
Metagenome fragment classification based on multiple motif-occurrence profiles,
PeerJ, Vol.2, e559, doi: 10.7717/peerj.559 (September, 2014).
瀬尾茂人, 間下以大, 前田栄, 竹中要一, 石井優, 松田秀雄,
混合正規分布モデルを用いた経時観測蛍光画像からの細胞核の検出と追跡手法,
情報処理学会論文誌 数理モデル化と応用, Vol.6, No.3, pp.140-150 (2013年12月).
渡邉之人, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄,
複数時系列遺伝子発現プロファイルを利用した遺伝子制御ネットワーク推定の精度向上手法,
情報処理学会論文誌 数理モデル化と応用, Vol.6, No.3, pp.151-162 (2013年12月).
Bei-Wen Ying, Saburo Tsuru, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Tetsuya Yomo,
Gene expression scaled by distance to the genome replication site,
Molecular BioSystems, Vol.10, No.3, pp.375-379, doi: 10.1039/c3mb70254e (November, 2013).
Ryo Araki, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
An estimation method for a cellular-state-specific gene regulatory network along tree-structured gene expression profiles,
Gene, Vol.518, pp.17-25, doi: 10.1016/j.gene.2012.11.090 (April 2013).
Bei-Wen Ying, Shigeto Seno, Fuyuro Kaneko, Hideo Matsuda, Tetsuya Yomo,
Multilevel comparative analysis of the contributions of genome reduction and heat shock to the Escherichia coli transcriptome,
BMC Genomics, Vol.14, 25, doi: 10.1186/1471-2164-14-25 (January, 2013).
Tomoshige Ohno, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
A method for isoform prediction from RNA-Seq data by iterative mapping,
IPSJ Transactions on Bioinformatics, Vol.5, pp.27-33, doi: 10.2197/ipsjtbio.5.27 (April 2012).IPSJ Outstanding Paper Award (情報処理学会論文賞)
Yukito Watanabe, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
An estimation method for inference of gene regulatory network using Bayesian network with uniting of partial problems,
BMC Genomics, Vol.13, No.Suppl. 1, S12, doi: 10.1186/1471-2164-13-S1-S12 (January 2012). APBC2012 Best Paper Award
Tomoyoshi Nakayama, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
Inference of S-system models of gene regulatory networks using immune algorithm,
Journal of Bioinformatics and Computational Biology, Vol.9, No.Suppl. 1, pp.75-86, doi: 10.1142/S0219720011005768 (December, 2011).
Yoichi Takenaka, Shigeto Seno, Hideo Matsuda,
Perfect Hamming code with a hash table for faster genome mapping,
BMC Genomics, Vol.12, No.Suppl. 3, S3 (November, 2011).
吉澤陽志, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄,
細胞分化クロストークのモデル化と細胞分化クロストーク遺伝子の推定手法,
情報処理学会論文誌 数理モデル化と応用, Vol.4, No.4, pp.59-68 （2011年11月）.
Nobuyoshi Kittaka, Ichiro Takemasa, Shigeto Seno, Yutaka Takeda, Shogo Kobayashi, Shigeru Marubashi, Keizo Dono, Koji Umeshita, Hiroaki Nagano, Hideo Matsuda, Morito Monden, Masaki Mori, Yuichiro Doki,
Exploration of potential genomic portraits associated with intrahepatic recurrence in human hepatocellular carcinoma,
Annals of Surgical Oncology, Vol.17, No.12, pp.3145-3154 (December, 2010).
Atsushi Takeno, Ichiro Takemasa, Shigeto Seno, Makoto Yamasaki, Masaaki Motoori, Hiroshi Miyata, Kiyokazu Nakajima, Shuji Takiguchi, Yoshiyuki Fujiwara, Toshiro Nishida, Toshitsugu Okayama, Kenichi Matsubara, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, Morito Monden, Masaki Mori, Yuichiro Doki,
Gene expression profile prospectively predicts peritoneal relapse after curative surgery of gastric cancer,
Annals of Surgical Oncology, Vol.17, No.4, pp.1033-1042 (April, 2010).
Tatsuya Yoshikawa, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
Improved prediction method for protein interactions using both structural and functional characteristics of proteins,
IPSJ Transactions on Bioinformatics, Vol.3, pp.10-23 (March, 2010).
Takeru Nakazato, Hidemasa Bono, Hideo Matsuda, Toshihisa Takagi,
Gendoo: Functional profiling of gene and disease features using MeSH vocabulary,
Nucleic Acids Research, Vol.37, No.(Web Server Issue), pp.W166-W169 (June, 2009).
Harukazu Suzuki, Alistair R R Forrest, Erik van Nimwegen, Carsten O Daub, Piotr J Balwierz, Katharine M Irvine, Timo Lassmann, Timothy Ravasi, Yuki Hasegawa, Michiel J L de Hoon, Shintaro Katayama, Kate Schroder, Piero Carninci, Yasuhiro Tomaru, Mutsumi Kanamori-Katayama, Atsutaka Kubosaki, Altuna Akalin, Yoshinari Ando, Erik Arner, Maki Asada, Hiroshi Asahara, Timothy Bailey, Vladimir B Bajic, Denis Bauer, Anthony G Beckhouse, Nicolas Bertin, Johan Bjoerkegren, Frank Brombacher, Erika Bulger, Alistair M Chalk, Joe Chiba, Nicole Cloonan, Adam Dawe, Josee Dostie, Paer G Engstroem, Magbubah Essack, Geoffrey J Faulkner, J Lynn Fink, David Fredman, Ko Fujimori, Masaaki Furuno, Takashi Gojobori, Julian Gough, Sean M Grimmond, Mika Gustafsson, Megumi Hashimoto, Takehiro Hashimoto, Mariko Hatakeyama, Susanne Heinze, Winston Hide, Oliver Hofmann, Michael Hoernquist, Lukasz Huminieck, Kazuho Ikeo, Naoko Imamoto, Satoshi Inoue, Yusuke Inoue, Ryoko Ishihara, Takao Iwayanagi, Anders Jacobsen, Mandeep Kaur, Hideya Kawaji, Markus C Kerr1, Ryuichiro Kimura, Syuhei Kimura, Yasumasa Kimura, Hiroaki Kitano, Hisashi Koga, Toshio Kojima, Shinji Kondo, Takeshi Konno, Anders Krogh, Adele Kruger, Ajit Kumar, Boris Lenhard, Andreas Lennartsson, Morten Lindow, Marina Lizio, Cameron MacPherson, Norihiro Maeda, Christopher A Maher, Monique Maqungo, Jessica Mar, Nicholas A Matigian, Hideo Matsuda, John S Mattick, Stuart Meier, Sei Miyamoto, Etsuko Miyamoto-Sato, Kazuhiko Nakabayashi, Yutaka Nakachi, Mika Nakano, Sanne Nygaard, Toshitsugu Okayama, Yasushi Okazaki, Haruka Okuda-Yabukami, Valerio Orlando, Jun Otomo, Mikhail Pachkov, Nikolai Petrovsky, Charles Plessy, John Quackenbush, Aleksandar Radovanovic, Michael Rehli, Rintaro Saito, Albin Sandelin, Sebastian Schmeier, Christian Schoenbach, Ariel S Schwartz, Colin A Semple, Miho Sera, Jessica Severin, Katsuhiko Shirahige, Cas Simons, George St. Laurent, Masanori Suzuki, Takahiro Suzuki, Matthew J Sweet, Ryan J Taft, Shizu Takeda, Yoichi Takenaka, Kai Tan, Martin S Taylor, Rohan D Teasdale, Jesper Tegne'r, Sarah Teichmann, Eivind Valen, Claes Wahlestedt, Kazunori Waki, Andrew Waterhouse, Christine A Wells, Ole Winther, Linda Wu, Kazumi Yamaguchi, Hiroshi Yanagawa, Jun Yasuda, Mihaela Zavolan, David A Hume, Takahiro Arakawa, Shiro Fukuda, Kengo Imamura, Chikatoshi Kai, Ai Kaiho, Tsugumi Kawashima, Chika Kawazu, Yayoi Kitazume, Miki Kojima, Hisashi Miura, Kayoko Murakami, Mitsuyoshi Murata, Noriko Ninomiya, Hiromi Nishiyori, Shohei Noma, Chihiro Ogawa, Takuma Sano, Christophe Simon, Michihira Tagami, Yukari Takahashi, Jun Kawai, Yoshihide Hayashizaki,
The transcriptional network that controls growth arrest and differentiation in a human myeloid leukemia cell line,
Nature Genetics, Vol.41, No.5, pp.553-562 (May, 2009).
Yoshiyuki Kido, Shigeto Seno, Susumu Date, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
A Distributed-Processing System for Accelerating Biological Research using Data-Staging,
IPSJ Transactions on Bioinformatics, Vol.49, No.SIG5(TBIO4), pp.58-64 (March, 2008).
Gen Kawamura, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
A Combination Method of the Tanimoto Coefficient and Proximity Measure of Random Forest for Compound Activity Prediction,
IPSJ Transactions on Bioinformatics, Vol.49, No.SIG5(TBIO4), pp.46-57 (March, 2008).
Takeru Nakazato, Toru Takinaka, Hironori Mizuguchi, Hideo Matsuda, Hidemasa Bono, Minoru Asogawa,
BioCompass: A novel functional inference tool that utilizes MeSH hierarchy to analyze groups of genes,
In Silico Biology, Vol.8, pp.53-61 (January, 2008).
Masato Kitajima, Yohsuke Minowa, Hideo Matsuda, Yasushi Okuno,
Compound-Transporter Interaction Studies using Canonical Correlation Analysis,
Chem-Bio Informatics Journal, Vol.7, No.2, pp.24-34 (December, 2007).
Sami Maekawa, Atsuko Matsumoto, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
Tissue-specific functions based on information content of gene ontology using cap analysis gene expression,
Medical and Biological Engineering and Computing, Vol.45, No.11, pp.1029-1036 (November, 2007).
Junya Seo, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
Retrieving Functionally Similar Bioinformatics Workflows using TF-IDF Filtering,
IPSJ Transactions on Bioinformatics, Vol.48, No.SIG5(TBIO2), pp.20-29 (March, 2007).情報処理学会Digital Courier船井若手奨励賞
瀧浩平，竹中要一，松田秀雄,
遺伝子発現プロファイルを用いた遺伝子制御ネットワーク推定のためのバイクラスタリングの利用
情報処理学会論文誌：数理モデル化と応用, Vol.47, No.SIG14(TOM15), pp.118-128 (2006年10月)．
Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Chikatoshi Kai, Jun Kawai, Piero Carninci, Yoshihide Hayashizaki, Hideo Matsuda,
A Method for Similarity Search of Genomic Positional Expression Using CAGE,
PLOS Genetics, Vol.2, No.4, pp.578-586 (April, 2006).
Carninci P, Kasukawa T, Katayama S, Gough J, Frith MC, Maeda N, Oyama R, Ravasi T, Lenhard B, Wells C, Kodzius R, Shimokawa K, Bajic VB, Brenner SE, Batalov S, Forrest AR, Zavolan M, Davis MJ, Wilming LG, Aidinis V, Allen JE, Ambesi-Impiombato A, Apweiler R, Aturaliya RN, Bailey TL, Bansal M, Baxter L, Beisel KW, Bersano T, Bono H, Chalk AM, Chiu KP, Choudhary V, Christoffels A, Clutterbuck DR, Crowe ML, Dalla E, Dalrymple BP, de Bono B, Della Gatta G, di Bernardo D, Down T, Engstrom P, Fagiolini M, Faulkner G, Fletcher CF, Fukushima T, Furuno M, Futaki S, Gariboldi M, Georgii-Hemming P, Gingeras TR, Gojobori T, Green RE, Gustincich S, Harbers M, Hayashi Y, Hensch TK, Hirokawa N, Hill D, Huminiecki L, Iacono M, Ikeo K, Iwama A, Ishikawa T, Jakt M, Kanapin A, Katoh M, Kawasawa Y, Kelso J, Kitamura H, Kitano H, Kollias G, Krishnan SP, Kruger A, Kummerfeld SK, Kurochkin IV, Lareau LF, Lazarevic D, Lipovich L, Liu J, Liuni S, McWilliam S, Madan Babu M, Madera M, Marchionni L, Matsuda H, Matsuzawa S, Miki H, Mignone F, Miyake S, Morris K, Mottagui-Tabar S, Mulder N, Nakano N, Nakauchi H, Ng P, Nilsson R, Nishiguchi S, Nishikawa S, Nori F, Ohara O, Okazaki Y, Orlando V, Pang KC, Pavan WJ, Pavesi G, Pesole G, Petrovsky N, Piazza S, Reed J, Reid JF, Ring BZ, Ringwald M, Rost B, Ruan Y, Salzberg SL, Sandelin A, Schneider C, Schonbach C, Sekiguchi K, Semple CA, Seno S, Sessa L, Sheng Y, Shibata Y, Shimada H, Shimada K, Silva D, Sinclair B, Sperling S, Stupka E, Sugiura K, Sultana R, Takenaka Y, Taki K, Tammoja K, Tan SL, Tang S, Taylor MS, Tegner J, Teichmann SA, Ueda HR, van Nimwegen E, Verardo R, Wei CL, Yagi K, Yamanishi H, Zabarovsky E, Zhu S, Zimmer A, Hide W, Bult C, Grimmond SM, Teasdale RD, Liu ET, Brusic V, Quackenbush J, Wahlestedt C, Mattick JS, Hume DA, Kai C, Sasaki D, Tomaru Y, Fukuda S, Kanamori-Katayama M, Suzuki M, Aoki J, Arakawa T, Iida J, Imamura K, Itoh M, Kato T, Kawaji H, Kawagashira N, Kawashima T, Kojima M, Kondo S, Konno H, Nakano K, Ninomiya N, Nishio T, Okada M, Plessy C, Shibata K, Shiraki T, Suzuki S, Tagami M, Waki K, Watahiki A, Okamura-Oho Y, Suzuki H, Kawai J, Hayashizaki Y
The transcriptional landscape of the mammalian genome,
Science, Vol.309, No.5740, pp.1559-1563 (September, 2005).
Susumu Date, Kazutoshi Fujikawa, Hideo Matsuda, Haruki Nakamura, Shinji Shimojo,
An Empirical Study of Grid Applications in Life Science - Lesson learnt from Biogrid Project in Japan -,
International Journal of Information Technology, Vol. 11, No. 3, pp.16-28 (August, 2005).
Takahiro Kosaka, Yukako Tohsato, Susumu Date, Hideo Matsuda, Shinji Shimojo,
An OGSA-based Integration of Life Science Resources,
Methods of Information in Medicine, Vol.44, No.2, pp.257-261 (June, 2005).
瀧浩平，寺本礼仁，竹中要一，松田秀雄：
遺伝子の機能分類を利用した遺伝子制御ネットワーク推定手法,
情報科学技術レターズ, Vol.3, pp.23-24 (2004年9月).情報科学技術フォーラム論文賞
Yoji Nakamura, Takeshi Itoh, Hideo Matsuda, Takashi Gojobori,
Biased biological functions of horizontally transferred genes in prokaryotic genomes,
Nature Genetics, Vol.36, No.7, pp.760-766 (July, 2004).
Imanishi T, Itoh T, Suzuki Y, O'Donovan C, Fukuchi S, Koyanagi KO, Barrero RA, Tamura T, Yamaguchi-Kabata Y, Tanino M, Yura K, Miyazaki S, Ikeo K, Homma K, Kasprzyk A, Nishikawa T, Hirakawa M, Thierry-Mieg J, Thierry-Mieg D, Ashurst J, Jia L, Nakao M, Thomas MA, Mulder N, Karavidopoulou Y, Jin L, Kim S, Yasuda T, Lenhard B, Eveno E, Suzuki Y, Yamasaki C, Takeda JI, Gough C, Hilton P, Fujii Y, Sakai H, Tanaka S, Amid C, Bellgard M, Bonaldo Md M, Bono H, Bromberg SK, Brookes AJ, Bruford E, Carninci P, Chelala C, Couillault C, Souza SJ, Debily MA, Devignes MD, Dubchak I, Endo T, Estreicher A, Eyras E, Fukami-Kobayashi K, R Gopinath G, Graudens E, Hahn Y, Han M, Han ZG, Hanada K, Hanaoka H, Harada E, Hashimoto K, Hinz U, Hirai M, Hishiki T, Hopkinson I, Imbeaud S, Inoko H, Kanapin A, Kaneko Y, Kasukawa T, Kelso J, Kersey P, Kikuno R, Kimura K, Korn B, Kuryshev V, Makalowska I, Makino T, Mano S, Mariage-Samson R, Mashima J, Matsuda H, Mewes HW, Minoshima S, Nagai K, Nagasaki H, Nagata N, Nigam R, Ogasawara O, Ohara O, Ohtsubo M, Okada N, Okido T, Oota S, Ota M, Ota T, Otsuki T, Piatier-Tonneau D, Poustka A, Ren SX, Saitou N, Sakai K, Sakamoto S, Sakate R, Schupp I, Servant F, Sherry S, Shiba R, Shimizu N, Shimoyama M, Simpson AJ, Soares B, Steward C, Suwa M, Suzuki M, Takahashi A, Tamiya G, Tanaka H, Taylor T, Terwilliger JD, Unneberg P, Veeramachaneni V, Watanabe S, Wilming L, Yasuda N, Yoo HS, Stodolsky M, Makalowski W, Go M, Nakai K, Takagi T, Kanehisa M, Sakaki Y, Quackenbush J, Okazaki Y, Hayashizaki Y, Hide W, Chakraborty R, Nishikawa K, Sugawara H, Tateno Y, Chen Z, Oishi M, Tonellato P, Apweiler R, Okubo K, Wagner L, Wiemann S, Strausberg RL, Isogai T, Auffray C, Nomura N, Gojobori T, Sugano S.,
Integrative Annotation of 21,037 Human Genes Validated by Full-Length cDNA Clones,
PLOS Biology, Vol.2, No.6 (June, 2004).
Haruki Nakamura, Susumu Date, Hideo Matsuda, Shinji Shimojo,
A Challenge towards Next-Generation Research Infrastructure for Advanced Life Science,
New Generation Computing, Vol.22, No.2, pp.157-166, Ohmsha and Springer-Verlag (February, 2004).
Hideya Kawaji, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
Graph-based clustering for finding distant relationships in a large set of protein sequences,
Bioinformatics, Vol.20, No.2, pp.243-252 (January, 2004).
Takeshi Nagashima, Hideo Matsuda, Diego G. Silva, Nikolai Petrovsky, RIKEN GER Group, GSL Members, Akihiko Konagaya, Christian Schoenbach,
FREP: a database of functional repeats in mouse cDNAs,
Nucleic Acids Research, Vol.32, No.(DB issue), pp.D471-D475 (January, 2004).
Takeya Kasukawa, Hidemasa Bono, Yoshihide Hayashizaki, Yasushi Okazaki, Hideo Matsuda,
MaXML: mouse annotation XML,
In Silico Biology, Vol.4, No.3, pp.7-15 (January, 2004).
Alexander Kanapin, Serge Batalov, Melissa J. Davis, Julian Gough, Sean Grimmond, Hideya Kawaji, Michele Magrane, Hideo Matsuda, Christian Schoenbach, Rohan D. Teasdale, RIKEN GER Group and GSL Members, Zheng Yuan,
Mouse Proteome Analysis,
Genome Research, Vol.13, No.6B, pp.1335-1344 (June, 2003).
Takeya Kasukawa, Masaaki Furuno, Itoshi Nikaido, Hidemasa Bono, David A. Hume, Carol Bult, David P. Hill, Richard Baldarelli, Julian Gough, Alexander Kanapin, Hideo Matsuda, Lynn M. Schriml, Yoshihide Hayashizaki, Yasushi Okazaki, John Quackenbush,
Development and Evaluation of an Automated Annotation Pipeline and cDNA Annotation System,
Genome Research, Vol.13, No.6B, pp.1542-1551 (June, 2003).
Okazaki Y, Furuno M, Kasukawa T, Adachi J, Bono H, Kondo S, Nikaido I, Osato N, Saito R, Suzuki H, Yamanaka I, Kiyosawa H, Yagi K, Tomaru Y, Hasegawa Y, Nogami A, Schonbach C, Gojobori T, Baldarelli R, Hill DP, Bult C, Hume DA, Quackenbush J, Schriml LM, Kanapin A, Matsuda H, Batalov S, Beisel KW, Blake JA, Bradt D, Brusic V, Chothia C, Corbani LE, Cousins S, Dalla E, Dragani TA, Fletcher CF, Forrest A, Frazer KS, Gaasterland T, Gariboldi M, Gissi C, Godzik A, Gough J, Grimmond S, Gustincich S, Hirokawa N, Jackson IJ, Jarvis ED, Kanai A, Kawaji H, Kawasawa Y, Kedzierski RM, King BL, Konagaya A, Kurochkin IV, Lee Y, Lenhard B, Lyons PA, Maglott DR, Maltais L, Marchionni L, McKenzie L, Miki H, Nagashima T, Numata K, Okido T, Pavan WJ, Pertea G, Pesole G, Petrovsky N, Pillai R, Pontius JU, Qi D, Ramachandran S, Ravasi T, Reed JC, Reed DJ, Reid J, Ring BZ, Ringwald M, Sandelin A, Schneider C, Semple CA, Setou M, Shimada K, Sultana R, Takenaka Y, Taylor MS, Teasdale RD, Tomita M, Verardo R, Wagner L, Wahlestedt C, Wang Y, Watanabe Y, Wells C, Wilming LG, Wynshaw-Boris A, Yanagisawa M, Yang I, Yang L, Yuan Z, Zavolan M, Zhu Y, Zimmer A, Carninci P, Hayatsu N, Hirozane-Kishikawa T, Konno H, Nakamura M, Sakazume N, Sato K, Shiraki T, Waki K, Kawai J, Aizawa K, Arakawa T, Fukuda S, Hara A, Hashizume W, Imotani K, Ishii Y, Itoh M, Kagawa I, Miyazaki A, Sakai K, Sasaki D, Shibata K, Shinagawa A, Yasunishi A, Yoshino M, Waterston R, Lander ES, Rogers J, Birney E, Hayashizaki Y.
Analysis of the mouse transcriptome based on functional annotation of 60,770 full-length cDNAs.
Nature, Vol.420, No.6915, pp.563-573 (December, 2002).
Kentaro Onizuka, Tamotsu Noguchi, Yutaka Akiyama, Hideo Matsuda,
Using Data Compression for Multidimensional Distribution Analysis,
IEEE Intelligent Systems, Vol.17, No.3, pp.48-54 (May/June, 2002).
Hideya Kawaji, Christian Schoenbach, Yo Matsuo, Jun Kawai, Yasushi Okazaki, Yoshihide Hayashizaki, Hideo Matsuda,
Exploration of Novel Motifs derived from Mouse cDNA sequences,
Genome Research, Vol.12, No.3, pp.367-378 (March, 2002).
Yukako Tohsato, Hideo Matsuda, Akihiro Hashimoto,
An Application of a Pathway Alignment Method to the Analysis of Metabolic Pathways,
Research Communications in Biochemistry, Cell and Molecular Biology, Vol.15, Nos.3/4, pp.179-191 (2001).
Makoto Ando, Yutaka Akiyama, Hideo Matsuda,
Peptide Conformation Prediction by High-Speed Parallel Tree Search on a Massively Parallel Computer,
Research Communications in Biochemistry, Cell and Molecular Biology, Vol.15, Nos.1/2, pp.95-114 (2001).
Tamotsu Noguchi, Masahiro Ito, Hideo Matsuda, Yutaka Akiyama, Ken Nishikawa,
Prediction of Protein Secondary Structure Using the Threading Algorithm and Local Sequence Similarity,
Research Communications in Biochemistry, Cell and Molecular Biology, Vol.15, Nos.1/2, pp.115-131 (2001).
安藤誠，秋山泰，松田秀雄,
階層的な大規模並列木探索によるタンパク質立体配座解析システムESCAPE/Hi，
情報処理学会論文誌：ハイパフォーマンスコンピューティングシステム, Vol.42, No.SIG9(HPS3), pp.36-44 (2001年8月).
Kawai, J., Shinagawa, A., Shibata, K., Yoshino, M., Itoh, M., Ishii, Y., Arakawa, T., Hara, A., Fukunishi, Y., Konno, H., Adachi, J., Fukuda, S., Aizawa, K., Izawa, M., Nishi, K., Kiyosawa, H., Kondo, S., Yamanaka, I., Saito, T., Okazaki, Y., Gojobori, T., Bono, H., Kasukawa, T., Saito, R., Kadota, K., Matsuda, H., Ashburner, M., Batalov, S., Casavant, T., Fleischmann, W., Gaasterland, T., Gissi, C., King, B., Kochiwa, H., Kuehl, P., Lewis, S., Matsuo, Y., Nikaido, I., Pesole, G., Quackenbush, J., Schriml, L. M., Staubli, F., Suzuki, R., Tomita, M., Wagner, L., Washio, T., Sakai, K., Okido, T., Furuno, M., Aono, H., Baldarelli, R., Barsh G., Blake, J., Boffelli, D., Bojunga, N., Carninci, P., de Bonaldo, M. F., Brownstein, M. J., Bult, C., Fletcher, C., Fujita, M., Gariboldi, M., Gustincich, S., Hill, D., Hofmann, M., Hume, D. A., Kamiya, M., Lee, NH., Lyons, P., Marchionni, L., Mashima, J., Mazzarelli, J., Mombaerts, P., Nordone, P., Ring, B., Ringwald, M., Rodriguez, I., Sakamoto, N., Sasaki, H., Sato, K., Schoenbach, C., Seya, T., Shibata, Y., Storch, K. F., Suzuki, H., Toyo-oka, K., Wang, K. H., Weitz, C., Whittaker, C., Wilming, L., Wynshaw-Boris, A., Yoshida, K., Hasegawa, Y., Kawaji, H., Kohtsuki, S., Hayashizaki, Y.,
Functional Annotation of a Full-Length Mouse cDNA Collection,
Nature, Vol.409, No.6821, pp.685-690 (February, 2001).
Tamotsu Noguchi, Hideo Matsuda, Yutaka Akiyama,
PDB-REPRDB: database of representative protein chains from the Protein Data Bank (PDB),
Nucleic Acids Research, Vol.29, No.1, pp.219-220 (January, 2001).
坪井宣洋，松田秀雄，橋本昭洋,
デジタル信号処理に基づく遺伝子のクラスタリング，
情報処理学会論文誌：数理モデル化と応用, Vol.41, No.SIG7(TOM3),
pp.49-56 (2000年11月).
遠里由佳子，松田秀雄，橋本昭洋,
パスウェイ解析のための情報量最大化アライメントアルゴリズム，
情報処理学会論文誌：数理モデル化と応用, Vol.41, No.SIG7(TOM3),
pp.41-48 (2000年11月).
Wataru Fujibuchi, Hiroyuki Ogata, Hideo Matsuda, Minoru Kanehisa,
Automatic Detection of Conserved Gene Clusters in Multiple Genomes by Graph Comparison and P-quasi Grouping,
Nucleic Acids Research, Vol.28, No.20, pp.4029-4036
(October, 2000).
Tamotsu Noguchi, Kentaro Onizuka, Makoto Ando, Hideo Matsuda, Yutaka Akiyama,
Quick Selection of Representative Protein Chain Sets based on Customizable Requirements,
Bioinformatics, Vol.16, No.6, pp.520-526 (June, 2000).
Hideo Matsuda,
Detection of Conserved Domains in Protein Sequences using a Maximum-Density Subgraph Algorithm,
IEICE Transactions on Fundamentals of Electronics, Communications and Computer Sciences, Vol.E83-A, No.4, pp.713-721 (April, 2000).
Yoshihiro Yamamoto, Koichi Murata, Hideo Matsuda, Takahisa Hosoda, Kazuo Tamura, Jun-ichi Furuyama,
Determination of the Complete Nucleotide Sequence and Haplotypes in the D-loop Region of the Mitochondorial Genome in the Oriental White Stork, Ciconia boyciana,
Genes and Genetic Systems, Vol.75, No.1, pp.25-32 (February, 2000).
Takeshi Itoh, Hideo Matsuda, Hirotada Mori,
Phylogenetic Analysis of the Third Hsp70 Homolog in Escherichia coli; a Novel Member of the Hsc66 Subfamily and Its Possible Cochaperon,
DNA Research, Vol.6, No.5, pp.299-305 (October, 1999).
Aaron J. Stokes, Hideo Matsuda, Akihiro Hashimoto,
GXML: A Novel Method for Exchanging and Querying Complete Genomes by Representing them as Structured Documents,
IPSJ Transactions on Databases, Vol.40, No.TOD3, pp.66-78 (August, 1999).
吉川孝伸, 田部智宏, 岸浪リサ, 松田秀雄, 橋本昭洋,
類似構造検索機能を持つ分子系統樹データベースシステムの実現，
情報処理学会論文誌：データベース, Vol.40, No.TOD3, pp.54-65 (1999年8月).
Hideo Matsuda, Hiroyuki Yamanaka, Akihiro Hashimoto,
An Approximation Algorithm for Genome Rearrangements with Reversals and Transpositions,
IPSJ Transactions on Mathematical Modeling and Its Applications, Vol.40, No.SIG2(TOM1), pp.82-90 (February, 1999).
Hideo Matsuda, Takashi Imai, Michio Nakanishi, Akihiro Hashimoto,
Querying Molecular Biology Databases by Integration using Multiagents,
IEICE Transactions on Information and Systems, Vol.E82-D, No.1, pp.199-207 (January, 1999).
Hideo Matsuda, Tatsuya Ishihara, Akihiro Hashimoto,
Classifying Molecular Sequences using a Linkage Graph with Their Pairwise Similarities,
Theoretical Computer Science, Vol.210, No.2, pp.305-325 (January, 1999).
粕川雄也，中西通雄，松田秀雄，橋本昭洋,
分散データベースシステムにおける効率的な実体化ビュー更新手続き，
電子情報通信学会論文誌，Vol.J81-D-I, No.8, pp.1003-1013 (1998年8月).
Hideo Matsuda, Toru Kawabata, Yukio Kaneda,
Implementation of a Parallel Prolog System on a Distributed Memory Parallel Computer,
IEICE Transactions on Information and Systems, Vol.E80-D, No.4, pp.504-509 (April, 1997).
中條拓伯, 中野智行, 松本尚, 小畑正貴, 松田秀雄, 平木敬, 金田悠紀夫,
分散共有メモリ型超並列計算機JUMP-1におけるスケーラブルI/Oサブシステムの構成,
情報処理学会論文誌，Vol.37, No.7, pp.1429-1439 (1996年7月)．
川本芳久, 松田秀雄, 橋本昭洋,
遺伝的アルゴリズムによる分子系統樹の作成,
情報処理学会論文誌，Vol.37, No.6, pp.1107-1116 (1996年6月)．
Hideo Matsuda, Yukio Kaneda,
An Application of an OR-Parallel Prolog System to Phylogenetic Analysis,
Lisp and Symbolic Computation, Vol.7, Nos.2/3, pp.211-229, Kluwer Academic Publishers, Boston (December, 1994).
松田秀雄, 金田悠紀夫,
プライオリティ制御機構を有するOR並列Prologの分子系統樹作成への応用,
情報処理学会論文誌，Vol.35, No.4, pp.658-665 (1994年4月).
Gary J. Olsen, Hideo Matsuda, Ray Hagstrom, Ross Overbeek,
fastDNAml: A Tool for Construction of Phylogenetic Trees of DNA Sequences using Maximum Likelihood,
Computer Applications in the Biosciences, Vol.10, No.1, pp.41-48, Oxford University Press (February, 1994).
松田秀雄, 鈴鹿重雄, 金田悠紀夫,
OR並列Prologにおけるプライオリティ制御機構とその応用,
情報処理学会論文誌，Vol.34, No.4, pp.773-781 (1993年4月).
Yukio Kaneda, Hideo Matsuda, Katsuki Akiyoshi,
Introduction of dosim Predicate to Prolog,
New Generation Computing, Vol.8, No.2, pp.163-181, Ohmsha and Springer-Verlag (February, 1990).
松田秀雄, 石田英雄, 金田悠紀夫, 前川禎男,
密結合マルチプロセッサシステム上でのFGHC処理系の実現,
情報処理学会論文誌，Vol.30, No.10, pp.1289-1297 (1989年10月).
松田秀雄, 小畑正貴, 増尾剛, 金田悠紀夫, 前川禎男,
マルチプロセッサシステムPARK上での並列Prolog処理系の実現,
情報処理学会論文誌，Vol.29, No.1, pp.38-46 (1988年1月).
Yukio Kaneda, Naoyuki Tamura, Koichi Wada, Hideo Matsuda, Shumin Kuo, Sadao Maekawa,
Sequential Prolog Machine PEK,
New Generation Computing, Vol.4, No.1, pp.51-66, Ohmsha and Springer-Verlag (April, 1986).
松田秀雄, 田村直之, 小畑正貴, 金田悠紀夫, 前川禎男,
並列Prolog処理系"K-Prolog"の実現,
情報処理学会論文誌，Vol.26, No.2, pp.296-303(1985年3月).
Hironori Shigeta, Shigeto Seno, Shino Nishizawa, Yutaka Uchida, Junichi Kikuta, Masaru Ishii, Hideo Matsuda,
Analyzing Leukocyte Migration Trajectories by Deformable Image Matching,
IEEE 18th International Conference on Bioinformatics and Bioengineering (BIBE 2019), pp.94-98, Royal Olympic Hotel, Athens, Greece (October 28-30, 2019).
Seiryo Watanabe, Shigeto Seno, Hideo Matsuda,
DNN models and postprocessing thresholds for endoscopy artifact detection in practice,
CEUR Workshop Proceedings: the 2019 Challenge on Endoscopy Artefacts Detection (EAD2019), Hilton Molino Strucky, Venice, Italy (April, 2019).
Mitsuhisa Eto, Wataru Hirota, Shigeto Seno, Hideo Matsuda,
Asymmetric integration of single-cell transcriptomic data using latent Dirichlet allocation and procrustes analysis,
IDASB2018 (The 9th Integrative Data Analysis in Systems Biology) in conjunction with
2018 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM2018), Madrid, Spain, S16201, pp. 2129-2135, doi: 10.1109/BIBM.2018.8621115 (December 3-6, 2018).
Yoshiaki Sota, Shigeto Seno, Hironori Shigeta, Naoki Osato, Masafumi Shimoda, Shinzaburo Noguchi, Hideo Matsuda,
Detection of fusion genes from human breast cancer cell-line RNA-Seq data using shifted short read clustering,
IEEE 18th International Conference on Bioinformatics and Bioengineering (BIBE 2018), Splendor Hotel, Taichung, Taiwan, pp.159-162, doi: 10.1109/BIBE.2018.00038 (October 29-31, 2018).
Yoshiaki Sota, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Shinzaburo Noguchi, Hideo Matsuda,
Comparative analysis of transformation methods for gene expression profiles in breast cancer datasets,
IEEE 16th International Conference on Bioinformatics and Bioengineering (BIBE 2016), Splendor Hotel, Taichung, Taiwan, pp.328-333, doi: 10.1109/BIBE.2016.51 (October 31-November 2, 2016).
Hironori Shigeta, Tomohiro Mashita, Takeshi Kaneko, Junichi Kikuta, Shigeto Senoo, Haruo Takemura, Hideo Matsuda, Masaru Ishii,
A graph cuts image segmentation method for quantifying barrier permeation in bone tissue,
2014 1st workshop on Pattern Recognition Techniques for Indirect Immunofluorescence Images (I3A), Stockholm Waterfront Congress Centre, Sweden, pp. 16-19 (August 24,2014).
Tomohiro Mashita, Jun Usami, Hironori Shigeta, Yoshihiro Kuroda, Junichi Kikuta, Shigeto Senoo, Masaru Ishii, Hideo Matsuda, Haruo Takemura,
A Segmentation Method for Bone Marrow Cavity Image Using Graph-Cuts,
2014 1st workshop on Pattern Recognition Techniques for Indirect Immunofluorescence Images (I3A), Stockholm Waterfront Congress Centre, Sweden, pp. 20-23 (August 24,2014).
Tomoyoshi Nakayama, Hiromi Daiyasu, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
Reconstruction of dynamic gene regulatory networks for cell differentiation by separation of time-course data,
2013 International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (BIOCOMP'13), New Tropicana Hotel , Las Vegas, Nevada, USA (July 25, 2013)
Kensuke Suzuki, Daisuke Ueta, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
A method of sequence analysis for high-throughput sequence data based on shifted short read clustering,
2013 International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (BIOCOMP'13), New Tropicana Hotel , Las Vegas, Nevada, USA (July 25, 2013)
Yuta Okuma, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
Gene set enrichment analysis for a long time series gene expression profile,
2013 International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (BIOCOMP'13), New Tropicana Hotel , Las Vegas, Nevada, USA (July 25, 2013)
Ryo Araki, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
An estimation method for a cellular-state-specific gene regulatory network along tree-structured gene expression profiles,
23rd International Conference on Genome Informatics (GIW2012), National Cheng Kung University, Tainan, Taiwan (December 13, 2012).(Accepted for Oral Presentation)
Daisuke Ueta, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
Mutation-aware clustering with error correction for short-read genome mapping,
2011 Joint Conference of CBI and JSBi (CBI/JSBi2011), JSBi-27, Kobe International Conference Center, Kobe (November 9, 2011).(Accepted for Oral Presentation)
Tomoshige Ohno, Motokazu Ishikawa, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
An Improved RNA-Seq Analysis Method for Isoform Prediction by Iterative Mapping,
2010 International Conference on Genome Informatics (GIW2010), No.8, Hangzhou (December 16, 2010).(Accepted for Oral Presentation, Best Poster Award)
Takuya Ishibashi, Yoshiyuki Kido, Takanori Fukumoto, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
A Metadata Management System for Composing Bioinformatics Workflows,
9th International Conference on Bioinformatics (InCoB2010), No.187, International Conference Center, Waseda University, Tokyo (September 28, 2010).
Junya Seo, Yoshiyuki Kido, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
A Method for Efficient Execution of Bioinformatics Workflows,
Genome Informatics, Vol.23, pp.139-148, Yokohama, (December 16, 2009).
Takeru Nakazato, Hidemasa Bono, Hideo Matsuda, Toshihisa Takagi,
Functional profiling of OMIM data using MeSH vocabulary,
2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2008), P070/T07, Senri-Chuo (December 15, 2008).
Masahiko Hamada, Yoshiyuki Kido, Shigeto Seno, Hiromi Daiyasu, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
A Method for Making a New Reference Set of PDB Entries for Retrieving Protein 3D Structures with Structural Annotations,
2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2008), P074/T02, Senri-Chuo (December 15, 2008).
Takashi Shimizu, Yoshiyuki Kido, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
A Method for Reducing Bounds of Compound Search by Dividing Structure Key,
2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2008), P077/T01, Senri-Chuo (December 16, 2008).
Yoichi Takenaka, Akiko Matsumoto, Hideo Matsuda,
GO based Tissue Specific Functions of Mouse using Countable Gene Expression Profiles,
Genome Informatics, Vol.19, pp.154-165, Singapore (December 4, 2007).
Hideo Matsuda, Yoshiyuku Kido, Kentaro Wakatsuki,
Grid Interoperation on Data Management between NAREGI and EGEE gLite,
EGEE User Forum, Manchester (May 11, 2007) .
Sami Maekawa, Atsuko Matsumoto, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
A Method for Exploring Tissue-Specific Functions based on Information Content of Gene Ontology Terms using CAGE Tags,
World Congress on Medical Physics and Biomedical Engineering, Seoul (August 30, 2006).
Kohei Taki, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
Inference of Transcriptional Regulatory Networks using CAGE Transcriptome Dataset of Mus musculus,
World Congress on Medical Physics and Biomedical Engineering, Seoul (August 30, 2006).
Junya Seo, Shigeto Senoo, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
Extraction of Functionally Similar Bioinformatics Workflows,
6th International Workshop on Distibuted Applications, Web Services, Tools and GRID Infrastructures for Bioinformatics (NETTAB 2006), pp.70-74, S. Margherita di Pula, Cagliali, Italy (July 11, 2006).
Takahiro Kosaka, Susumu Date, Hideo Matsuda, Shinji Shimojo,
A heuristic query optimization for distributed inference on life-science ontologies,
IEEE Workshop on Knowledge Acquisition from Distributed, Autonomous, Semantically Heterogeneous Data and Knowledge Sources, Houston, Texas (November 27, 2005).
Gen Kawamura, Masato Kitajima, Takahiro Kosaka, Susumu Date, Shinji Shimojo, Hideo Matsuda,
A Grid-based Information Integration System for Drug Discovery by using Freely Accessible Compound Databases,
International CBI Conference (CBI2005), Yokohama (August 26, 2005).
Toshiyuki Okumura, Susumu Date, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
A Framework for Biological Analysis on the Grid,
Lifescience Grid Workshop, Singapore (May 5, 2005).
Gen Kawamura, Masato Kitajima, Kentaro Wakatsuki, Takehiro Furudate, Takahiro Kosaka, Kazuto Yamazaki, Reiji Teramoto, Susumu Date, Shinji Shimojo, Hideo Matsuda,
A Grid-based Information Integration System for Drug Discovery,
International Workshop on Biomedical Data Engineering (BMDE 2005), pp.121-128, Tokyo (April 4th, 2005).
Yukako Tohsato, Takahiro Kosaka, Susumu Date, Shinji Shimojo, Hideo Matsuda,
Heterogeneous Database Federation using Grid Technology for Drug Discovery Process,
In Akihiro Konagaya (ed.), Grid Computing in Life Science: First International Life Science Grid Workshop, LSGRID 2004
Lecture Notes in Bioinformatics, vol.3370, pp.43-52 (February, 2005).
Takahiro Kosaka, Susumu Date, Hideo Matsuda, Shinji Shimojo,
Designing a Rule-Based Environment to Interoperate Life-Scientific Ontologies for Drug Discovery,
2005 Symposium on Applications and the Internet Workshops (SAINTWKSP 2005) January 31-Feruary 4, Trento, Italy (January, 2005).
Yoshiyuki Kido, Susumu Date, Shingo Takeda, Shoji Hatano, Juncai Ma, Shinji Shimojo, Hideo Matsuda,
Architecture of a Grid-Enabled Research Platform with Location-Transparency for Bioinformatics,
Genome Informatics, Vol.15, No.2, pp.3-12 (December, 2004).
Shigeto Seno, Reiji Teramoto, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
A Method for Clustering Expression Data Based on Graph Structure,
Genome Informatics, Vol.15, No.2, pp.151-160 (December, 2004).
Masato Kitajima, Yukako Tohsato, Takahiro Kosaka, Kazuto Yamazaki, Reiji Teramoto, Susumu Date, Shinji Shimojo, Hideo Matsuda,
Development of a database system for drug discovery by employing grid technology,
HPC Asia 2004 Biogrid Workshop, pp.365-369, July 21, Ohmiya (July, 2004).
Yukako Tohsato, Takahiro Kosaka, Susumu Date, Shinji Shimojo, Hideo Matsuda,
Heterogeneous Database Federation using Grid Technology for Drug Discovery Process,
First International Workshop on Life Science Grid (LSGRID2004), May 31st-June 1st, Kanazawa (June, 2004).
Shoko Miyake, Yukako Tohsato, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
A Clustering Method for Comparative Analysis between Genomes and Pathways,
8th International Conference on Database Systems for Advanced Applications (DASFAA 2003), pp.327-334 (March 28, 2003)
Hideo Matsuda,
Unifying Bio-Information on the Grid,
3rd Pacific Rim Applications and Grid Middleware Assembly Workshop (PRAGMA), Fukuoka (January 23, 2003).
Hideya Kawaji, Yosuke Yamaguchi, Hideo Matsuda, Akihiro Hashimoto,
A Graph-based Clustering Method for a Large Set of Sequences using a Graph Partitioning Algorithm,
Genome Informatics, 12, pp.93-102 (December, 2001).
Takeya Kasukawa, Hideo Matsuda, Hidemasa Bono, Yasushi Okazaki, Shotaro Kohtsuki, Yoshihide Hayashizaki, Akihiro Hashimoto,
MaXML: Functional Annotation of Mouse cDNA Sequences in XML,
Workshops on CORBA and XML: Towards a Bioinformatics Integrated Network Environment (NETTAB 2001), pp.52-56 (May, 2001).
Yukako Tohsato, Hideo Matsuda, Akihiro Hashimoto,
A Multiple Alignment Algorithm for Metabolic Pathway Analysis using Enzyme Hierarchy,
8th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB 2000), pp.376-383 (August, 2000).
Makoto Ando, Yutaka Akiyama, Hideo Matsuda,
Hierarchical Approach to Parallel Tree Search for Protein Conformational Analysis,
International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications (PDPTA2000), pp.643-649 (June, 2000).
Makoto Ando, Yutaka Akiyama, Hideo Matsuda,
ESCAPE 2.0: Parallel Exaustive Conformational Search System of Peptides with Conformational Libraries as Building Blocks,
4th International Conference/Exhibition on High Performance Computing in Asia-Pacific Region (HPC-ASIA 2000), pp.1097-1102, IEEE Press (May, 2000).
Aaron J. Stokes, Hideo Matsuda, Akihiro Hashimoto,
Making High-level Queries on Diverse Genome Data: A Structured Genome Document Database System based on GXML and GQL,
Genome Informatics, Vol.10, pp.176-185, Universal Academy Press (December, 1999).
Takeya Kasukawa, Hideo Matsuda, Michio Nakanishi, Akihiro Hashimoto,
A New Method for Maintaining Semi-Structured Data Described in XML,
IEEE Pacific Rim Conference on Communications, Computers, and Signal Processing, pp.258-261 (August, 1999).
Takanobu Yoshikawa, Tomohiro Tabe, Risa Kishinami, Hideo Matsuda, Akihiro Hashimoto,
On the Implementation of a Phylogenetic Tree Database,
IEEE Pacific Rim Conference on Communications, Computers, and Signal Processing, pp.42-45 (August, 1999).
Sivasundaram Suharnan, Takeshi Itou, Hideo Matsuda, Hirotada Mori,
Clustering Molecular Sequences with Their Components,
Genome Informatics, No.8, pp.125-134, Universal Academy Press (December, 1997).
Yoshihisa Kawamoto, Akihiro Inoue, Yoshihiko Tamada, Hideo Matsuda, Michio Nakanishi, Akihiro Hashimoto:
A Method for Retrieving Relevant Entries of Molecular Biology Databases using Word Cooccurrence Frequency,
International Symposium on Digital Media Information Base (DMIB'97), pp.96-100 (November, 1997).
Hideo Matsuda, Takashi Imai, Toshiko Sekihara, Michio Nakanishi, Akihiro Hashimoto,
Integrating Heterogeneous Molecular Biology Databases with Multiagents,
IPSJ International Symposium on Information Systems and Technologies for Network Society, pp.265-268 (September, 1997).
Takashi Imai, Hideo Matsuda, Toshiko Sekihara, Michio Nakanishi, Akihiro Hashimoto,
Implementing an Integrated System for Heterogeneous Molecular Biology Databases with Intelligent Agents,
IEEE Pacific Rim Conference on Communications, Computers, and Signal Processing, pp.807-810 (August, 1997).
Hideo Matsuda, Fumihiro Taniguchi, Akihiro Hashimoto,
An Approach to Detection of Protein Structural Motifs using an Encoding Scheme of Backbone Conformations,
2nd Pacific Symposium on Biocomputing, pp.280-291, World Scientific (January, 1997).
Hideo Matsuda, Tatsuya Ishihara, Akihiro Hashimoto,
A Clustering Method for Molecular Sequences based on Pairwise Similarity,
Genome Informatics, No.7, pp.23-32, Universal Academy Press (December, 1996).
Hideo Matsuda,
Protein Phylogenetic Inference using Maximum Likelihood With A Genetic Algorithm,
1st Pacific Symposium on Biocomputing, pp.512-523, World Scientific (January, 1996).
Hideo Matsuda,
Construction of Phylogenetic Trees from Amino Acid Sequences using a Genetic Algorithm,
Genome Informatics, No.6, pp.19-28, Universal Academy Press (December, 1995).
Hironori Nakajo, Takashi Matsumoto, Masaki Kohata, Hideo Matsuda, Kei Hiraki, Yukio Kaneda,
High Performance I/O System of the Distributed Shared-Memory Massively Parallel Computer JUMP-1,
7th IASTED - ISMM International Conference on Parallel and Distributed Computing and Systems, pp.470-473, IASTED - ACTA PRESS, (October, 1995).
Hideo Matsuda,
Querying Genomic Database by using a Parallel Logic Programming System on Distributed Computing Environment,
IEEE Pacific Rim Conference on Communications, Computers, and Signal Processing, pp.333-336 (May, 1995).
Hideo Matsuda, Hiroshi Yamashita, Yukio Kaneda,
Molecular Phylogenetic Analysis using both DNA and Amino Acid Sequence Data and Its Parallelization,
Genome Informatics, No.5, pp.120-129, Universal Academy Press (December, 1994).
Hideo Matsuda, Gary J. Olsen, Ross Overbeek, Yukio Kaneda,
Fast Phylogenetic Analysis on a Massively Parallel Machine,
8th ACM International Conference on Supercomputing, pp.297-302 (July, 1994).
Yukio Kaneda, Hideo Matsuda,
A Priority Control System for OR-Parallel Prolog and Its Performance Evaluation,
Lecture Notes in Computer Science, Vol.748, pp.42-53, Springer-Verlag (December, 1993).
Hideo Matsuda,
Efficient Query Processing on Genomic Database using Data-Parallel Logic Programming Language,
Genome Informatics, No.4, pp.17-24, Universal Academy Press (December, 1993).
Hideo Matsuda, Gary J. Olsen, Ray Hagstrom, Ross Overbeek, Yukio Kaneda,
Implementation of a Parallel Processing System for Inference of Phylogenetic Trees,
IEEE Pacific Rim Conference on Communications, Computers and Signal Processing, pp.280-283 (May, 1993).
Yukio Kaneda, Hideo Matsuda,
A Priority Control Systems for Or-Parallel Prolog,
Parallel Symbolic Computing: Languages, Systems, and Applications, pp.14.1-14.12 (October, 1992).
Susumu Fujii, Hiroaki Sandoh, Hideo Matsuda, Mitsunobu Tasaka,
A Study on Distributed Simulation for Flexible Manufacturing Systems,
IFAC/IFORS/IMACS Symposium on Information Control Problems in Manufacturing Technology, pp.27-32 (September, 1989).
Susumu Fujii, Hiroaki Sandoh, Hideo Matsuda, Kazuhiro Kumamoto,
A Study on Collision-Free Path Planning for a Robot Manipulator,
USA-Japan Symposium on Flexible Automation, pp.301-306 (July, 1988).
Hideo Matsuda, Masaki Kohata, Tsuyoshi Masuo, Yukio Kaneda, Sadao Maekawa,
Implementing Parallel Prolog System on Multiprocessor System PARK,
5th International Workshop on Database Machines, pp.640-653 (October, 1987).
Hideo Matsuda, Masaki Kohata, Tsuyoshi Masuo, Yukio Kaneda, Sadao Maekawa,
Parallel Prolog Machine PARK: Its Hardware Structure and Prolog Systems,
Lecture Notes in Computer Science, Vol.221, pp.35-43, Springer-Verlag (May, 1986).
Yukio Kaneda, Naoyuki Tamura, Koichi Wada, Hideo Matsuda, Shumin Kuo, Sadao Maekawa,
Sequential Prolog Machine PEK and Its Performance Evaluation,
Mini and Microcomputers and Their Applications, pp.190-193 (June, 1985).
Naoyuki Tamura, Koichi Wada, Hideo Matsuda, Yukio Kaneda, Sadao Maekawa,
Sequential Prolog Machine PEK,
International Conference on Fifth Generation Computer Systems, ICOT, pp.542-550 (November, 1984).
Yukio Kaneda, Naoyki Tamura, Koichi Wada, Hideo Matsuda,
Sequential Prolog Machine PEK: Architecture and Software System,
International Workshop on High-Level Computer Architecture, pp.4.1-4.6 (May, 1984).
Naoki Osato, Hironori Shigeta, Shigeto Seno, Yutaka Uchida, Masaru Ishii, Hideo Matsuda,
Single-cell transcriptome analysis for elucidating cell dynamics,
Single cell biology meets diagnostics - 12th International workshop on approaches to single cell analysis, Uppsala University, Uppsala, Sweden (March 4-5, 2019).
Kazumasa Saito, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Yoichi Takenaka,
Missing value imputation for gene expression data with deep learning,
The Sexteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC 2018), No.A9, Keio University, Yokohama (January 15-17, 2018).
Meya Cho, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Yoichi Takenaka,
Functional analysis of metagenome using composition-based method,
The Sexteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC 2018), No.A18, Keio University, Yokohama (January 15-17, 2018).
Mitsuhiro Eto, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
Clustering of cells for single cell analysis using latent Dirichlet allocation,
International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB 2017), No.B-071, Prague Congress Centre, Prague, Czech (July 21-25, 2017).
Hideo Matsuda, Hironori Shigeta, Shigeto Seno, Junichi Kikuta, Masaru Ishii,
Analyzing cell migration dynamics from intravital imaging by deformable image matching,
International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB 2017), No.B-383, Prague Congress Centre, Prague, Czech (July 21-25, 2017).
Shigeto Seno, Masayuki Furuya, Junichi Kikuta, Masaru Ishii, Hideo Matsuda,
A method of bioimage analysis for spatial pattern of cellular interaction and intercalation,
International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB 2017), No.B-384, Prague Congress Centre, Prague, Czech (July 21-25, 2017).
Hironori Shigeta, Tomohiro Mashita, Junichi Kikuta, Shigeto Seno, Haruo Takemura, Hideo Matsuda, Masaru Ishii,
A bone marrow cavity segmentation method using wavelet-based texture feature,
International Conference on Pattern Recognition (ICPR 2016), No.TuPT5.3, Cancun Center, Cancun, Mexico (December 4-8, 2016).
Fuki Iwasaki, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
An accurate estimation method for expression profiles of novel transcripts from RNA-Seq data,
International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2016), No.N24, Swan and Dolphin Hotel, Orlando, Florida, USA (July 8-12, 2016).
Hideo Matsuda, Junko Tsuda, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka,
A method for reducing false positives of target genes of microRNAs by combining two prediction tools,
International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2016), No.O49, Swan and Dolphin Hotel, Orlando, Florida, USA (July 8-12, 2016).
Yoichi Takenaka, Shigeto Seno, Hideo Matsuda,
Dynamic analysis of gene regulations using leaving-one-out expression profile,
International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB 2016), No.48, UCLA, Los Angeles, California, USA (April 17-21, 2016).
Kazumasa Saito, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
Bayesian network inference from gene expression profiles with a small number of samples,
International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB 2016), No.50, UCLA, Los Angeles, California, USA (April 17-21, 2016).
Kojiro Fukuda, Shigeto Seno, Tomohiro Mashita, Yoichi Takenaka, Masaru Ishii, Hideo Matsuda,
An automatic event detection method using semi-supervised learning for time-lapse imaging data,
Bioimage Informatics 2014, No.P22, Provinciehuis Vlaams-Brabant(フラームスブラバント州庁舎), Leuven, Belgium (October 8-10, 2014).
Kohei Kurashige, Shigeto Seno, Tomohiro Mashita, Junichi Kikuta, Yoichi Takenaka, Masaru Ishii, Hideo Matsuda,
Improvement approach of cell tracking accuracy by using inter-frame information,
Bioimage Informatics 2014, No.P38, Provinciehuis Vlaams-Brabant(フラームスブラバント州庁舎), Leuven, Belgium (October 8-10, 2014).
Yoichi Takenaka, Shigeto Seno, Hideo Matsuda,
Chronological analysis of regulatory strength on gene regulatory networks,
13th European Conference on Computational Biology (ECCB'14), No.B04, Strasbourg, France (September 7-10, 2014).
Kazunori Waki, Hideo Matsuda,
Causal discovery from omics information using Bayesian network,
International Conference on Genome Informatics (GIW2013), No.41, Biopolis, Singapore (December 16-18, 2013).
Tomoshige Ohno, Shigeto Seno, Hiromi Daiyasu, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
Integrative prediction of miRNA-mRNA interactions from high-throughput sequencing data,
RECOMB/ISCB Conference on Regulatory and Systems Genomics, with DREAM Challenges 2013, Toronto Reference Library, Toronto, Canada (November 8-12, 2013).
Naoki Matsushita, Hiromi Daiyasu, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
Multiplication of Motif Occurrence Profiles for Metagenome Fragment Classification,
35th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society (EMBC'13), Short Papers No.3055, Osaka International Convention Center, Osaka (July 3-7, 2013).
Yuta Okuma, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
Gene Set Enrichment Analysis for Time-Series Gene Expression Profile,
35th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society (EMBC'13), Short Papers No.3225, Osaka International Convention Center, Osaka (July 3-7, 2013).
Tomoyoshi Nakayama, Yoshiyuki Kido, Hiromi Daiyasu, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
Estimate Dynamic Gene Regulatory Networks in Adipocyte Differentiation for Detecting Changes of Gene Regulations by Splitting Time Course Data,
23rd International Conference on Genome Informatics (GIW2012), National Cheng Kung University, Tainan, Taiwan (December 13, 2012).
Shigeto Seno, Sakae Maeda, Tomohiro Mashita, Yoichi Takenaka, Masaru Ishii, Hideo Matsuda,
Automatic cell tracking for time-lapse fluorescent images of cell cycle,
International Symposium "Towards Comprehensive Understanding of Immune Dynamism" (TCUID2012), Osaka University, Suita (October 29, 2012).
Shigeto Seno, Tomohiro Mashita, Yoichi Takenaka, Masaru Ishii, Hideo Matsuda,
A cell-tracking method for time-lapse multicolor fluorescent images,
Bioimage Informatics 2012, p.57, Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics, Dresden, Germany (September 16-19, 2012).
Yoichi Takenaka, Shigeto Seno, Hideo Matsuda,
All the 1+3n one-mismatch sequences of n-mer DNA are involved in 22.2+0.00879n strings of Perfect Linear Code words on DNA,
International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2012), U44, Long Beach Convention and Entertainment Center, Long Beach (July 17, 2012).
Yoshimi Kawakami, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
A random forest approach to the detection of a rare disease in the case control studies,
International Conference on Genome Informatics (GIW2011), P-030, Haeundae Grand Hotel, Busan, Korea (December 5, 2011).
Yoichi Takenaka, Tomoshige Ohno, Kayo Okuda, Shigeto Seno, Hideo Matsuda,
Sequence determination and expression estimation of alleles from RNA-Seq data,
InCoB/ISCB-Asia Joint Conference 2011, 61, Renaissance Hotel, Kuala Lumpur, Malaysia (November 30, 2011).
Yoichi Takenaka, Shigeto Seno, Hideo Matsuda,
Perfect hamming code with Burrow-Wheeler translation for genome mapping,
InCoB/ISCB-Asia Joint Conference 2011, 70, Renaissance Hotel, Kuala Lumpur, Malaysia (December 1, 2011).
Ryo Araki, Yoichi Takenaka, Tomoshige Ohno, Yukito Watanabe, Shigeto Seno, Hideo Matsuda,
Direct unique gene regulatory networks along dendrogram of cell differentiation,
InCoB/ISCB-Asia Joint Conference 2011, 83, Renaissance Hotel, Kuala Lumpur, Malaysia (November 30, 2011).
Tatsuya Kitaguchi, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
Network analysis for time-series expression profile using nested effects models,
2011 Joint Conference of CBI and JSBi (CBI/JSBi2011), JSBi-49, Kobe International Conference Center, Kobe (November 8, 2011)
Yukito Watanabe, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
A Method for Inference of Gene Regulatory Network based on Bayesian Network with Uniting of Partial Problems,
19th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2011), N13, Austria Center Vienna, Vienna (July 18, 2011).
Tomoshige Ohno, Kiyoshi Yoshizawa, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
A Directed Graphical Gaussian Model for Inferring Gene Regulatory Networks,
19th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2011), X16, Austria Center Vienna, Vienna (July 19, 2011).
Masakazu Sugiyama, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
A method for risk predicition of a serious disease using rule-based analysis,
19th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2011), M12, Austria Center Vienna, Vienna (July 19, 2011).
Sho Ohsuga,Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
Feature selection for specifying experimental conditions that activate gene transcriptions,
19th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2011), N12, Austria Center Vienna, Vienna (July 19, 2011).
Yoichi Takenaka, Shigeto Seno, Hideo Matsuda,
Perfect hamming code as hash key for fast genome mapping,
19th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2011), U22, Austria Center Vienna, Vienna (July 19, 2011).
Kiyoshi Yoshizawa, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
Revealing regulatory relationships of crosstalk with multiple time-series gene expression profiles,
2010 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2010), P017, Centennial Hall, Kyushu University School of Medicine, Fukuoka (December 13, 2010).
Tomoyoshi Nakayama, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
A bootstrapping method of S-system model for estimating timeline gene regulatory networks,
2010 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2010), P027, Centennial Hall, Kyushu University School of Medicine, Fukuoka (December 13, 2010).
Yoshiyuki Kido, Takanori Fukumoto, Taishin Nomura, Yoshihisa Kurachi, Hideo Matsuda,
A study of discovery of Web service and modeling data for multi-scale simulation,
7th Korea-Japan e-Science Symposium, (July, 2010).
Takuya Hashimoto, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
A method for predicting compound-protein interactions using canonical correlational analysis,
18th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2010), M015, Hynes Convention Center, Boston (July 11, 2010).
Daisuke Ueta, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
A method for detecting structural variants from massive paired end genome sequences by mapping signatures,
18th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2010), U041, Hynes Convention Center, Boston (July 11, 2010).
Tomoyoshi Nakayama, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
An estimation method of S-system model of gene regulatory networks using immune algorithm,
18th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2010), X060, Hynes Convention Center, Boston (July 12, 2010).
Ly Nguyen, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
An algorithm for fast exact search of chemical compounds by clustered data beforehand,
21st International Workshop on Combinatorial Algorithms, (July, 2010).
Kiyoshi Yoshizawa, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
A Method of Estimation of Crosstalk Genes with Multiple Time-Series Gene Expression Profiles,
International Conference on Genome Informatics (GIW2009), P057, Pacifico Yokohama, Yokohama (December 14, 2009).
Yuya Shuto, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
A Method for the Inference of Gene Regulatory Networks based on Dynamic Bayesian Net-work with Clustering of Time-Series Subsequences,
International Conference on Genome Informatics (GIW2009), P080, Pacifico Yokohama, Yokohama (December 15, 2009).
Takahiro Kishimoto, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
A Method for Extraction of the Active Compound Groups which Have Strong Relationship be-tween Structure and Activity,
International Conference on Genome Informatics (GIW2009), P133, Pacifico Yokohama, Yokohama (December 14, 2009).
Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
A Method for Analyzing Gene Expression Profiles based on the Underlying Structures,
17th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and 8th European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB2009), M21, Stockholm, Sweden (June 29, 2009).
Yuya Shuto, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
A Method for Inference of Gene Regulatory Networks based on Bayesian Network with Clustering of Time-Series Subsequences,
17th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and 8th European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB2009), X67, Stockholm, Sweden (June 29, 2009).
Yoshiyuki Kido, Yoshiyuki Asai, Taishin Nomura, Yoshihisa Kurachi, Hideo Matsuda,
Discovery of Relation between Modeling Data using in-silico Modeling Ontology and Meta-Ontology,
36th Congress of the International Union of Physiological Sciences (IUPS2009), P2PM-19-19, Kyoto (July 29, 2009).
Mitsuru Jikeya, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
A Method for Analysis of Tissue-Specific Transcriptional Control Using Distributions of Transcription Starting Sites,
2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2008), P044, Senri-Chuo (December 15, 2008).
Reiji Ohsugi, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
The Validity Evaluation of Gene Regulatory Network Motifs Based on Differential Equation Model,
2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2008), P045, Senri-Chuo (December 16, 2008).
Junya Seo, Yoshiyuki Kido, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
An Efficient Data Transfer on Workflows for Genome-wide Analysis,
2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2008), P075, Senri-Chuo (December 16, 2008).
Yoshiyuki Kido, Yoshiyuki Asai, Taishin Nomura, Yoshihisa Kurachi, Hideo Matsuda,
An Architecture of Modeling Data Search using Ontology and Meta-Ontology,
3rd MEI International Symposium, San Francisco (December 2, 2008).
Junya Seo, Yoshiyuki Kido, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
Architecture of an Efficient Data Transfer System and Manager for Genome-wide Analysis Workflows,
3rd MEI International Symposium, San Francisco (December 2, 2008).
Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
Tissue specificity measured by differences in information content between target tissue and whole tissue,
16th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2008), A21, Toronto (July 21, 2008).
Mitsuru Jikeya, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
A Clustering Method for Expression Patterns of Transcription Starting Sites,
16th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2008), J29, Toronto (July 20, 2008).
Junya Seo, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
A Data Transmission Method for Web Services in Bioinformatics Workflows,
16th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2008), E36, Toronto (July 21, 2008).
Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
A method for analysis of tissue-specific alternative transcripts using CAGE tags,
16th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2008), J30, Toronto (July 21, 2008).
Takeru Nakazato, Hidemasa Bono, Hideo Matsuda, Toshihisa Takagi,
Functional analysis of groups of genes with MeSH hierarchy,
Systems Biology: Global Regulation of Gene Expression (Cold Spring Harbor Laboratory Meeting), New York, p.101 (March 27-30, 2008).
Junya Seo, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
A Method for Retrieving Functionally Similar Bioinformatics Workflows,
2007 Annual Conference of Japanese Society for Bioinformatics, P011, Tokyo (December 17, 2007) .
Hideo Matsuda,
An Information Integration System on Data Grid Environment,
1st DIALOGUE Workshop: Applications-Driven Issues in Data Grids, Columbus, Ohio (August 2, 2005).
Hideo Matsuda, Masato Kitajima, Gen Kawamura, Kentaro Wakatsuki, Takehiro Furudate, Takahiro Kosaka, Susumu Date, Shinji Shimojo,
Information Integration of Heterogeneous Databases through Grid Data Services,
GGF e-Science Workshop, Seoul (March 15, 2005) .
Kohei Taki, Reiji Teramoto, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
Inference of Gene Regulatory Network Based on Module Network Model with Gene Functional Classifications,
3rd IEEE Computer Society Bioinformatics Conference (CSB2004), pp.632-633, Palo Alto (August 16-19, 2004)
Shoko Miyake, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
A Graph Analysis Method to Detect Metabolic Sub-networks Based on Phylogenetic Profile,
3rd IEEE Computer Society Bioinformatics Conference (CSB2004), pp.634-635, Palo Alto (August 16-19, 2004) .
Masato Kitajima, Takahiro Kosaka, Kazuto Yamazaki, Reiji Teramoto, Gen Kawamura, Susumu Date, Shinji Shimojo, Hideo Matsuda,
Bridging life science databases using grid technology for genome-based drug discovery,
International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2004), Glasgow (August 1st, 2004) .
Vorathaya Tantoolvesm, Yoichi Takenaka, Satoshi Harashima, Hideo Matsuda,
Mapping of Artificial Nucleosome Positioning Sequences to the Saccharomyces cerevisiae Genome,
Genome Informatics, Vol.14, pp.462-463 (December 15-17, 2003) .
Yusuke Saito, Manabu Gomi, Hideo Matsuda, Naohisa Goto, Ken Kurokawa, Teruo Yasunaga,
Real-Time Mapping System of cDNAs and Genomes using Grid Computing,
Genome Informatics, Vol.14, pp.569-570 (December 15-17, 2003) .
Shigeto Seno, Reiji Teramoto, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
P-Quasi Complete Linkage Clustering Method for Gene-Expression Profiles based on Distribution Analysis,
11th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2003), B-59 (July 1, 2003).
Shoko Miyake, Yukako Tohsato, Hideo Matsuda,
An Application of a Pathway Alignment Method to Comparative Analysis between Genome and Pathways,
1st IEEE Computer Society Bioinformatics Conference (CSB2002), p.329, Palo Alto (August 14-16, 2002) .
Shigeto Seno, Reiji Teramoto, Hideo Matsuda,
P-Quasi Complete Linkage Analysis for Gene-Expression Data,
1st IEEE Computer Society Bioinformatics Conference (CSB2002), p.342, Palo Alto (August 14-16, 2002).Best Poster Award
Hideo Matsuda, Christian Schoenbach, Hideya Kawaji, Jun Kawai, Yoshihide Hayashizaki,
A Tool for Annotating Novel Motifs Detected in Mouse Full-Length cDNA Sequences,
Joint Cold Spring Harbor Laboratory / Wellcome Trust Conference on Genome Informatics, (August 8-12, 2001).
Yukako Tohsato, Ryutaro Saijo, Hideo Matsuda, Akihiro Hashimoto,
An Algorithm for Detecting Similar Reaction Patterns between Metabolic Pathways,
9th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB 2001), (July 21-25, 2001) .
Yukako Tohsato, Hideo Matsuda, Akihiro Hashimoto,
An Application of a Pathway Alignment Method to the Analysis of Amino Acid Biosynthesis,
Genome Informatics, Vol.11, pp.284-285 (December, 2000).
Hideya Kawaji, Hideo Matsuda, Shinji Kondo, Jun Kawai, Yoshihide Hayashizaki, Akihiro Hashimoto,
Analysis of Functional Motifs in Mouse Full-Length cDNA Sequences,
14th International Mouse Genome Conference (IMGC 2000), C13, p.180 (October, 2000) .
Hideya Kawaji, Hideo Matsuda, Shinji Kondo, Jun Kawai, Yoshihide Hayashizaki, Akihiro Hashimoto,
A Method to Detect Conserved Domains in Mouse Full-Length cDNA Data,
8th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB 2000) (August, 2000) .
Aaron J. Stokes, Hideo Matsuda, Akihiro Hashimoto,
A Structured Genome Document Database System for Making High-level Queries on Diverse Genome Data,
Currents in Computational Molecular Biology (RECOMB2000), pp.91-92 (April, 2000) .
Yukako Tohsato, Hideo Matsuda, Akihiro Hashimoto,
A Local Alignment Algorithm for Metabolic Pathway Analysis,
Currents in Computational Molecular Biology (RECOMB2000), pp.171-173 (April, 2000) .
Takashi Abe, Shigehiko Kanaya, Makoto Kinouchi, Yoshihiro Kudo, Hirotada Mori, Hideo Matsuda, Carlos Del Carpio, Toshimichi Ikemura,
Gene Classification Method Based on Batch-Learning SOM,
Genome Informatics, Vol.10, pp.314-315 (December, 1999).
Yukako Tohsato, Hideo Matsuda, Akihiro Hashimoto,
Application to Gene Cluster Analysis of Inductive Inference of Languages over Patterns with Conceptual Hierarchy,
Genome Informatics, Vol.10, pp.324-325 (December, 1999) .
Takeshi Ara, Kenji Suzuki, Hideo Matsuda, Hirotada Mori,
Distribution of Species Specific Gene Family in Microorganisms,
Genome Informatics, Vol.10, pp.326-327 (December, 1999).
Wataru Fujibuchi, Hiroyuki Ogata, Hideo Matsuda, Minoru Kanehisa,
Automatic Detection of Gene Clusters by P-Quasi Complete Linkage Grouping,
Genome Informatics, Vol.9, pp.300-301, Universal Academy Press (December, 1998).
Aaron J. Stokes, Hideo Matsuda, Akihiro Hashimoto,
A Query Language for Retrieving Complete Genomes by Viewing Them as Structured Documents,
Genome Informatics, Vol.9, pp.314-315, Universal Academy Press (December, 1998).
Hideo Matsuda,
Classifying Molecular Sequences with Pairwise Similarities by a Graph Covering Method,
International Workshop on Recent Advance in Genome Biology of Micro-organisms, p.28 (October, 1996).
Hideo Matsuda, Fumihiro Taniguchi, Akihiro Hashimoto,
A Notation of Amino Acid Conformations for Exploring Similar Protein Structure,
1st Pacific Symposium on Biocomputing, pp.732-733, World Scientific (January, 1996).
Gary Olsen, Carl Woese, Ray Hagstrom, Hideo Matsuda. Ross Overbeek,
Inference of Phylogenetic Trees Using Maximum Likelihood,
1st Delta Applications Workshop, pp.247-262 (February, 1992).
嶋田彩人, 繁田浩功, 瀬尾茂人, 池田わたる, 竹中要一, 松田秀雄,
蛍光顕微鏡画像のためのグラフカットによる毛細血管の抽出手法,
第20回画像の認識・理解シンポジウム MIRU2017, PS1-65, 広島国際会議場, 広島県広島市 (2017年8月7日-10日).
松原周平, 瀬尾茂人, 西澤志乃, 菊田順一, 竹中要一, 石井優, 松田秀雄,
オプティカルフローとウェーブレット解析を用いた白血球の動態の解析手法,
バイオイメージ・インフォマティクスワークショップ 2016, P03, 大阪大学銀杏会館, 大阪 (2016年6月22日-23日).
繁田浩功, 間下以大, 菊田順一, 瀬尾茂人, 竹村治雄, 松田秀雄, 石井優,
ウェーブレット特徴量を用いた生体骨組織の骨髄腔の領域分割手法,
バイオイメージ・インフォマティクスワークショップ 2016, P13, 大阪大学銀杏会館, 大阪 (2016年6月22日-23日).
渡邊誓旅, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄,
画像処理とディープラーニングの手法を用いた病理診断支援,
バイオイメージ・インフォマティクスワークショップ 2016, P23, 大阪大学銀杏会館, 大阪 (2016年6月22日-23日).
瀬尾茂人, 間下以大, 竹中要一, 石井優, 松田秀雄,
抗がん剤の薬効評価のための経時観察蛍光画像からのデータマイニング,
バイオイメージ・インフォマティクスワークショップ 2015, OP14, 九州大学コラボ・ステーションI, 福岡 (2015年6月18日-19日).
藏重昂平, 瀬尾茂人, 間下以大, 菊田順一, 竹中要一, 石井優, 松田秀雄,
コンポーネントツリーを用いたグローバルデータアソシエーションによる細胞追跡手法,
バイオイメージ・インフォマティクスワークショップ 2015, P19, 九州大学コラボ・ステーションI, 福岡 (2015年6月18日-19日).
松原周平, 瀬尾茂人, 菊田順一, 竹中要一, 石井優, 松田秀雄,
オプティカルフローを用いた血管中を遊走する白血球の動態の解析手法,
バイオイメージ・インフォマティクスワークショップ 2015, P25, 九州大学コラボ・ステーションI, 福岡 (2015年6月18日-19日).
福田浩二郎, 瀬尾茂人, 間下以大, 竹中要一, 松田秀雄,
タイムラプスイメージングによる細胞周期観測画像の時空間解析,
バイオイメージ・インフォマティクスワークショップ 2014, 岡崎コンファレンスセンター, 愛知 (2014年6月9日).
Tomoyoshi Nakayama, Hiromi Daiyasu, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
Estimation method of large-scale dynamic gene regulatory networks for cell differentiation by separation of time-course data,
2013年日本バイオインフォマティクス学会年会, 47, タワーホール船堀, 東京 (2013年10月29日～31日).
福田浩二郎，瀬尾茂人，間下以大，前田栄，竹中要一，石井優，松田秀雄，
経時観測蛍光画像からのモーションヒストリーイメージを用いた細胞分裂の検出方法,
第16回画像の認識・理解シンポジウム MIRU2013, SS6-18, 国立情報学研究所, 東京 (2013年8月1日).
尾野貴広，瀬尾茂人，間下以大，竹中要一，石井優，松田秀雄，
Global Data Associationによる経時観察画像における破骨前駆細胞の自動追跡手法,
第16回画像の認識・理解シンポジウム MIRU2013, SS3-37, 国立情報学研究所, 東京 (2013年7月31日).
瀬尾茂人，間下以大，前田栄，竹中要一，石井優，松田秀雄,
多色蛍光イメージングによる経時観測データのための細胞追跡手法,
ビジョン技術の実利用ワークショップ ViEW2012, IS1-A8, パシフィコ横浜アネックス・ホール, 神奈川 (2012年12月6日).
山脇晋吾，廣中大雅，竹中要一，松田秀雄，橋本昭洋,
主成分分析を用いた遺伝子発現データ検索結果の出力手法について，
電子情報通信学会 第12回データ工学ワークショップ (DEWS2001)論文集4A-6 (2001年3月).
坊垣恭右，増山智久，竹中要一，松田秀雄，橋本昭洋,
遺伝子発現データのクラスタリング検索を行うXMLデータベースの構築，
電子情報通信学会 第12回データ工学ワークショップ (DEWS2001)論文集5A-1 (2001年3月).
廣中大雅，坪井宣洋，松田秀雄，橋本昭洋,
遺伝子発現パターンデータベースに対する検索手法について，
電子情報通信学会 第11回データ工学ワークショップ (DEWS2000)論文集2B-4 (2000年3月).
Aaron J. Stokes, Hideo Matsuda，Akihiro Hashimoto,
Structured Genome Document Database System,
電子情報通信学会 第11回データ工学ワークショップ (DEWS2000)論文集7A-3 (2000年3月).
増山智久，吉川孝伸，松田秀雄，橋本昭洋,
XMLによる分子系統樹データベースの構築とその検索手法，
電子情報通信学会 第11回データ工学ワークショップ (DEWS2000)論文集7A-4 (2000年3月).
粕川雄也，松田秀雄，中西通雄，橋本昭洋,
XMLで記述された半構造データの一管理手法,
電子情報通信学会 第10回データ工学ワークショップ(DEWS'99) 論文集 3B-1 (1999年3月).
吉川孝伸，田部智宏，岸浪リサ，松田秀雄，橋本昭洋,
分子系統樹データベースの実現への試み,
電子情報通信学会 第10回データ工学ワークショップ (DEWS'99)論文集 3B-2 (1999年3月).
Aaron J. Stokes, Hideo Matsuda, Akihiro Hashimoto,
GXML: A Novel Method for Exchanging and Querying Complete Genomes by Representing them as Structured Documents,
電子情報通信学会 第10回データ工学ワークショップ(DEWS'99)論文集 5B-4 (1999年3月).DEWS'99優秀プレゼンテーション賞
三上知親，今井孝，松田秀雄，中西通雄，橋本昭洋,
マルチエージェントによる異種の分子生物学データベースの統合検索システムの試作，
電子情報通信学会 第9回データ工学ワークショップ(DEWS'98)論文集，pp.235-240 (1998年3月).
日浦太，川本芳久，中西通雄，松田秀雄，橋本昭洋,
分子生物学データベースにおける単語の共起性と出現位置による関連エントリ探索手法，
電子情報通信学会 第9回データ工学ワークショップ(DEWS'98)論文集，pp.241-246 (1998年3月).
吉川孝伸，今井孝，中西通雄，松田秀雄，橋本昭洋,
モバイルエージェントを用いた異種の分子生物学データベースの検索手法，
電子情報通信学会 第9回データ工学ワークショップ(DEWS'98)論文集，pp.247-252 (1998年3月).
井上章弘，玉田芳彦，中西通雄，松田秀雄，橋本昭洋,
分子生物学データベースにおける関連エントリの探索手法，
電子情報通信学会 第8回データ工学ワークショップ(DEWS'97)論文集, pp.55-60 (1997年3月).
関原寿子，今井孝，中西通雄，松田秀雄，橋本昭洋,
マルチエージェントによる異種の分子生物学データベースの統合，
電子情報通信学会 第8回データ工学ワークショップ(DEWS'97)論文集, pp.197-202 (1997年3月).
中條拓伯，岡田勉，松本尚，小畑正貴，松田秀雄，平木敬，金田悠紀夫,
分散共有メモリ型超並列計算機JUMP-1のディスク入出力サブシステム，
情報処理学会 並列処理シンポジウムJSPP'95論文集, pp.67-74 (1995年5月).
松田秀雄，金田悠紀夫,
高並列計算機上での最尤法による分子系統樹の作成，
情報処理学会 並列処理シンポジウム JSPP'94 論文集, pp.335-340 (1994年5月).
松田秀雄，鈴鹿重雄，金田悠紀夫,
プライオリティ制御機構を有するOR並列Prologの探索問題への応用，
情報処理学会 並列処理シンポジウムJSPP'93論文集， pp.55-62 (1993年5月).
Hideo Matsuda,
Reconstruction of Gene Regulatory Networks for Drug Target Discovery,
The 3rd National Seminar and Workshop on Computer Aided-Drug Design: Virtual Screening (CADD2010), Gurney Hotel, Penang, Malaysia (December 3, 2010) (Keynote Talk).
Hideo Matsuda,
Inference of Gene Regulatory Network for Cell Differentiations,
The Korean Society for Bioinformatics and Systems Biology (KSBSB) Summer School 2010, Soongsil University, Seoul, Korea (July 2, 2010) (Plenary Talk).
Hideo Matsuda,
A Plan of Data Grid Federation using Resource Namespace Service,
The 22nd Open Grid Forum (OGF22), Cambridge, USA (February 27, 2008).
Hideo Matsuda,
Experiences in NAREGI Project,
EGEE Workshop on Management of Rights in Production Grids, Paris (June 19, 2006).
Hideo Matsuda,
Bioinformatics Data Integration,
The 17th Global Grid Forum (GGF17), Tokyo (May 12, 2006).
Hideo Matsuda,
Data Integration of Life Science Databases using Grid Technology,
International Workshop on the Interoperability of Biological Information Resources (IBIR), Tokyo (March 17, 2006).
Hideo Matsuda,
Integration of Genomic and Biochemical Databases with Grid,
International Chemical Congress of Pacific Basin Societies (PacifiChem 2005), Program No.185, Honolulu, Hawaii (December 16, 2005).
Hideo Matsuda,
A Grid Environment for Data Integration of Scientific Databases,
First IEEE International Conference on e-Science and Grid Computing, p.3, Melbourne, Australia (December 7, 2005) (Keynote Talk).
Hideo Matsuda,
Bridging Life Science Databases with Globus 3/OGSA-DAI for Supporting Drug Discovery,
GlobusWorld, San Farncisco (January 23, 2004).
Hideo Matsuda,
Development of Bio-Information Environment on the Grid,
GlobusWorld, San Diego (January 16, 2003).
Hideo Matsuda,
Exploration of Novel Motifs in Mouse Full-Length cDNA Sequences,
Waterfront Symposium of Human Genome Science (WASH), Tokyo (March 2-3, 2002).
Hideo Matsuda,
A Metadata Search Interface for RNS File Catalog,
The 31th Open Grid Forum (OGF31), Academia Sinica, Taipei, Taiwan (March 22, 2011).
Yoshiyuki Kido, Hideo Matsuda,
File Catalog Service in RENKEI Project,
SC10 Research Exhibition, Ernest N. Morial Convention Center, New Orleans, USA (November 15-18, 2010).
Hideo Matsuda,
RNS Metadata Search Interface,
The 30th Open Grid Forum (OGF30), Thon Hotel Brussels City Centre, Brussels, Belgium (October 25, 2010).
Yoshiyuki Kido, Hideo Matsuda,
Overview of Data-Sharing Project,
SC09 Research Exhibition, Oregon Convention Center, Portland, USA (November 16-19, 2009).
松田秀雄,
ゲノム情報からのビッグデータの解析,
情報処理学会 組込みシステムシンポジウム, 国立オリンピック記念青少年センター, 東京 (2014年10月23日).
松田秀雄,
脂肪細胞の遺伝子解析 ―白色脂肪細胞の寒冷刺激による褐色化の機構解明―,
第３回生命医薬情報学連合大会 3W1-04, 仙台国際センター, 宮城県 (2014年10月4日).
松田秀雄,
ライフサイエンスにおけるビッグデータの解析,
グリッド協議会神戸セミナー, 理化学研究所 計算科学研究機構, 神戸 (2014年9月12日).
松田秀雄,
スパコンによる大規模生体分子ネットワークの解析と創薬への応用,
日本学術会議 薬学委員会 生物系薬学分科会 シンポジウム, 日本学術会議講堂, 東京 (2014年1月10日).
松田秀雄,
スパコンによる遺伝子ネットワーク解析,
電子情報通信学会2012年総合大会, 岡山大学, 岡山, (2012年3月20日).
松田秀雄,
大規模遺伝子ネットワーク解析とその応用,
情報計算化学生物学会（CBI学会）2010年大会, 学術総合センター, 東京 (2010年9月15日).
川本祥子、松田秀雄：
バイオデータサービス，
情報処理，Vol.47, No.3, pp.249-258 (2006年3月).
伊達進，下條真司，奥村利幸，松田秀雄，秋山豊和，中村春木：
バイオグリッドプロジェクト「スーパーコンピュータネットワークの構築」，
情報処理，Vol.44, No.6, pp.601-607 (2003年6月)．
松田秀雄，橋本昭洋,
遺伝子情報解析の計算機支援，
電子情報通信学会誌，Vol.79, No.12, pp.1204-1212 (1996年12月).
松田秀雄,
アルゴンヌ国立研究所における並列処理研究，
情報処理，Vol.34, No.6, pp.789-794 (1993年6月).
金田悠紀夫，松田秀雄:
逐次型推論マシンのアーキテクチャ，
情報処理，Vol.32, No.4, pp.450-457 (1991年4月).
田村直之，松田秀雄:
論理型言語の最近の動向，
システム/制御/情報，Vol.33, No.3, pp.143-150 (1989年3月).
松田秀雄:
生命を構成する全遺伝子セットのコンピュータ解析，
Bit, Vol.31, No.6, pp.8-12, 共立出版 (1999年6月).
松田秀雄:
遺伝的アルゴリズムによる最尤系統樹の探索，
生産と技術，Vol.50, No.1, pp.57-60 (1998年1月).
Ray Hagstrom, Hideo Matsuda, Gary Olsen, Ross Overbeek:
Inferring Relationships among Microorganisms by Using Maximum Likelihood,
The Concurrent Supercomputing Consortium Annual Report, FY1991-1992, pp.14-15 (September, 1992).
Baehr, A., Dunham, G., Ginsburg, A., Hagstrom, R., Joerg, D., Kazic, T., Matsuda, H., Michaels, G., Overbeek, R., Rudd, K., Smith, C., Taylor, R., Yoshida, K., Zawada, D.:
An Integrated Database to Support Research on Escherichia coli,
Technical Report ANL-92/1, Mathematics and Computer Science Division, Argonne National Laboratory (January, 1992).
松田秀雄:
論理型言語の並列実行用マルチマイクロプロセッサ・システムPARK,
bit, Vol.21, No.4, pp.159-168, 共立出版 (1989年3月).
松田秀雄:
UNIX対OS/2,
神戸大学総合情報処理センター広報 MAGE, Vol.11, No.2, pp.59-78 (1989年3月).
松田秀雄:
プログラミング言語Cについて，
神戸大学総合情報処理センター広報 MAGE, Vol.8, No.1, pp.39-44 (1985年10月).
田中克己，松田秀雄:
述語論理型言語Prologの紹介，
神戸大学総合情報処理センター広報 MAGE, Vol.5, No.1, pp.39-48 (1982年9月).
松田秀雄，田中克己:
パソコン用Micro Prologの試作，
bit, Vol.14, No.7, pp.20-33, 共立出版 (1982年6月).
日本バイオインフォマティクス学会 編:
バイオインフォマティクス事典，
（「情報理論」，「符号理論」，「ゲノム・リアレンジメント」，「オーソログ遺伝子クラスター」の項目を執筆），共立出版 (2006年6月).
Hideo Matsuda, Satoru Miyano, Toshihisa Takagi, Limsoon Wong (eds):
Genome Informatics 2001,
Universal Academy Press, Tokyo (2001年12月17日).
北野宏明 編:
遺伝的アルゴリズム(3)
(第7章「遺伝的アルゴリズムの分子系統樹作成への応用」を執筆)，産業図書 (1997年9月4日).
人工知能学会 編:
人工知能ハンドブック
(第V編第3.3節を執筆)，オーム社 (1990年1月30日).
知的コンピュータシステム事典編集委員会 編:
知的コンピュータシステム事典
(第I編第4.2.3節を執筆)，産業調査会 (1989年8月20日).
大里直樹, 繁田浩功, 瀬尾茂人, 松田秀雄,
１細胞RNA-seqの特性を考慮した遺伝子発現差解析手法の検討,
NGS現場の会 第五回研究会, 7-14, 仙台国際センター （宮城県仙台市）(2017年5月22日-24日).
伊藤澄美, 瀬尾茂人, 繁田浩功, 菊田順一, 竹中要一, 石井優, 松田秀雄,
細胞個体の移動傾向の違いを考慮したグローバルデータアソシエーションを用いた細胞追跡手法,
情報処理学会 第112回数理モデル化と問題解決研究発表会, 清温荘 （岩手県盛岡市）(2017年2月27-28日).
薮崎隼人, 瀬尾茂人, 竹中要一, 後藤剛, 河田照雄, 松田秀雄,
畳み込みニューラルネットワークを用いた脂肪細胞セグメンテーションにおける分割精度改善手法の提案,
情報処理学会 第112回数理モデル化と問題解決研究発表会, 清温荘 （岩手県盛岡市）(2017年2月27-28日).
草田義昭, 瀬尾茂人, 竹中要一, 野口眞三郎, 松田秀雄，
乳癌データベースを用いた遺伝子発現プロファイルの数値変換の検討，
情報処理学会 第45回バイオ情報学研究会，北陸先端科学技術大学院大学（石川県）(2016年3月18-19日).
齋藤和正, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄，
小サンプル数データに対するベイジアンネットワークのスコアベース構造学習改善手法，
情報処理学会 第45回バイオ情報学研究会，北陸先端科学技術大学院大学（石川県）(2016年3月18-19日).
水野雄太，瀬尾茂人，渡邊誓旅，竹中要一, 平松拓郎，後藤剛，河田照雄，松田秀雄，
Deep learningを用いた脂肪組織画像における細胞の認識，
情報処理学会 第107回数理モデル化と問題解決研究会，山口健康づくりセンター（山口県）(2016年3月8-9日).
藏重昂平，瀬尾茂人，竹中要一，松田秀雄，
コンポーネントツリーとデータアソシエーションを用いた細胞追跡手法，
情報処理学会 第107回数理モデル化と問題解決研究会，山口健康づくりセンター（山口県）(2016年3月8-9日).
藤代昂希, 瀬尾茂人, 竹中要一, 古家雅之, 菊田順一, 石井優, 松田秀雄，
オプティカルフローを用いた3次元生体イメージングデータからの細胞動態の解析，
情報処理学会 第201回コンピュータビジョンとイメージメディア研究会, 金沢工業大学（石川県）(2016年3月3-4日).
上木怜, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄,
ダイナミックベイジアンネットワークを用いた遺伝子制御ネットワーク推定の部分問題化による近似解法,
情報処理学会 第42回バイオ情報学研究会, 2015-BIO-42, No.57, 沖縄科学技術大学院大学（沖縄県）(2015年6月23-25日).
Hironori Shigeta, Tomohiro Mashita, Takeshi Kaneko, Junichi Kikuta, Shigeto Senoo, Haruo Takemura, Hideo Matsuda, Masaru Ishii,
A Bone Marrow Recognition Method for Bone Tissue Images using Wavelet Transform,
2nd Conference on Medical and Biological Imaging, JSMBE-MBI2014-07 (2015年3月14日).
Ryo Taguchi, Shigeto Seno, Junichi Kikuta, Yoichi Takenaka, Masaru Ishii Hideo Matsuda,
A rendering method based on local maximum intensity projection for in vivo cellular imaging,
2nd Conference on Medical and Biological Imaging, JSMBE-MBI2014-07 (2015年3月14日).
繁田浩功, 間下以大, 金子雄, 菊田順一, 瀬尾茂人, 竹村治雄, 松田秀雄, 石井優,
生体骨組織における骨髄腔画像のウェーブレット変換を用いた骨髄腔領域の認識手法,
情報処理学会CVIM (2015.1.).
吉田 拓真, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄,
リードの由来階級の既知・未知予測に基づくメタゲノム配列の系統分類手法,
情報処理学会 第39回バイオ情報学研究会, 大阪大学情報科学研究科（大阪府） (2014年9月19日).
藏重昂平, 福田浩二郎, 瀬尾茂人, 間下以大, 竹中要一, 松田秀雄,
大域データ対応付けの反復実行による細胞追跡精度の改善手法,
情報処理学会 第39回バイオ情報学研究会, 大阪大学情報科学研究科（大阪府） (2014年9月19日).
瀬尾茂人,
バイオイメージングデータからのデータマイニング,
大阪大学生命機能数理モデル検討会（2014.8）.
津田絢子, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄，
ベイジアンネットワークによる遺伝子制御ネットワーク推定結果の反復構築のための計算速度向上手法,
情報処理学会 第38回バイオ情報学研究会, 沖縄科学技術大学院大学, 沖縄 (2014年6月26日).
宇佐見 潤, 繁田 浩功, 間下 以大, 黒田 嘉宏, 菊田 順一, 瀬尾 茂人, 石井 優, 松田 秀雄, 竹村 治雄,
グラフカットを用いた骨髄腔画像の領域分割,
情報処理学会 研究報告, 2014-MPS-97, No.17, Mar 2014.
繁田 浩功，間下 以大，金子 雄，菊田 順一，瀬尾 茂人，竹村 治雄，松田 秀雄，石井 優,
時空間ボリュームを用いた生体骨組織における血管透過性の評価手法,
画像の認識と理解シンポジウム MIRU, SS13-1, July 2013.
繁田 浩功，間下 以大，金子 雄，菊田 順一，瀬尾 茂人，竹村 治雄，松田 秀雄，石井 優,
グラフカットを用いた生体骨組織における血管透過性の評価手法,
情報処理学会 研究報告, 2013-BIO-33-3, Mar 2013.
瀬尾茂人，間下以大，前田栄，竹中要一，石井優，松田秀雄,
混合正規分布モデルを用いた経時観測蛍光画像からの細胞核の検出と追跡手法,
情報処理学会 第92回数理モデル化と問題解決研究会, 武雄市文化会館, 佐賀 (2013年2月27日).情報処理学会山下記念研究賞
渡邉之人，瀬尾茂人，竹中要一，松田秀雄,
複数時系列遺伝子発現プロファイルを利用した遺伝子制御ネットワーク推定の精度向上手法,
情報処理学会 第92回数理モデル化と問題解決研究会, 武雄市文化会館, 佐賀 (2013年2月27日).
瀬尾茂人，間下以大，前田栄，竹中要一，石井優，松田秀雄,
多色蛍光タイムラプスイメージングによる細胞周期観測データのための細胞自動追跡手法,
バイオイメージ・インフォマティクス ワークショップ2012, 理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター C棟1階オーディトリアム (2012年11月1日～2日).
大熊祐太, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄，
時系列発現プロファイルのための遺伝子機能グループ解析手法，
情報処理学会 バイオ情報学研究会，Vol. 2012-BIO-29, No.26, pp.1-7, 沖縄科学技術大学院大学(2012年6月29日).
Tomoshige Ohno, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda，
A Method for Isoform Prediction from RNA-Seq Data by Iterative Mapping，
情報処理学会 バイオ情報学研究会，Vol.2012-BIO-29, No.13, pp.1-7, 沖縄科学技術大学院大学(2012年6月28日).
上田大介,瀬尾茂人,竹中要一,松田秀雄，
近隣リードを考慮したショートリードクラスタリングによる塩基配列構造の有向非循環グラフ表現，
情報処理学会 数理モデル化と問題解決研究会, Vol. 2012-MPS-87, No. 27, 指宿市 市民会館 (2012年3月2日).
池田成吾，木戸善之, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄,
生物情報解析ワークフローのためのRESTサービスのSOAPサービス変換手法,
情報処理学会 バイオ情報学研究会, Vol. 2011-BIO-25, No. 9, 琉球大学50周年記念館, 沖縄 (2011年6月23日).
吉澤陽志, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄,
細胞分化クロストークのモデル化と細胞分化クロストーク遺伝子の推定手法,
情報処理学会 数理モデル化と問題解決研究会, MPS10-82-F, 青島パームビーチホテル, 宮崎 (2011年3月7日).情報処理学会山下記念研究賞
福本貴紀, 木戸善之, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄,
メタデータを利用した生物情報解析ワークフローの作成支援手法の提案,
情報処理学会関西支部大会, A-01, 大阪大学中之島センター, 大阪 (2010年9月22日).
吉川達也, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄,
立体構造情報と機能情報によるタンパク質間相互作用予測法の改良,
情報処理学会研究会報告 バイオ情報学研究会 Vol. 2010-BIO-20, No.1, 北陸先端科学技術大学院大学 (2010年3月4日).
グエン カム リー, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄,
Tanimoto係数を用いた類似化合物検索のクラスタリングによる高速化手法,
情報処理学会研究会報告 バイオ情報学研究会 Vol. 2010-BIO-20, No.7, 北陸先端科学技術大学院大学 (2010年3月4日).
木戸善之, 福本貴紀, 野村泰伸, 倉智嘉久, 松田秀雄,
マルチスケールシミュレーションのためのWebサービスとデータ探索に関する研究,
情報処理学会研究会報告 バイオ情報学研究会 Vol. 2010-BIO-20, No.13, 北陸先端科学技術大学院大学 (2010年3月5日).
松田秀雄，竹中要一，瀬尾茂人，岡崎康司，水野洋介，徳澤佳美，仲地豊，坊農秀雅，
脂肪細胞・骨芽細胞分化における遺伝子制御ネットワークの推定手法について，
日本バイオインフォマティクス学会システムバイオロジー研究会，東京大学医科学研究所(2009年6月26日).
木戸善之, 浅井義之, 野村泰伸, 倉智嘉久, 松田秀雄,
ISMO: in-Silico Modeling Ontologyの提案,
生体医工学シンポジウム2008, 大阪大学(2008年9月19日).
清水隆史，木戸善之，瀬尾茂人，竹中要一，松田秀雄,
構造キーの分割によるTanimoto係数を用いた化合物検索の計算範囲の絞り込み手法,
情報処理学会研究報告 バイオ情報学研究会 2008-BIO-14-2, 北海道大学(2008年9月18日).情報処理学会SIGBIO学生奨励賞
清水隆史，瀬尾茂人，竹中要一，松田秀雄，
Tanimoto係数の性質に基づく化合物の類似度検索の高速化手法，
情報処理学会研究報告 バイオ情報学研究会 2008-BIO-12-7, 九州大学(2008年3月4日).
河村元，瀬尾茂人，竹中要一，松田秀雄，
A Combination method between Tanimoto coefficient and Proximity Measure of Random Forest for Compound Activity Prediction，
情報処理学会研究報告 バイオ情報学研究会 2008-BIO-12-6, 九州大学(2008年3月4日).
瀬尾淳哉，瀬尾茂人，竹中要一，松田秀雄，
TF-IDFフィルタリングによる機能的に類似した生物情報解析ワークフローの検索手法，
情報処理学会研究報告 バイオ情報学研究会 2007-BIO-11, 産業技術総合研究所 臨海副都心センター(2007年12月21日).
木戸善之，若月謙太郎，松田秀雄，
多様なグリッドミドルウェアに対応する転送サービスの設計，
第5回先進的計算基盤システムシンポジウム SACSIS 2007, pp.183-184, 東京(2007年5月24日).
新免剛，瀬尾茂人，竹中要一，松田秀雄，
反応分類番号を用いたパスウェイアライメントの提案，
情報処理学会研究報告 バイオ情報学研究会 2007-BIO-8-6，大阪大学(2007年3月5日).
迫岡洋輔，竹中要一，松田秀雄，
絶対値発現量を用いた外れ値解析に基づく代謝反応パスウェイの抽出，
情報処理学会研究報告 バイオ情報学研究会 2007-BIO-8-4，大阪大学(2007年3月5日).
木村浩章，瀬尾茂人，竹中要一，松田秀雄，
構造記述子の情報量に基づく類似活性化合物の探索手法，
第34回構造活性相関シンポジウム KP22，新潟朱鷺メッセ (2006年11月14日).
Yoichi Takenaka, Masato Sakata, Hideo Matsuda,
Nucleotide Encoding according to Perfect Linear Code and its Application to Multiple Alignment,
情報処理学会研究報告 バイオ情報学研究会 2006-BIO-5-18，沖縄先端科学技術大学院大学 (2006年6月16日).
三宅晶子，竹中要一，松田秀雄，
系統プロファイルを利用した代謝反応ネットワーク中の保存領域抽出手法，
情報処理学会研究報告 バイオ情報学研究会 2005-BIO-3-5，東京大学医科学研究所 (2005年12月22日).
瀧 浩平, 竹中 要一，松田 秀雄，
遺伝子発現プロファイルを用いた遺伝子制御ネットワーク推定のためのバイクラスタリングの利用，
情報処理学会研究報告 数理モデル化と問題解決MPS05-57-03，電気通信大学 (2005年12月20日).情報処理学会コンピュータサイエンス領域奨励賞
木戸善之，伊達進，前野隆志，下條真司，松田秀雄，長谷川一郎，
ハイスループットin-Silicoスクリーニングを支援するワークフロースキーマの設計と実装，
情報処理学会研究報告 バイオ情報学研究会 2005-BIO-2-3，京都大学バイオインフォマティクスセンター (2005年10月7日).
瀧浩平, 竹中 要一, 松田 秀雄：
生物学的知見を利用したModule Bayesian Networkによる遺伝子の制御ネットワークの推定，
情報処理学会研究報告 数理モデル化と問題解決 03-MPS-46 (2003年9月19日)．
細川卓哉，高坂貴弘，遠里由佳子，伊達進，下條真司，松田秀雄：
データグリッド技術を用いた異種分子生物学データベースの連携手法，
情報処理学会研究報告 数理モデル化と問題解決 03-MPS-46 (2003年9月19日)．
上田真由美，高坂貴弘，細川卓哉，遠里由佳子，松田秀雄，伊達進，下條真司：
メタデータを用いたバイオ情報データベース連携検索手法の提案，
情報科学技術フォーラム(FIT 2003)，D-033，札幌学院大学(2003年9月12日)．
瀬尾茂人，寺本礼仁，竹中要一，松田秀雄：
準完全グラフ構造に基づく遺伝子発現プロファイルの解析手法，
情報科学技術フォーラム(FIT 2003)，A-045，札幌学院大学(2003年9月11日)．
高坂貴弘，細川卓哉，遠里由佳子，伊達進，松田秀雄，下條真司：
OGSA-DAIによる異種バイオデータベースの連携手法とその評価，
電子情報通信学会技術研究報告(SWoPP 2003)，松江テルサ(2003年8月6日)．
坪井宣洋，松田秀雄, 橋本昭洋:
デジタル信号処理に基づく遺伝子のクラスタリング,
情報処理学会研究会報告 数理モデル化と問題解決 99-MPS-27 (1999年11月25日).
遠里由佳子，松田秀雄，橋本昭洋:
概念階層を持つパターン言語の帰納学習による遺伝子クラスタ解析への応用,
情報処理学会研究会報告 数理モデル化と問題解決 99-MPS-26 (1999年9月22日).
Aaron J. Stokes, Hideo Matsuda, Akihiro Hashimoto,
Introduction of Aggregate Functions to a Language for Querying Structured Genome Documents,
情報処理学会研究報告 データベース (1999年7月)．
増山智久，岸浪リサ，吉川孝伸，松田秀雄，橋本昭洋,
XMLによる分子系統樹データの表現とその検索手法，
情報処理学会研究報告 データベース (1999年7月)．
広中大雅，田部智宏，吉川孝伸，松田秀雄，橋本昭洋,
文書画像からの分子系統樹データの抽出手法とその評価，
情報処理学会研究報告 データベース (1999年7月)．
川口俊朗，粕川雄也，松田秀雄，橋本昭洋:
一般化suffix arrayによるタンパク質アミノ酸配列集合からの文字列出現特性の解析,
情報処理学会研究会報告 数理モデル化と問題解決 98-MPS-20-10, pp.55-60 (1998年7月).
竹谷英泰，谷 秀城，松田秀雄，橋本昭洋:
最大密度部分グラフ探索アルゴリズムを用いたアミノ酸配列集合からの共通保存領域の抽出手法,
情報処理学会研究会報告 数理モデル化と問題解決 98-MPS-20-9, pp.49-54 (1998年7月).
喜多川 哲，松田秀雄，橋本昭洋:
アミノ酸残基の分布に基づくタンパク質局所構造のモデル化,
情報処理学会研究会報告 数理モデル化と問題解決 98-MPS-20-8, pp.43-48 (1998年7月).
Hideo Matsuda, Hiroyuki Yamanaka, Akihiro Hashimoto:
An Approximation Algorithm for Genome Rearrangements with Reversals and Transpositions,
情報処理学会研究会報告 数理モデル化と問題解決98-MPS-19-3, pp.13-18 (1998年5月).
川本芳久，日浦太，中西通雄，松田秀雄，橋本昭洋:
単語の共起頻度と範囲内重要度による分子生物学データベースの関連エントリ探索手法，
電子情報通信学会技術研究報告 データ工学 DE98-3, pp.15-22 (1998年5月).
松田秀雄，吉森勇人，橋本昭洋:
分子表面の相補性によるタンパク質結合部位予測手法について，
人工知能学会 第1回分子生物情報研究会 (1998年4月).
三上知親，今井孝，吉川孝伸，粕川雄也，松田秀雄，中西通雄，橋本昭洋,
マルチエージェントによる異種の分子生物学データベースの統合と検索の実現，
情報処理学会研究会報告 データベースシステム 98-DBS-114-17, pp.121-128 (1998年1月).
粕川雄也，中西通雄，橋本昭洋:
通信量を考慮したデータウェアハウスの更新反映処理，
情報処理学会研究報告データベースシステム 97-DBS-111-6, pp.41-48 (1997年1月21,22日).
松田秀雄，山下浩，金田 悠紀夫:
2種類の部分木交叉オペレータを持つ遺伝的アルゴリズムによる最尤分子系統樹の探索，
情報処理学会研究報告数理モデル化と問題解決 96-MPS-10-7, pp.49-56 (1996年11月26日)．
多田淳一，谷口文浩，松田秀雄，橋本昭洋:
タンパク質における立体構造のコード化とその解析，
情報処理学会アルゴリズム研究会研究報告 96-AL-52, pp.41-48 (1996年7月24日).
岩出智行，石原達也，松田秀雄，橋本昭洋:
配列類似度に基づく大規模配列集合の高速分類アルゴリズム，
情報処理学会アルゴリズム研究会研究報告 96-AL-52, pp.33-40 (1996年7月24日).
西澤志乃, 菊田順一, 瀬尾茂人, 松田秀雄, 石井優,
生体イメージング技術を駆使したトロンボモジュリンの新たな作用機序解明,
第38回日本分子生物学会 3T23p-05(3P0080), 神戸国際会議場, 神戸 (2015年12月3日).
小森康祐, 瀬尾茂人, 間下以大, 竹中要一, 松田秀雄,
マルチチャンネル蛍光顕微鏡動画のためのパーティクルフィルタを用いた細胞追跡手法,
情報処理学会 第76回全国大会, 5K-5, 東京電機大学, 東京 (2014年3月13日).情報処理学会学生奨励賞
荒木嶺, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄,
時系列発現プロファイルを用いた時期特異的に機能するPPIサブネットワークの探索手法,
第36回日本分子生物学会 2P-1053, 神戸国際会議場, 神戸 (2013年12月4日).
奥田華代, 竹中要一, 大野朋重, 瀬尾茂人, 松田秀雄,
Improvement of the Accuracy of Mapping by Composing Alleles,
情報処理学会 第75回全国大会（平成２５年）講演論文集 1B-6, 東北大学, 仙台 (2013年3月6日).
Shigeto Seno, Sakae Maeda, Yoichi Takenaka, Masaru Ishii, Hideo Matsuda,
An automatic cell-tracking method and spatiotemporal analysis for time-lapse multicolor fluorescent images of cell cycle,
第35回日本分子生物学会年会 2P-0782, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡, 福岡 (2012年12月12日).
Tomoshige Ohno, Shigeto Seno, Hiromi Daiyasu, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
Measuring Transcript-Type Dependent Expression Levels of ncRNAs in RNA-Seq Analysis,
第35回日本分子生物学会年会 3P-0058, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡, 福岡 (2012年12月13日).
Yukito Watanabe, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
Bayes-based inference of gene regulatory network for multiple time series gene expression profile,
生命医薬情報学連合大会, JSBi-29 (B70_29), タワーホール船堀, 東京 (2012年10月15日～17日).口頭発表に採択
Tomoshige Ohno, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
Transcript-Type Dependent Normalization of Expression Levels in RNA-Seq Data for Non-Coding RNA Analysis,
生命医薬情報学連合大会, B71_74, タワーホール船堀, 東京 (2012年10月15日～17日)(ポスター発表).
Masakazu Sugiyama, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
Comparison of Gene Expressions measured by RNA-seq and Microarray for Transcriptome Analysis of Adipose Tissues,
生命医薬情報学連合大会, B72_115, タワーホール船堀, 東京 (2012年10月15日～17日)(ポスター発表).
Sho Ohsuga, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda,
Two-stage method to infer gene regulatory network utilizing Link Prediction,
生命医薬情報学連合大会, B73_132, タワーホール船堀, 東京 (2012年10月15日～17日)(ポスター発表).
石川元一, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄, An approach for efficient computational analysis of massive RNA-Seq data, 第32回日本分子生物 学会年会講演予稿集 2P-0033, パシフィコ横浜, 横浜 (2009年12月10日). 岸本貴大，瀬尾茂人，竹中要一，松田秀雄, 化合物フィンガープリントを用いた活性サブクラスの抽出手法, 日本分子 生物学会第8回春季シンポジウム, 京王プラザホテル札幌, (2008年5月26日). 寺家谷満, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄, CAGE発現プロファイルを用い た転写開始点の発現パターンのクラスタリング手法, 日本分子生物学会 第8回春季シンポジウム, 京王プラザホテル, 札幌(2008年5月26日). 松田秀雄, 竹中要一, 水野洋介, 瀬尾茂人, 徳澤佳美, 仲地豊, 坊農秀雅, 岡崎康司, 脂肪細胞・骨芽細胞分化における遺伝子制御ネットワークの推 定, 第31回日本分子生物学会・第81回日本生化学会大会合同大会講演予稿 集 4S8-2, ポートピアホテル, 神戸 (2008年12月12日). 仲里猛留, 坊農秀雅, 松田秀雄, 高木利久, MeSHを用いた生物学的解釈に よるマイクロアレイデータの解析の実際, 第31回日本分子生物学会・第81 回日本生化学会大会合同大会講演予稿集 4P-0997, ワールド記念ホール, 神戸 (2008年12月12日). 仲里猛留, 滝中徹, 坊農秀雅, 麻生川稔, 松田秀雄：MeSH termsを用い た生物学的機能付与による遺伝子群の解析手法の開発, 第30回日本分子 生物学会・第80回日本生化学会大会合同大会講演予稿集 1P-1047, パシフ ィコ横浜 (2007年12月11日). 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄：グラフ構造を用いた組織特異的な選択 的スプライシングの解析手法，第30回日本分子生物学会・第80回日本生 化学会大会合同大会講演予稿集 1P-1048, パシフィコ横浜 (2007年12月 11日). 迫岡洋輔，瀬尾茂人，瀧浩平，竹中要一，松田秀雄：CAGEデータに基 組織特異的な代謝反応パスウェイの抽出，電子情報通信学会総合大 稿集 D-7-9，国士舘大学世田谷キャンパス (2006年3月24日). 小野圭亮，竹中要一，松田秀雄：Webサービス統合環境実現のためのメ エータシステムの設計と実装，電子情報通信学会総合大会予稿集 4-16，国士舘大学世田谷キャンパス (2006年3月27日). 瀬尾茂人，竹中要一，松田秀雄：CAGEタグを用いたゲノム領域上の共通 発現パターン探索手法，分子生物学会2006フォーラム，名古屋(2006年12月 6日). 小野圭亮，松田秀雄，竹中要一：バイオインフォマティクス解析におけ るWebサービス統合利用のためのメタサービスの提案，情報処理学会第 69回全国大会予稿集 2ZB-8，早稲田大学大久保キャンパス (2007年3月7日). 瀬尾淳哉, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄：生物情報解析ワークフロー におけるデータ転送経路の効率化，日本ソフトウェア科学会第24回大会， 奈良先端科学技術大学院大学 (2007年9月14日). 佐藤卓也，竹中要一，松田秀雄：最大密度部分グラフ法を用いた高感度 能部位の探索手法，第28回日本分子生物学会年会講演予稿集 2P- 21 福岡ヤフードーム (2005年12月8日). 山上恭廣，河村元，竹中要一，松田秀雄：タンパク質・化合物相互作用 のための構造類似性を利用した化合物データベース情報統合手法， 8回日本分子生物学会年会講演予稿集 2P-0022 福岡ヤフードーム 005年12月8日). 阪本洋司，河村元，竹中要一，松田秀雄：部分構造の重みと組み合わせ 用した類似化合物の探索手法，第28回日本分子生物学会年会講演予 2P-0024 福岡ヤフードーム (2005年12月8日). 瀧浩平，竹中要一，松田秀雄：バイクラスタリングを利用した複数の発 ータからの遺伝子制御ネットワーク推定手法，第28回日本分子生物 年会講演予稿集 2P-0030 福岡ヤフードーム (2005年12月8日). 松岡弘樹，竹中要一，松田秀雄：異種生物間での発現比較によるオーソ 遺伝子の機能解析手法，第28回日本分子生物学会年会講演予稿集 -0047 福岡ヤフードーム (2005年12月8日). ヴォトゥイ，竹中要一，松田秀雄：メタデータを用いた分子生物学デー ースの統合方式，第28回日本分子生物学会年会講演予稿集 2P-0075 ヤフードーム (2005年12月8日). 佐藤卓也，竹中要一，松田秀雄：Evolutionary Trace法の結果を利用し たタンパク質機能予測のための機能部位類似尺度，第27回日本分子生物 学会年会講演予稿集 2PB-280 神戸 (2004年12月9日)． 樫本薫，山田明子，田中直樹，山本義弘，松田秀雄，磯野克己，森浩禎， 堀内嵩，三木健良：系統的，網羅的な大腸菌遺伝子破壊株の作製－細胞 増殖に必須な遺伝子の同定，第27回日本分子生物学会年会講演予稿集 2PB-320 神戸(2004年12月9日)． 松岡弘樹，寺本礼仁，竹中要一，松田秀雄：オーソログ遺伝子の発現類 似性を利用した遺伝子機能類似性解析手法，第27回日本分子生物学会年 会講演予稿集 2PB-392 神戸(2004年12月9日)． 瀬尾茂人，寺本礼仁，竹中要一，松田秀雄：遺伝子発現プロファイル間 の局所的類似性を考慮したクラスタリング手法，第27回日本分子生物学 会年会講演予稿集 2PB-395 神戸(2004年12月9日)． 瀧浩平，寺本礼仁，竹中要一，松田秀雄：遺伝子の共発現を考慮した遺 伝子制御ネットワークの推定手法，第27回日本分子生物学会年会講演予 稿集 2PB-402 神戸(2004年12月9日)． 松野広一，寺本礼仁，竹中要一，松田秀雄：Gene Ontologyを利用した 遺伝子ネットワークの機能解析手法，第27回日本分子生物学会年会講演 予稿集 2PB-416 神戸(2004年12月9日)． 三宅晶子，竹中要一，松田秀雄：系統プロファイルを利用した代謝反応 ネットワーク中のサブネットワーク抽出手法，第27回日本分子生物学会 年会講演予稿集 2PB-417 神戸(2004年12月9日)． 田中直樹，三木健良，山本義弘，寺本礼仁，竹中要一，松田秀雄：異種 間の代謝ネットワーク構造の違いを考慮した遺伝子の必須性に関わる化 合物の探索手法，第27回日本分子生物学会年会講演予稿集 2PB-422 神戸(2004年12月9日)． 山上恭廣，河村元，竹中要一，松田秀雄：既知のタンパク質・化合物相 互作用関係と構造比較による化合物の活性予測手法とタンパク質・化合 物データ間の関連付けへの応用，第27回日本分子生物学会年会講演予稿 集 2PB-423 神戸(2004年12月9日)． Vo Thuy，竹中要一，松田秀雄：タンパク質の機能分類データを用いた タンパク質・化合物相互作用検索システムの開発，第27回日本分子生物 学会年会講演予稿集 2PB-424 神戸 (2004年12月9日)． 阪本洋司，寺本礼仁，竹中要一，松田秀雄：類似化合物探索のための構 造類似性を利用した化合物集合の分類手法，第27回日本分子生物学会年 会講演予稿集 2PB-425 神戸(2004年12月9日)． 伊藤琢也，寺本礼仁，竹中要一，松田秀雄：化合物の生物活性予測のた めの類似尺度と解析手法，第27回日本分子生物学会年会講演予稿集 2PB-426 神戸(2004年12月9日)． 細川卓哉，北島正人，高坂貴弘，若月謙太郎，古館丈裕，伊達進，下條 真司，松田秀雄：タンパク質・化合物間相互作用探索のための異種バイ オデータベース連携手法，第27回日本分子生物学会年会講演予稿集 2PB-427 神戸(2004年12月9日)． 松野広一，寺本礼仁，竹中要一，松田秀雄：遺伝子分類木の比較による 遺伝子の持つ多様な特徴間の関連性抽出手法，第26回日本分子生物学会 年会講演予稿集 1PA-049 (2003年12月10日)． 瀬尾茂人，寺本礼仁，竹中要一，松田秀雄：相対エントロピーとグラフ 構造に基づく遺伝子発現プロファイルのクラスタリング手法，第26回日 本分子生物学会年会講演予稿集 1PA-054 (2003年12月10日)． 三宅晶子，竹中要一，松田秀雄：ネットワークの形状特性に基づく代謝 反応パスウェイの分割手法，第26回日本分子生物学会年会講演予稿集 1PA-056 (2003年12月10日)． 伊藤琢也，寺本礼仁，竹中要一，松田秀雄：化合物の生物活性予測のた めの物理化学特性の解析手法，第26回日本分子生物学会年会講演予稿集 1PA-058 (2003年12月10日)． 細川卓哉，高坂貴弘，遠里由佳子，伊達進，下條真司，松田秀雄：グリ ッド技術による創薬支援のための異種データベース連携システムの開発, 第26回日本分子生物学会年会講演予稿集 1PA-066 (2003年12月10日)． 太田浩康，寺本礼仁，竹中要一，松田秀雄：化合物構造の特徴比較によ るタンパク質データベースと化合物データベースの連携手法，第26回日 本分子生物学会年会講演予稿集 1PA-067 (2003年12月10日)． 松田秀雄，遠里由佳子，太田浩康，細川卓哉，高坂貴弘，伊達進，下條 真司：機能分類を考慮したタンパク質・低分子化合物間相互作用の探索 手法，第26回日本分子生物学会年会 シンポジウムS2O-6 (2003年12月11 日)． 田中直樹，三木健良，山本義弘，竹中要一，松田秀雄：必須遺伝子予測 のための代謝反応パスウェイのネットワーク解析手法，第26回日本分子 生物学会年会講演予稿集 3PA-053 (2003年12月12日)． 瀧浩平，竹中要一，松田秀雄：遺伝子発現プロファイルとGene Ontology による注釈情報を統合した遺伝子制御ネットワークの推定手法，第26回 日本分子生物学会年会講演予稿集 3PA-054 (2003年12月12日)． 三木健良，山本義弘，林晃司，田中直樹，藤田克利，中川明，樫本薫， 小幡智美，松田秀雄，磯野克己，堀内嵩，森浩禎：系統的，網羅的な大 腸菌遺伝子破壊株の作製，第26回日本分子生物学会年会講演予稿集 4PA-159 (2003年12月13日)． 三宅晶子，遠里由佳子，竹中要一，松田 秀雄:代謝反応パスウェイ中の 類似反応パターンとゲノムとの比較手法，第25回日本分子生物学会年会 講演予稿集 1P-0043 (2002年12月11日)． 小西幸雄, 竹中要一, 松田秀雄: ゲノム比較によるゲノム間の共通保存 領域の検出手法, 第25回日本分子生物学会年会講演予稿集 1P-0138 (20 02年12月12日)． 瀬尾茂人, 寺本礼仁, 竹中要一, 松田秀雄: グラフ構造に基づく遺伝子 発現プロファイルのクラスタリング手法, 第25回日本分子生物学会年会 講演予稿集 1P-0141 (2002年12月11日)． 大塚亮平, 竹中要一, 松田秀雄: 遺伝子の配列と発現プロファイルのク ラスタリング結果の比較手法, 第25回日本分子生物学会年会講演予稿集 1P-0142 (2002年12月12日)． 管靖彦, 竹中要一, 松田秀雄: 発現プロファイルからの遺伝子機能予測 のためのデータマイニング手法, 第25回日本分子生物学会年会講演予稿 集 1P-0143 (2002年12月11日)． 北山育, 竹中要一, 松田秀雄: 大量タンパク質配列データからの共通保 存領域の検出手法, 第25回日本分子生物学会年会講演予稿集 1P-0163 (2002年12月11日)． 西條竜太郎, 松田秀雄, 竹中要一: XMLによるタンパク質の機能情報の 統合的表現とその利用, 第25回日本分子生物学会年会講演予稿集 1P-0164 (2002年12月12日)． 三木健良, 山本義弘, 林晃司, 藤田克利, 小幡智美, 中川明, 松田秀雄, 磯野克己, 堀内嵩, 森浩禎: 系統的、網羅的な大腸菌遺伝子破壊株の作 製, 第25回日本分子生物学会年会講演予稿集 1P-0058 (2002年12月12日)． 山脇晋吾，竹中要一，松田秀雄，橋本昭洋: 特徴選択を考慮した遺伝子 発現プロファイルのクラスタリング, 第24回日本分子生物学会年会講演 予稿集 2P-064 (2001年12月10日)． 坊垣恭右，竹中要一，松田秀雄，橋本昭洋: 遺伝子発現プロファイル解 析のための分類木比較アルゴリズム, 第24回日本分子生物学会年会講演 予稿集 2P-068 (2001年12月10日)． 川路英哉，松田秀雄，橋本昭洋: 新規モチーフ機能予測のための統合ブ ラウザ, 第24回日本分子生物学会年会講演予稿集 3P-074 (2001年12月 11日)． 西進一朗，松田秀雄，橋本昭洋: 局所多重アライメントによる転写因子 認識配列の抽出手法, 第24回日本分子生物学会年会講演予稿集 3P-075 (2001年12月11日)． 五嶋宏之，遠里由佳子，松田秀雄，橋本昭洋: 酵素階層を用いた代謝反 応パスウェイの多重アライメントアルゴリズム, 第24回日本分子生物学 会年会講演予稿集 4P-069 (2001年12月12日)． 遠里由佳子，松田秀雄，橋本昭洋: 代謝反応パスウェイの分岐を含む類 似反応ネットワークの構築, 第24回日本分子生物学会年会講演予稿集 4P-070 (2001年12月12日)． 木梨玲，松田秀雄，橋本昭洋: 遺伝子発現プロファイルを用いた代謝反 応パスウェイにおける不完全部位の解析，第24回日本分子生物学会年会 講演予稿集 4P-071 (2001年12月12日)． 増山智久，松田秀雄，橋本昭洋: 遺伝子発現パターン解析のための分類 木比較アルゴリズム, 第23回日本分子生物学会年会講演予稿集 4PA-010 (2000年12月16日). 廣中大雅，松田秀雄，橋本昭洋: 複数の実験条件での発現データからの 遺伝子分類手法, 第23回日本分子生物学会年会講演予稿集 4PA-011 (2000年12月16日). 山口陽介，長尾充大，川路英哉，竹中要一，松田秀雄，橋本昭洋: 配列集合からの共通保存領域検出のためのクラスタリング手法, 第23回日本分子生物学会年会講演予稿集 4PA-014 (2000年12月16日). 長尾充大，山口陽介，川路英哉，竹中要一，松田秀雄，橋本昭洋: 統計的スコアに基づく局所マルチプルアライメントアルゴリズム, 第23回日本分子生物学会年会講演予稿集 4PA-015 (2000年12月16日). 川路英哉，松田秀雄，近藤伸二，河合純，林崎良英，橋本昭洋: マウス完全長cDNAシーケンス解析における共通保存領域の探索, 第23回日本分子生物学会年会講演予稿集 4PA-016 (2000年12月16日). 遠里由佳子，網浜貴夫，松田秀雄，橋本昭洋: パスウェイ解析のための 酵素階層を用いた多重アライメントアルゴリズム, 第23回日本分子生物学会年会講演予稿集 4PA-019 (2000年12月16日). 網浜貴夫，遠里由佳子，松田秀雄，橋本昭洋: 大腸菌における不完全な 代謝反応パスウェイの解析, 第23回日本分子生物学会年会講演予稿集 4PA-031 (2000年12月16日). 山本義弘，高見一利，村田浩一，松田秀雄，Aaron J. Stokes，田村和朗， 古山順一: コアラミトコンドリアゲノム全塩基配列の決定と亜種間における 塩基変異の解析, 第22回日本分子生物学会年会講演予稿集 1P-0017 (1999年 12月7日). 荒武，鈴木健二，松田秀雄，森浩禎: クラスター分析を用いた微生物ゲノ ム ORF の機能ドメインの抽出, 第22回日本分子生物学会年会講演予稿集 1P-0086 (1999年12月8日). 三木健良，山本義弘，松田秀雄，堀内嵩，森浩禎: 系統的な大腸菌全遺伝子 の破壊株の作製, 第22回日本分子生物学会年会講演予稿集 2P-0036 (1999年 12月10日). Aaron J. Stokes, Hideo Matsuda, Akihiro Hashimoto: Representation and retrieval of gene interaction data using GXML structured genome, 第22 回日本分子生物学会年会講演予稿集 2P-0071 (1999年12月9日). 遠里由佳子，松田秀雄，橋本昭洋: 情報量最大アライメントアルゴリズムの 遺伝子クラスタ解析への応用, 第22回日本分子生物学会年会講演予稿集 2P-0072 (1999年12月10日). 坪井宣洋，松田秀雄，橋本昭洋: デジタル信号処理に基づく遺伝子の発現デー タ解析, 第22回日本分子生物学会年会講演予稿集 2P-0075 (1999年12月9日). 吉川孝伸，松田秀雄，橋本昭洋: 木構造検索機構を持つ分子系統樹データベー スの実現について, 第22回日本分子生物学会年会講演予稿集 2P-1471 (1999 年12月9日). 坪井宣洋，松田秀雄，伊藤剛，森浩禎，五條堀孝，橋本昭洋: マルコフ モデルに基づくゲノム配列からの外来性遺伝子の検出, 第21回日本分子 生物学会年会講演予稿集 1P-174, p.258 (1998年12月). 今井孝，松田秀雄，橋本昭洋: マルチエージェントによる異種の分子生物学 データベースの統合，第20回日本分子生物学会年会講演予稿集 3K-P-440 (1997年12月). 山中啓之，松田秀雄，橋本昭洋: 完全ゲノム配列の比較によるゲノム編成過 程の解析，第20回日本分子生物学会年会講演予稿集 3K-P-449 (1997年12月). 谷秀城，松田秀雄，橋本昭洋: 大規模タンパク質配列集合からの共通保存領 域の抽出について，第20回日本分子生物学会年会講演予稿集 3K-P-450 (1997年12月). 松田秀雄，谷口文浩，橋本昭洋: タンパク質立体構造の文字列によるコード 化，第19回日本分子生物学会年会講演予稿集 4-P-1323, p.739 (1996年8月).
Tomoshige Ohno, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, IPSJ Outstanding Paper Award （情報処理学会論文賞）, 2014年6月4日.
Yukito Watanabe, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, APBC 2012 Best Paper Award, 2012年1月19日.
瀧浩平, 寺本礼仁, 竹中要一, 松田秀雄, 情報科学技術フォーラム論文賞, 2004年9月8日.
松田秀雄, 情報処理学会学術奨励賞, 1986年10月1日.